嘉靖九年八月，巡按云南御史毛鳳韶上疏，請求裁撤云南鎮守太監，獲得批準。有鑒于此，各級官員紛紛上奏，請革內臣。在得到嘉靖批準后，各地裁撤鎮守宦官的工作陸續展開，直到嘉靖十八年五月，朝廷下令，命所有鎮守內官其盡數取回，自后永無遣之，鎮守內官制度就此終結，九邊軍鎮正式進入文官領導的時代。

現在不僅是總督凌駕于總兵之上，巡撫、巡按每于年終各開總兵武臣賢否揭帖，從兵部奏請考察，總兵官的去留很大程度上要受到巡撫巡按的影響。

朱載坖在給嘉靖的密疏中說道：今各邊總兵、廵撫，遇一敵、出一軍、賞一有功、戮一不用命，皆不得自專，必須奏請，事由中制，而欲責之成功，不可得也。

不光如此，分守、分巡等官員的權力也得到加強，又有兵備道、督糧道等官，一個不斷調整、擴大、完善的文臣領導系統在九邊地區確立，形成總制、總督節制數邊，巡撫、總兵文武分制，文官系統下設守、巡、兵備諸“道”，武官系統下設副總兵、參將、游擊的格局。

而總兵官的地位就十分尷尬了，在上面，有督撫大員的直接領導，還有巡按御史的監督，而在下，副將、參將也對總兵形成了制約。

尤其是副將，是令總兵官最尷尬的存在，總兵而下又有副總兵，加以協守職銜，則事權隆重，則與總兵相等，本來按照朝廷制度，副總兵的職責，主要是協贊總兵整理軍務，鎮守地方，受總兵節制。但是實際上，總兵與副將之間互相爭奪權力的事情是極為常見的。

原因也很簡單，因為由于總兵、副總兵只是差遣，而非官職，而往往總兵與副將之間的官職幾乎差不多，要想副將俯首聽命，這就很難了，而且有時候朝廷還會故意制造這種職務差異，由都督同知充副總兵，而總兵的本官僅為都督僉事，這就會使得總兵與副將之間的上下級關系模糊。

朝廷希望副總兵能夠去平衡總兵的職權，因此對于那些敢于爭權的副總兵，通常是降敕訓斥一番，或是調離該地區改派別處，不會進行嚴厲的處罰。這就更加刺激了副將們和總兵爭權的欲望了，朝廷也可以借機削弱總兵的權力。

長此以往的后果就是總兵官威不振，官軍屢戰屢敗。

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