突厥步迦可汗侵犯邊境，在恒安擊敗代州總管韓弘。
任命晉王楊昭為內史令。
二月乙卯日（初一），發生日食。
夏季五月己丑日，突厥男女九萬人前來歸降。
六月乙卯日，隋文帝派遣十六名使者巡視各地風俗。
乙丑日，隋文帝下詔，因天下學校學生數量多但質量差，只挑選保留國子學學生七十人，太學、四門學及州縣學校全部廢除。前殿內將軍河間人劉炫上書懇切勸諫，隋文帝不聽。秋季七月戊戌日，改國子學為太學。
起初，隋文帝接受北周禪讓后，擔心民心不服，因此常常宣稱有吉祥征兆來炫耀，偽造吉祥征兆獻上的人，多得數不清。冬季十一月己丑日，隋文帝在南郊舉行祭祀，儀式如同封禪大典，祭文詳細敘述了前后出現的吉祥征兆，以報答上天的保佑。
山獠發動叛亂，朝廷任命衛尉少卿洛陽人衛文昻（名玄，以字行世）為資州刺史，前去鎮守安撫。衛文昻剛到任時，獠人正在攻打大牢鎮，他單人獨騎來到獠人軍營，說：“我是刺史，奉天子詔令來安撫你們，不要驚慌！”群獠沒人敢輕舉妄動。衛文昻接著向他們陳述利害，獠人首領感動喜悅，撤兵離去，前后歸附的獠人有十多萬。隋文帝非常高興，賞賜他兩千匹縑。壬辰日，任命衛文昻為遂州總管。
潮州、成州等五州的獠人反叛，高州酋長馮盎快馬趕到京城，請求討伐叛軍。隋文帝命令楊素與馮盎討論叛軍情況，楊素感嘆說：“沒想到蠻夷中還有這樣的人才！”立即派遣馮盎調發長江、嶺南的軍隊攻打叛軍。叛亂平定后，任命馮盎為漢陽太守。
隋文帝下詔任命楊素為云州道行軍元帥，長孫晟為受降使者，挾持啟民可汗向北攻打步迦可汗。
仁壽二年（壬戌年，公元602年）
春季三月己亥日，隋文帝前往仁壽宮。
突厥思力俟斤等人向南渡過黃河，劫掠啟民可汗的部眾六千人和各種牲畜二十多萬后離去。楊素率領各軍追擊，轉戰六十多里，大敗突厥，突厥人向北逃走。楊素繼續追擊，到了夜里追上突厥軍隊，擔心他們逃脫，命令騎兵稍稍落后，自己帶領兩名騎兵和兩名歸降的突厥人，與突厥軍隊并行，突厥人沒有察覺；等到突厥人扎營還沒穩定時，楊素催促后面的騎兵突襲，大敗突厥，將俘獲的人畜全部歸還給啟民可汗。從此，突厥人遠遠逃走，沙漠以南不再有突厥劫掠。楊素因功封兒子楊玄感為柱國，賜楊玄縱淮南公的爵位。
兵部尚書柳述，是柳慶的孫子，娶了蘭陵公主，他依仗寵信，意氣用事，連楊素這樣的大臣都要屈居他之下。隋文帝問符璽直長萬年人韋云起：“外面有什么不利的事情，可以說出來。”當時柳述正在旁邊侍奉，韋云起上奏說：“柳述驕橫自大，從未經歷過大事，軍事機要這樣的重任，不是他能勝任的。他只因是公主的丈夫，就占據重要職位。臣擔心眾人會議論陛下‘任官不選賢才，只偏愛自己親近的人’，這是最大的不利之事。”隋文帝非常贊同他的話，回頭對柳述說：“韋云起的話，是治療你的良藥，你應該把他當作老師和朋友。”秋季七月丙戌日，隋文帝下詔讓朝廷內外官員各自舉薦自己了解的賢才。柳述舉薦了韋云起，朝廷任命韋云起為通事舍人。
益州總管蜀王楊秀，容貌魁梧，有膽識勇氣，喜好武藝。隋文帝常對獨孤皇后說：“楊秀最終一定會因作惡而死，我在世時還不用擔心，等他的兄弟繼位，他一定會謀反。”大將軍劉噲討伐西爨時，隋文帝命令上開府儀同三司楊武通率軍隨后跟進。楊秀任命自己的寵臣萬智光為楊武通的行軍司馬。隋文帝認為楊秀任用不當，譴責了他，并對群臣說：“破壞我的法令的，是我的子孫。就像猛虎，其他動物不能傷害它，反而會被身上的小蟲損害侵蝕。”于是分割了楊秀統領的部分兵力。
