隋煬帝被殺的消息傳到東都洛陽，五月二十四日，東都留守官員擁戴越王楊侗登基稱帝，宣布大赦天下，改年號為皇泰。當天在朝堂上宣布旨意，因為當時處于戰亂時期，官府和百姓都在當天除去喪服（改為吉服）。追謚隋煬帝為明皇帝，廟號世祖；追尊元德太子（楊昭）為成皇帝，廟號世宗。尊奉母親劉良娣為皇太后。
越王任命段達為納、陳國公，王世充為納、鄭國公，元文都為內史令、魯國公，皇甫無逸為兵部尚書、杞國公，又任命盧楚為內史令，郭文懿為內史侍郎，趙長文為黃門侍郎，這七個人共同掌管朝政，當時的人稱他們為“七貴”。皇泰主（楊侗）眉目清秀，溫和寬厚，有仁愛之心，神態莊重。
五月二十七日，突厥始畢可汗派骨咄祿特勒前來唐朝，唐高祖在太極殿設宴招待他，演奏九部樂（古代宮廷樂舞）。當時中原人為躲避戰亂，很多人逃到突厥，突厥勢力強盛，東到契丹、室韋，西到吐谷渾、高昌，各國都向它稱臣，擁有一百多萬能拉弓射箭的士兵。唐高祖因為剛開始起兵時借助過突厥的兵馬，前后送給突厥的財物，多得數不清。突厥仗著有功，傲慢無禮，每次派使者到長安，大多蠻橫殘暴，唐高祖都寬容對待他們。
五月二十八日，唐高祖命令裴寂、劉文靜等人修訂法律條令。設置國子學、太學、四門學（均為古代官學），招收學生共三百多人，各郡縣的學校也分別招收學生。
六月初一，唐高祖任命趙公李世民為尚書令，黃臺公李瑗為刑部侍郎，相國府長史裴寂為右仆射、掌管政事，司馬劉文靜為納，司錄竇威為內史令，李綱為禮部尚書、參與掌管選拔官員事務，掾吏殷開山為吏部侍郎，屬官趙慈景為兵部侍郎，韋義節為禮部侍郎，主簿陳叔達、博陵人崔民干同為黃門侍郎，唐儉為內史侍郎，錄事參軍裴曦為尚書右丞；又任命隋朝民部尚書蕭瑀為內史令，禮部尚書竇琎為戶部尚書，蔣公屈突通為兵部尚書，長安令獨孤懷恩為工部尚書。李瑗是唐高祖的侄子，獨孤懷恩是唐高祖舅舅的兒子。
唐高祖對待裴寂特別優厚，群臣無人能比，賞賜他的服飾、玩物，多得數不清；他命令尚書奉御每天把皇宮的膳食賜給裴寂，上朝時必定拉著裴寂一起坐，退朝后還把他請到臥室；對裴寂的話無不聽從，稱呼他“裴監”而不叫名字（裴寂曾擔任晉陽宮監，故稱）。唐高祖把日常政務托付給蕭瑀，事情無論大小，都由蕭瑀掌管。蕭瑀也盡心盡力，糾正違法、揭發過錯，人們都畏懼他，詆毀他的人很多，但他始終不為自己辯解。一次，唐高祖下了敕令，內史省卻沒有及時宣布執行，唐高祖責備蕭瑀遲緩，蕭瑀回答說：“大業年間，內史省宣布敕令，有時前后矛盾，有關部門不知該聽從哪一個，容易的敕令先執行，難的卻拖在后頭；我在省中任職很久，清楚這些事。現在帝王大業剛起步，每件事都關系安危，遠方的人若有疑慮，恐怕會錯失機會，所以我每次接到敕令，必定核查，確保和之前的敕令不沖突，才敢宣布執行；拖延的過錯，確實是因為這個。”唐高祖說：“你如此用心，我還有什么可擔憂的！”