自從長史元巖去世后，楊秀逐漸變得奢侈僭越，制作渾天儀，抓捕很多山獠充當宦官，車馬服飾都模仿皇帝的規格。
等到太子楊勇因讒被廢，晉王楊廣被立為太子，楊秀心中非常不滿。太子楊廣擔心楊秀最終會成為后患，暗中讓楊素尋找楊秀的過錯，詆毀他。隋文帝于是征召楊秀入朝，楊秀猶豫不決，想以生病為由不去。總管司馬源師勸諫，楊秀臉色一變說：“這是我的家事，和你有什么關系！”源師流著淚回答說：“我有幸在王府任職，怎敢不盡心！圣上有詔令征召大王，已經拖延了幾個月，現在還遲遲不去。百姓不了解大王的心意，倘若產生猜疑，朝廷內外都會驚慌，圣上若下嚴厲詔令，派使者前來，大王怎么證明自己清白？希望大王仔細考慮！”朝廷擔心楊秀發動叛亂，戊子日，任命原州總管獨子瓜楷為益州總管，乘驛馬前去接替楊秀。獨子瓜楷到達后，楊秀仍不肯動身；獨子瓜楷勸說了很久，楊秀才上路。獨子瓜楷察覺楊秀有后悔的神色，于是部署軍隊防備；楊秀走了四十多里，想返回襲擊獨子瓜楷，偵察到對方有防備，才停止。
八月甲子日，獨孤皇后去世。太子楊廣在隋文帝和宮人面前悲痛欲絕，好像無法承受喪母之痛；但在自己的住處，卻飲食說笑如同平常。另外，他每天在朝堂上讓人進獻兩溢米（古代容量單位，兩溢約等于現代兩升多），假裝節儉守喪，卻暗中讓人從外面取來肥肉、干肉和腌魚，放在竹筒里，用蠟封口，再用布包裹著帶進住處。
著作郎王劭上書說：“佛經上說：‘人應當升上天界或往生無量壽國時，上天和佛祖會放出大光明，用香花、歌舞樂器來迎接。’已故皇后的福分善舉和吉祥征兆，各種秘籍中都有記載，都說她是妙善菩薩轉世。臣查考，八月二十二日，仁壽宮內兩次降下金銀花；二十三日，大寶殿后方夜里出現神光；二十四日卯時，永安宮以北自然響起各種音樂，聲音傳遍天空；到了夜里五更，皇后安然離世，這與佛經記載的情景，全部相符。”隋文帝看后又悲又喜。
九月丙戌日，隋文帝從仁壽宮返回京城。
冬季十月癸丑日，任命工部尚書楊達為納。楊達是楊雄的弟弟。
閏十月甲申日，隋文帝下詔讓楊素、蘇威與吏部尚書牛弘等人修訂吉、兇、軍、賓、嘉五種禮儀。
隋文帝讓上儀同三司蕭吉為獨孤皇后選擇墓地，蕭吉找到一塊吉地，說：“占卜顯示這塊地能保隋朝兩千年國運，傳二百代君主。”隋文帝說：“吉兇由人決定，不在于墓地。高緯埋葬他的父親，難道沒有占卜嗎！不久后北齊就滅亡了。就像我家的祖墳，如果說不吉利，我就不該成為天子；如果說吉利，我弟弟就不該戰死。”但最終還是聽從了蕭吉的建議。蕭吉退下后，對族人蕭平仲說：“皇太子派宇文左率（宇文述）來向我深表感謝，說：‘您之前說我會成為太子，最終應驗了，我永遠不會忘記。現在為皇后選墓地，務必讓我早點繼位。我繼位后，會用富貴報答您。’我對他說：‘四年后，太子會執掌天下。’如果太子掌權，隋朝大概就要滅亡了！我之前謊稱‘占卜得兩千年國運’，其實是‘二十’年的意思；‘傳二百代’，是指傳兩代君主。你要記住這件事！”
壬寅日，將文獻皇后（獨孤后）安葬在太陵。隋文帝下詔說：“楊素辦理皇后的葬禮，盡心盡力尋找吉地，看他這份心意，極其忠誠孝順，這份功勞難道能和平定叛亂相比嗎！可另外封他的一個兒子為義康公，食邑一萬戶。”還賞賜楊素三十頃田地、一萬段絹、一萬石米，以及數量相當的金珠綾錦。
蜀王楊秀到達長安，隋文帝見到他，不跟他說話；第二天，派使者嚴厲斥責他。楊秀謝罪，太子楊廣和其他王弟在朝堂上流淚為楊秀求情。隋文帝說：“之前秦王楊俊浪費財物，我用父親的身份教導他。現在楊秀殘害百姓，我要以君主的身份制裁他。”于是把楊秀交給執法官員處理。開府儀同三司慶整勸諫說：“庶人楊勇已被廢黜，秦王楊俊已去世，陛下的兒子不多了，何必做到這個地步！蜀王性格耿直，現在受到重罰，恐怕他無法保全自己。”隋文帝大怒，想割掉慶整的舌頭，接著對群臣說：“應當把楊秀在街市上斬首，來向百姓謝罪。”于是命令楊素等人審理楊秀的案件。
太子楊廣暗中制作了一個木偶，綁住木偶的手、釘住心臟，給木偶戴上枷鎖鐐銬，在木偶上寫上隋文帝和漢王楊諒的名字，還寫著“請西岳慈父圣母派神兵收走楊堅、楊諒的魂魄，讓他們保持這種狀態，不要魂魄消散”。楊廣秘密把木偶埋在華山下，被楊素挖了出來；楊素又說楊秀胡亂引用圖讖，聲稱京城有妖異，編造蜀地有吉祥征兆；還偽造了一篇檄文，寫著“約定日期討伐朝廷”，放在楊秀的文集里，把這些都上報給隋文帝。隋文帝說：“天下難道有這樣的事嗎！”十二月癸巳日，廢黜楊秀為庶人，囚禁在內侍省，不許他和妻子兒女見面，只派兩名獠人婢女侍奉他，受牽連獲罪的有一百多人。楊秀上表懺悔謝罪說：“希望陛下開恩，憐憫我，在我氣息未盡之時，讓我和兒子瓜子見一面；請賜我一塊墓地，讓我的骸骨有地方安葬。”瓜子是楊秀的愛子。隋文帝于是下詔列舉楊秀的十條罪狀，還說：“我不知道楊堅、楊諒是你的什么親人？”后來才允許楊秀和兒子住在一起。
起初，楊素曾因輕微過失被隋文帝下令送到南臺（御史臺），命令治書侍御史柳彧審理。楊素依仗地位尊貴，坐在柳彧的坐床上。柳彧從外面進來看到后，在臺階下手持笏板，整理好衣冠，對楊素說：“奉陛下詔令審理您的罪狀！”楊素急忙下床。柳彧靠著案幾坐下，讓楊素站在庭院中，盤問案情。楊素因此怨恨柳彧。蜀王楊秀曾向柳彧索要李文博撰寫的《治道集》，柳彧給了他；楊秀贈給柳彧十名奴婢。等到楊秀獲罪，楊素上奏說柳彧作為內臣與諸侯交往，柳彧被削除官籍貶為平民，發配到懷遠鎮戍邊。
隋文帝派司農卿趙仲卿前往益州徹底追查楊秀的案件，楊秀的賓客所經過的地方，趙仲卿必定刻意羅織罪名，治罪的州縣長官超過一半。隋文帝認為趙仲卿能干，賞賜他很多財物。
過了很久，貝州長史裴肅派使者上書，說：“高颎有天賦的良才，是輔佐陛下開國的元勛，因被眾人嫉妒，才被廢黜；希望陛下記著他的大功，忘掉他的小過。另外，楊勇、楊秀兩位庶人獲罪已久，難道不會改過自新嗎！希望陛下發揚君主和父親的慈愛，顧念父子天性，給他們各自封一個小國，觀察他們的行為：如果能向善，再逐漸增加封地；如果仍不悔改，再貶削也不晚。現在他們自新的道路永遠斷絕，看不到他們愧疚悔改的心意，難道不可悲嗎！”奏書呈上后，隋文帝對楊素說：“裴肅關心我的家事，這也是出于一片誠心。”于是征召裴肅入朝。太子楊廣聽說后，對左庶子張衡說：“讓楊勇自新，想干什么？”張衡說：“看裴肅的意思，是想讓楊勇像吳太伯、漢朝東海王那樣（主動讓賢或安分守己）。”裴肅到了京城，隋文帝當面告訴他楊勇不能再被任用的意思，然后讓他回去了。裴肅是裴俠的兒子。