當初，唐高祖派馬元規安撫山南地區，只有南陽郡丞河東人呂子臧占據郡城拒不投降；馬元規派了幾批使者勸降，使者都被呂子臧殺了。等到隋煬帝被殺的消息傳來，呂子臧按禮儀為隋煬帝舉辦喪事，之后才請求投降；唐高祖任命他為鄧州刺史，封南郡公。
唐朝廢除隋朝的大業律令，頒布新的法規。
唐高祖每次處理政務，都自稱名字，還拉著顯貴大臣一起坐在榻上。劉文靜勸諫說：“從前王導說過：‘如果太陽降低身份和萬物等同，眾生還怎么仰仗它的光芒！’現在貴賤不分，這不是長久之道。”唐高祖說：“過去漢光武帝和嚴子陵一起睡覺，嚴子陵把腳伸到漢光武帝肚子上。現在各位都是有聲望、有德行的舊臣，也是我平生的親友，過去的情誼，怎能忘記？你別多心！”
六月初五，隋朝安陽令呂珉獻出相州投降，唐高祖任命他為相州刺史。
六月初六，唐高祖將四位先祖的神主牌位供奉到祖廟。追尊高祖父瀛州府君李熙為宣簡公；曾祖父司空李天賜為懿王；祖父景王李虎為景皇帝，廟號太祖，祖母為景烈皇后；父親元王李昞為元皇帝，廟號世祖，母親獨孤氏為元貞皇后；追謚妃子竇氏為穆皇后。規定每年祭祀昊天上帝、皇地只、神州地只時，以景皇帝配享；祭祀感生帝、明堂時，以元皇帝配享。
六月初七，唐高祖立世子李建成為皇太子，趙公李世民為秦王，齊公李元吉為齊王；宗室黃瓜公李白駒為平原王，蜀公李孝基為永安王，柱國李道玄為淮陽王，長平公李叔良為長平王，鄭公李神通為永康王，安吉公李神符為襄邑王，柱國李德良為新興王，上柱國李博叉為隴西王，上柱國李奉慈為勃海王。李孝基、李叔良、李神符、李德良是唐高祖的堂弟；李博叉、李奉慈是唐高祖的侄子；李道玄是唐高祖堂兄的兒子。
六月初十，薛舉侵犯涇州。唐高祖任命秦王李世民為元帥，率領八位總管的軍隊抵抗薛舉。
唐高祖派太仆卿宇文明達招撫山東地區，任命永安王李孝基為陜州總管。當時天下尚未平定，凡是邊防重要的州，都設置總管府，統領幾個州的軍隊。
六月十二日，唐高祖尊奉隋恭帝為酅國公。下詔說：“近代以來，朝代更替，前代皇族親屬，沒有不被誅殺的。興亡的結果，哪里是人力能決定的！隋朝蔡王楊智積等皇族的子孫，都交給有關部門，根據才能錄用。”
東都洛陽聽說宇文化及向西進軍，上下震驚恐懼。有個叫蓋琮的人，上奏請求去勸說李密，讓李密和東都聯合抵抗宇文化及。元文都對盧楚等人說：“現在國仇未報，兵力又不足，若赦免李密的罪過，讓他攻打宇文化及，兩賊互相爭斗，我們再趁機收拾殘局。宇文化及被打敗后，李密的軍隊也會疲憊；而且他的將士貪圖我們的官職賞賜，容易離間，到時候連李密也能擒獲。”盧楚等人都認為可行，于是任命蓋琮為通直散騎常侍，帶著敕書賜給李密。
六月二十三日，隋朝信都郡丞東萊人麴棱獻出信都郡投降，唐高祖任命他為冀州刺史。