楊素的弟弟楊約、叔伯兄弟楊文思、楊文紀、同族叔父楊忌，都擔任尚書、列卿之職；他的兒子們沒有立下戰功，卻官至柱國、刺史；楊素大肆經營產業，從京城到各地的繁華都市，他的府邸店鋪、水磨、肥沃田宅，多到數不清；家中奴仆幾千人，后庭穿著華麗絲綢的妓妾有上千人；住宅奢華，規格堪比皇宮；親信和舊部下遍布朝廷要職。自從廢黜了一位太子和一位藩王后，楊素的權勢更加顯赫。朝臣中違背他心意的人，有的甚至被誅殺全家；依附他或與他有親戚關系的人，即使沒有才能，也必定會被提拔，朝廷上下風氣敗壞，沒有人不畏懼并依附他。敢于與楊素對抗而不屈服的，只有柳彧、尚書右丞李綱和大理卿梁毗三人。
起初，梁毗擔任西寧州刺史，共任職十一年。當地蠻夷酋長都以擁有黃金多的人為豪杰，互相攻奪，幾乎沒有安寧的年份，梁毗對此感到憂慮。后來趁各酋長爭相送黃金給梁毗的機會，梁毗把黃金放在座位旁，對著黃金痛哭，對酋長們說：“這東西餓了不能吃，冷了不能穿，你們卻因它互相殘殺，死傷無數，現在把它送來，是想害死我嗎！”最終沒有接受任何黃金。蠻夷酋長們由此醒悟，不再互相攻擊。隋文帝聽說后很贊賞他，征召他擔任大理卿，梁毗審理案件公正適當。
梁毗見楊素專權，擔心成為國家禍患，就呈上密封奏疏說：“臣聽說臣子不能作威作福，否則會危害家族、禍亂國家。臣私下觀察左仆射越國公楊素，受到的寵幸越來越重，權勢日益顯赫，士大夫們都要看他的眼色行事。違背他心意的人，如同夏天遭遇嚴霜般衰敗；迎合他心意的人，如同冬天得到甘雨般興盛；官員的升降由他一句話決定，朝政的廢興聽他指揮；他所親信的都不是忠誠正直之人，所提拔的都是親戚，子弟遍布各地，占據多個州縣。天下太平之時，他或許還會收斂野心；一旦天下有變故，他必定會成為禍亂的開端。奸臣專權，都是逐漸發展而來的，王莽憑借多年積累的權勢篡漢，桓玄利用改朝換代的機會奪權，最終滅亡了漢朝，顛覆了晉朝。陛下若把楊素當作輔佐重臣，臣擔心他的心思未必像伊尹那樣忠誠。希望陛下借鑒古今教訓，酌情處置，使國家基業永遠穩固，天下百姓幸運！”奏疏呈上后，隋文帝大怒，將梁毗關進監獄，親自審問他。梁毗極力陳說“楊素憑借寵信玩弄權術，率領軍隊時，隨意殺戮。而且太子、蜀王被廢黜時，百官無不震驚恐懼，只有楊素眉飛色舞，面露喜色，把國家的災禍當作自己的幸事。”隋文帝無法反駁，只好釋放了他。
此后，隋文帝也逐漸疏遠猜忌楊素，于是下敕令說：“仆射是國家的宰輔，不必親自處理瑣碎事務，只需每隔三五天到尚書省一次，討論重大事務即可。”表面上是優待尊崇楊素，實際上是剝奪他的權力。從此，楊素在仁壽年間剩余的時間里，不再參與尚書省的事務決策。朝廷又調出楊約，任命他為伊州刺史。
楊素被疏遠后，吏部尚書柳述更加有權勢，兼任兵部尚書，參與掌管機密要務；楊素因此怨恨柳述。
太子楊廣問賀若弼：“楊素、韓擒虎、史萬歲都被稱為良將，他們的優劣如何？”賀若弼說：“楊素是猛將，不是謀將；韓擒虎是斗將，不是領將；史萬歲是騎將，不是大將。”太子問：“那么誰是大將呢？”賀若弼跪拜說：“全憑殿下選擇！”賀若弼的意思是自認為是大將。
交州俚人首領李佛子發動叛亂，占據越王故城，派他哥哥的兒子李大權占據龍編城，另一位首領李普鼎占據烏延城。楊素推薦瓜州刺史長安人劉方有將帥之才，隋文帝下詔任命劉方為交州道行軍總管，統領二十七營軍隊進軍平叛。劉方軍令嚴明，有違反軍令的人必斬；但他愛護士兵，士兵生病時，他親自安撫照料，士兵們也因此真心歸附他。軍隊抵達都隆嶺，遭遇叛軍，將其擊敗。進軍到李佛子的軍營前，劉方先向李佛子陳述利害。李佛子恐懼，請求投降，劉方將他押送到長安。
仁壽三年（癸亥年，公元603年）
秋季八月壬申日，隋文帝賜幽州總管燕榮zisha。燕榮性格殘酷嚴苛，鞭打侍從，動輒就打上千下。他曾看到路邊從生的荊棘，認為可以做刑杖，命令手下取來，立即用它試打路人。有人自稱無罪，燕榮說：“以后你若犯罪，就赦免你。”不久后這人真的犯了罪，燕榮準備用杖打他，這人說：“前些天被打時，您答應以后犯罪就赦免我。”燕榮說：“無罪尚且要打，何況有罪呢！”照樣鞭打他。
觀州長史元弘嗣調任幽州長史，擔心被燕榮侮辱，堅決推辭。隋文帝敕令燕榮：“元弘嗣犯了該打十杖以上的罪，都必須上奏朝廷。”燕榮憤怒地說：“這小子竟敢戲弄我！”于是派元弘嗣監管糧倉收糧，哪怕糧食里夾雜一粒糠、一顆秕谷，都要懲罰元弘嗣。每次鞭打雖然不滿十下，但一天之內，有時會打三四次。這樣過了幾年，兩人的怨恨越來越深。燕榮最終將元弘嗣逮捕入獄，斷絕他的糧食，元弘嗣只好抽出衣服里的棉絮，混著水吞咽充饑。他的妻子到皇宮喊冤，隋文帝派使者調查核實，使者上奏燕榮暴虐無道、貪污受賄聲名狼藉；隋文帝征召燕榮回京城，賜他zisha。元弘嗣接替燕榮治理幽州，手段比燕榮更殘酷。
九月壬戌日，朝廷設置常平官（掌管調節糧價、儲備糧食的官員）。
這一年，龍門人王通到皇宮獻上《太平十二策》，隋文帝沒有采納，王通辭官回鄉。于是王通在黃河、汾水之間講學，從遠方來求學的弟子很多，朝廷多次征召他做官，他都拒絕了。楊素非常敬重他，勸他做官，王通說：“我家有祖先留下的破舊房屋，足夠遮風擋雨；薄田足夠提供粥飯；讀書論道足夠自我娛樂。希望您端正自身來治理天下，讓時節和順、年成豐收，我得到的恩賜就已經很多了，不愿做官。”有人向楊素詆毀王通說：“他其實很輕視您，您為什么還敬重他？”楊素拿這話問王通，王通說：“如果您可以被輕視，那是我對了；如果您不可被輕視，那是我錯了：對錯都在我，與您有什么關系！”楊素仍像以前一樣對待他。弟子賈瓊問王通如何平息誹謗，王通說：“不用辯解。”又問如何消除怨恨，王通說：“不要爭執。”王通常說：“不輕易赦免罪犯的國家，刑罰必定公正；過度征收賦稅的國家，財力必定枯竭。”又說：“聽到誹謗就發怒的人，是讒的媒介；看到贊譽就高興的人，是諂媚的溫床；斷絕媒介、去除溫床，讒和諂媚就會遠離。”隋煬帝大業末年，王通在家中去世，弟子們給他追謚“文中子”。
突厥步迦可汗的部落發生大亂，鐵勒仆骨等十多個部落，都背叛步迦可汗，歸降啟民可汗。步迦可汗的部眾潰散，向西逃奔吐谷渾；長孫晟護送啟民可汗到磧口，啟民可汗于是完全占有了步迦可汗的部眾。
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