六月二十四日，萬年縣法曹武城人孫伏伽上奏，說：“隋朝因為不愿聽自己的過錯而失去天下。陛下從晉陽起兵，遠近響應，不到一年就登基稱帝；只知道得天下容易，卻不知道隋朝失天下也不難。我認為陛下應改變隋朝的老路，務必讓下面的意見能傳上來。君主的行，不能不謹慎。我見陛下今天即位，明天就有人獻上鷂鷹雛鳥，這是年輕人玩的東西，哪里是圣主需要的！另外，雜耍、散樂都是亡國的靡靡之音。最近太常寺在民間借了五百多件婦女的衣裙，用來做歌妓的衣服，準備在五月五日到玄武門表演，這也不是能給子孫做榜樣的事。凡這類事情，都應廢除。善惡的習慣，會在朝夕間逐漸沾染，容易改變人的品行。皇太子、諸王身邊的幕僚隨從，應謹慎挑選；那些家風不和、為人無德無義、專好奢靡、沉迷聲色游獵的人，都不能讓他們親近皇子。從古到今，骨肉分離、導致國破家亡的，沒有不是因為身邊人挑撥離間造成的。希望陛下謹慎對待。”唐高祖看了奏表非常高興，下詔表揚孫伏伽，提拔他為治書侍御史，賞賜三百匹絲帛，還把奏表向各地頒布。
六月二十八日，內史令延安靖公竇威去世。唐高祖任命將作大匠竇抗兼任納，黃門侍郎陳叔達兼管納事務。
宇文化及把物資留在滑臺，任命王軌為刑部尚書，讓他駐守滑臺，自己率領軍隊向北趕赴黎陽。李密的將領徐世積占據黎陽，畏懼宇文化及軍隊的鋒芒，率軍向西退守倉城。宇文化及渡過黃河，占據黎陽，分兵包圍徐世積。李密率領兩萬步兵騎兵，在清淇扎營，和徐世積用烽火傳遞消息，深挖壕溝、高筑營壘，不與宇文化及交戰。宇文化及每次攻打倉城，李密就率軍從后方牽制他。
李密和宇文化及隔河對話，李密斥責他說：“你本是匈奴奴隸破野頭的后代，父兄子弟都受隋朝恩惠，世代富貴，滿朝大臣中沒有第二家能比。君主失德，你不能以死勸諫，反而殺君叛逆，想篡奪皇位。你不學諸葛瞻的忠誠，卻做霍禹那樣的逆賊，天地不容，你還想逃到哪里去！若趕快歸順我，還能保全你的后代。”宇文化及沉默不語，低頭很久，然后瞪大眼睛大聲說：“我和你談互相廝殺的事，何必說這些文縐縐的話！”李密對隨從說：“宇文化及如此平庸愚蠢，還想當帝王，我只用手杖就能把他趕走！”宇文化及大力修造攻城器具，逼近倉城，徐世積在城外挖深溝堅守，宇文化及被壕溝阻攔，無法靠近城下。徐世積在壕溝中挖地道，出兵襲擊宇文化及，宇文化及大敗，燒毀了攻城器具。
當時李密和東都對峙已久，又要向東抵抗宇文化及，常擔心東都從后方偷襲。看到蓋琮到來，李密非常高興，于是上奏章請求投降東都，希望討伐宇文化及來贖罪，還送去俘獲的宇文化及黨羽雄武郎將于洪建，派元帥府記室參軍李儉、上開府徐師譽等人入朝拜見皇泰主。皇泰主命令在左掖門外處死于洪建，采用處死斛斯政的方式（腰斬）。元文都等人認為李密是真心投降，在宣仁門東邊把賓館裝飾得十分華麗。皇泰主召見李儉等人，任命李儉為司農卿，徐師譽為尚書右丞，讓他們配備儀仗衛隊，排列鼓吹樂隊，返回賓館，還不斷派宦官送去玉帛、酒食。皇泰主冊封李密為太尉、尚書令、東南道大行臺行軍元帥、魏國公，命令他先平定宇文化及，然后入朝輔佐朝政。任命徐世積為右武候大將軍，還下詔稱贊李密忠誠，說：“軍事謀略，全聽從魏公（李密）指揮。”
元文都等人對和李密和解感到高興，認為天下可以平定，在上東門設酒宴慶祝，從段達以下的官員都起身跳舞。王世充卻變臉對起居侍郎崔長文說：“朝廷的官爵，竟然送給賊寇，他們想干什么！”元文都等人也懷疑王世充想獻城響應宇文化及，從此雙方產生矛盾，但表面上還互相掩飾，假裝友好。
秋季，七月，皇泰主派大理卿張權、鴻臚卿崔善福給李密送信，說：“今日之前的恩怨，都一筆勾銷；使者到后，彼此要坦誠相待。國家政務的重任，等待您輔佐；征伐的大權，委托您指揮。”張權等人到達后，李密面向北方接受詔書。既然沒有了西邊東都的顧慮，李密就調動全部精兵向東攻打宇文化及。李密知道宇文化及的軍糧快耗盡，就假裝和他講和；宇文化及非常高興，讓士兵隨意吃喝，希望李密能送糧食給他。恰逢李密手下有人犯罪，逃到宇文化及那里，把李密的計謀全說了出來，宇文化及大怒；而他的軍糧也已耗盡，于是渡過永濟渠，和李密在童山腳下交戰，從辰時打到酉時；李密被流箭射中，落馬昏迷，隨從四散逃跑。追兵即將趕到，只有秦叔寶獨自保護他，李密因此得以脫險。秦叔寶又收攏士兵，奮力作戰，宇文化及才撤退。
宇文化及進入汲郡征集軍糧，又派使者拷打東郡的官吏百姓，逼迫他們交出糧食。王軌等人無法忍受他的暴虐，派通事舍人許敬宗到李密那里請求投降；李密任命王軌為滑州總管，任命許敬宗為元帥府記室，讓他和魏征一起掌管文書。許敬宗是許善心的兒子。房公蘇威在東郡，跟隨眾人投降李密，李密因為他是隋朝大臣，虛心禮遇他。蘇威見到李密，卻不談隋朝的危難，只再三叩拜，說“沒想到今天還能見到圣明君主”，當時的人都鄙視他。
宇文化及聽說王軌叛變，非常害怕，從汲郡率軍想奪取北方各郡，他的將領陳智略率領一萬多嶺南驍果軍，樊文超率領江淮地區的排矟兵，張童兒率領幾千江東驍果軍，都投降了李密。樊文超是樊子蓋的兒子。宇文化及還剩下兩萬部眾，向北逃往魏縣；李密知道他成不了氣候，就向西返回鞏洛，留下徐世積防備宇文化及。
七月初二，宣州刺史周超攻打朱粲，打敗了他。
七月初四，梁師都侵犯靈州，驃騎將軍藺興粲打敗了他。
突厥闕可汗派使者歸附唐朝。當初，闕可汗歸附李軌；隋朝西戎使者曹瓊占據甘州引誘他，闕可汗就轉而歸附曹瓊，和曹瓊一起抵抗李軌；后來被李軌打敗，逃到達斗拔谷，和吐谷渾互相呼應，到這時歸附唐朝，唐高祖對他厚加安撫。不久，闕可汗被李軌消滅。
薛舉進逼高墌，流動的軍隊到了豳州、岐州，秦王李世民深挖壕溝、高筑營壘，不與薛舉交戰。恰逢李世民得了瘧疾，把軍事事務托付給長史、納劉文靜和司馬殷開山，還告誡他們說：“薛舉孤軍深入，糧草少、士兵疲憊，如果他們來挑戰，千萬不要應戰。等我病好后，再為你們打敗他。”殷開山退出后，對劉文靜說：“秦王擔心我們不能勝任，才說這話。而且賊寇聽說秦王生病，一定會輕視我們，我們應該顯示武力威懾他們。”于是在高墌西南列陣，仗著人多而不設防備。薛舉暗中派兵偷襲他們的后方，七月初九，雙方在淺水原交戰，八位總管都戰敗，士兵戰死的有十分之五六，大將軍慕容羅睺、李安遠、劉弘基都被俘，李世民率軍返回長安。薛舉于是攻克高墌，把唐朝戰死士兵的尸體堆成高臺示眾；劉文靜等人都因罪被除名。
七月十二日，榆林賊帥郭子和派使者來投降，唐高祖任命他為靈州總管。
李密每次打勝仗，就派使者向皇泰主報捷。隋朝官員都很高興，只有王世充對部下說：“元文都這幫人，不過是些舞文弄墨的小官，我看他們的勢頭，一定會被李密擒獲。而且我們的士兵多次和李密交戰，很多人的父兄子弟都戰死了，一旦我們隸屬于李密，我們這些人就活不成了！”他想借此激怒部眾。元文都聽說后，非常害怕，和盧楚等人謀劃趁王世充入朝時，埋伏士兵殺了他。段達生性懦弱，擔心事情不成功，派他的女婿張志把盧楚等人的計謀告訴了王世充。
七月十五日夜三更，王世充率領軍隊襲擊含嘉門。元文都聽說變故，進宮侍奉皇泰主到乾陽殿，部署士兵自衛，命令眾將關閉城門抵抗。將軍跋野綱率軍出城，遇到王世充，下馬投降。將軍費曜、田阇在門外交戰，失利。元文都親自率領宮中警衛士兵，想從玄武門出城偷襲王世充的后方，長秋監段瑜聲稱找不到宮門鑰匙，拖延了很久。天快亮時，元文都率軍想從太陽門出去迎戰，回到乾陽殿時，王世充已經攻下太陽門進城了。皇甫無逸拋下母親和妻子兒女，砍開右掖門，向西逃往長安。盧楚藏在太官署，被王世充的黨羽抓獲，帶到興教門，見到王世充后，王世充下令把他亂刀砍死；接著進攻紫微宮門。
皇泰主派人登上紫微觀，問王世充：“你帶兵來想干什么？”王世充下馬謝罪說：“元文都、盧楚等人蓄意謀害我；請殺了元文都，我甘愿接受法律制裁。”段達于是命令將軍黃桃樹把元文都抓起來送給王世充。元文都回頭對皇泰主說：“我今天早上死，陛下傍晚也會遭殃！”皇泰主痛哭著送他出去，元文都到興教門后，像盧楚一樣被亂刀砍死，他和盧楚的兒子們也都被殺死。段達又以皇泰主的名義下令開門，讓王世充進城，王世充派人替換了所有宮中警衛，然后到乾陽殿拜見皇泰主。
皇泰主對王世充說：“你擅zisha人，卻不向我奏報，這難道是臣子該做的嗎！你想濫用武力，還敢對我動手嗎！”王世充跪下磕頭，流淚謝罪說：“我承蒙先帝提拔，粉身碎骨也難以報答。元文都等人心懷歹意，想召李密來危害國家，又因我反對他們，對我深懷疑忌；我是迫于求生，來不及奏報。如果我心懷不軌，辜負陛下，天地日月都能作證，讓我全家滅絕，沒有后代。”他說得聲淚俱下，皇泰主以為他是真心，讓他上殿，和他談了很久，還帶他一起去拜見皇太后；王世充披散頭發發誓，說不敢有二心。于是皇泰主任命王世充為左仆射、總督內外諸軍事。
到中午時，王世充捕獲趙長文、郭文懿，把他們殺了。然后巡視全城，向百姓說明誅殺元文都、盧楚的原因。王世充從含嘉城搬到尚書省居住，逐漸結黨營私，肆意作威作福。他任命哥哥王世惲為內史令，讓王世惲住進皇宮，子弟都掌管兵權，把政務分成十個部分，全由他的黨羽負責，勢力震動朝廷內外，沒人敢不順從，皇泰主只能束手無策。
李密正準備入朝，走到溫縣時，聽說元文都等人已死，便返回了金墉城。當時東都洛陽發生嚴重饑荒，私鑄的錢幣質量極差，大半摻雜著錫環，錢體細得像線，一斛米竟賣到八九萬錢。
起初，李密曾跟隨儒生徐文遠求學。徐文遠當時擔任皇泰主的國子祭酒，一次親自出城砍柴，被李密的軍隊抓獲。李密讓徐文遠面向南坐下，以弟子之禮，自己面朝北拜見他。徐文遠說：“老夫既然受了您的厚禮，怎敢不直！不知將軍的志向是想做伊尹、霍光那樣扶持王室、挽救危局的賢臣，還是想做王莽、董卓那樣趁亂奪權、謀取私利的逆臣？若是前者，老夫雖已年邁，仍愿為您效力；若是后者，那老夫對您就沒什么用處了！”李密磕頭說：“昨日我接受朝廷任命，擔任上公之職，希望能盡我微薄之力，挽救國家危難，這是我李密的本心。”徐文遠說：“將軍是名臣之子，只是一時走錯了路，若能及時回頭，仍不失為忠義之臣。”
等到王世充殺了元文都等人，李密又向徐文遠請教對策。徐文遠說：“王世充也是我的學生，他為人殘忍、心胸狹隘，如今趁勢掌權，必定有篡權的野心，將軍之前入朝的計劃怕是行不通了。不打敗王世充，絕不能入朝！”李密說：“起初我以為先生只是個不懂世事的儒生，如今您卻能如此果斷地決斷大事，真是英明啊！”徐文遠是徐孝嗣的玄孫。
七月十九日，唐高祖下詔，廢除隋朝所有供皇帝游玩的離宮別館。
七月二十七日，唐高祖派黃臺公李瑗安撫山南地區。
七月二十八日，唐高祖任命隋朝原右武衛將軍皇甫無逸為刑部尚書。
隋朝河間郡丞王琮堅守郡城，抵抗各路盜賊，竇建德攻打了一年多也沒能攻克。聽說隋煬帝被殺的消息后，王琮率領官吏百姓為隋煬帝舉辦喪事，守城的士兵都痛哭流涕。竇建德派使者前去吊唁，王琮通過使者請求投降，竇建德退兵扎營，準備酒菜等待他。王琮談到隋朝滅亡時，俯身流淚，竇建德也為他落淚。竇建德的將領們說：“王琮長期抵抗我軍，殺了我們很多人，現在是力竭才投降，請求把他煮死！”竇建德說：“王琮是忠臣，我正要獎賞他來勉勵眾人盡忠君主，怎么能殺他！過去我們在高雞泊做強盜，或許可以隨意sharen；如今要安撫百姓、平定天下，怎能殺害忠良呢！”于是他在軍中宣布：“此前與王琮有怨恨，敢擅自動他的人，誅滅三族！”隨后任命王琮為瀛州刺史。河北各郡縣聽說這件事后，紛紛歸附竇建德。
在此之前，竇建德攻陷景城，抓獲了戶曹河東人張玄素，準備殺他。景城縣一千多名百姓哭著請求代替張玄素去死，說：“戶曹大人清廉謹慎，無人能比，大王殺了他，還怎么勸勉世人行善！”竇建德于是釋放了張玄素，任命他為治書侍御史，張玄素堅決推辭。等到江都事變（隋煬帝被殺）后，竇建德又任命他為黃門侍郎，張玄素才接受官職。
饒陽縣令宋正本，學識淵博且有才干，向竇建德獻上平定河北的計策，竇建德把他當作主要謀士。竇建德定都樂壽，將自己居住的地方命名為金城宮，設置了全套百官機構。
.b