開皇二十年（庚申年，公元600年）
春季二月，熙州人李英林發動叛亂。三月辛卯日，朝廷任命揚州總管司馬河內人張衡為行軍總管，率領五萬步兵、騎兵討伐并平定了叛亂。
賀若弼又因事獲罪入獄，隋文帝列舉他的罪狀說：“你有三個‘太過分’：嫉妒心太過分，自以為是、貶低他人的心太過分，目無君主的心太過分。”不久后又釋放了他。有一天，隋文帝對侍從大臣說：“賀若弼在將要討伐陳朝時，對高颎說：‘陳叔寶一定能平定。難道不會出現“飛鳥盡，良弓藏”的情況嗎？’高颎說‘肯定不會這樣’。等到平定陳朝后，賀若弼立刻索要內史令的職位，后來又索要仆射之職。我對高颎說：‘功臣理應授予勛官，不能參與朝政。’賀若弼后來又對高颎說：‘皇太子對我，無話不談。您以后難道不需要我的幫助嗎？何必這樣疏遠我！’他意圖謀取廣陵，又想謀取荊州，這些都是容易發生叛亂的地方，他的野心始終沒有改變。”
夏季四月壬戌日，突厥達頭可汗侵犯邊境，隋文帝下詔命令晉王楊廣、楊素從靈武道出兵，漢王楊諒、史萬歲從馬邑道出兵，攻打達頭可汗。
長孫晟率領歸降的突厥人擔任秦州行軍總管，受晉王楊廣調度。長孫晟因突厥人飲用泉水，容易下毒，就取來各種毒藥投在泉水上游，突厥的人畜飲用后大多死亡，突厥人于是大驚說：“上天降下惡水，是要滅亡我們嗎！”于是連夜逃走。長孫晟率軍追擊，斬殺一千多人。
史萬歲出塞后，抵達大斤山，與突厥軍隊相遇。達頭可汗派遣使者詢問：“隋朝的將領是誰？”偵察騎兵回復：“是史萬歲。”突厥人又問：“難道是當年那個敦煌戍卒嗎？”偵察騎兵說：“是的。”達頭可汗恐懼，率軍撤退。史萬歲率軍追擊一百多里，發兵猛攻，大敗突厥軍隊，斬殺幾千人；又追擊逃敵，深入沙漠幾百里，直到突厥人遠遠逃走才返回。隋文帝下詔派遣長孫晟再次返回大利城，安撫新歸附的突厥人。
達頭可汗又派遣他的侄子俟利伐從沙漠東部攻打啟民可汗，隋文帝再次發兵幫助啟民可汗防守要道；俟利伐被迫退回沙漠。啟民可汗上表謝恩說：“大隋圣人可汗憐憫養育百姓，如同上天無所不覆蓋，大地無所不承載。我染干如同枯木重新長葉，枯骨重新長肉，千世萬世，都愿做大隋掌管羊馬的人。”隋文帝又派遣趙仲卿為啟民可汗修筑金河、定襄兩座城池。
秦孝王楊俊長期患病，無法起身，派遣使者上表謝罪。隋文帝對使者說：“我竭盡全力創建這大業，制定法度、留下榜樣，希望臣下能遵守。你是我的兒子，卻想敗壞它，我不知道該如何責備你！”楊俊又慚愧又恐懼，病情加重，隋文帝于是再次任命他為上柱國；六月丁丑日，楊俊去世。隋文帝為他哭喪，只哭了幾聲就停止了。楊俊生前建造的奢華物品，隋文帝下令全部燒毀。王府的官員請求為楊俊立碑，隋文帝說：“想要留名，一卷史書就足夠了，立碑有什么用！如果子孫不能保住家業，石碑只會成為別人的壓石罷了！”楊俊的兒子楊浩，是崔妃所生；庶子叫楊湛。群臣迎合隋文帝的心意，上奏說：“漢朝栗姬的兒子劉榮、郭皇后的兒子劉強，都因母親獲罪而被廢黜，如今秦王的兩個兒子，母親都有罪，不應繼承爵位。”隋文帝聽從了他們的建議，任命秦國的官員作為喪主主持葬禮。
起初，隋文帝讓太子楊勇參與決斷軍政事務，楊勇對政事的修改建議，隋文帝大多采納。楊勇性格寬厚，做事隨心所欲，沒有虛偽掩飾的行為。隋文帝生性節儉，楊勇曾對蜀地進貢的鎧甲進行裝飾，隋文帝看到后很不高興，告誡他說：“自古以來，沒有喜好奢侈卻能長久統治的帝王。你作為太子，應當以節儉為先，才能繼承宗廟基業。我過去的衣服，各留一件，時常拿出來看看，以此警戒自己。我擔心你現在身為皇太子，會忘記過去的事情，所以賜給你我過去佩戴的刀一把，以及一盒菹醬，這是你當年擔任上士時經常吃的東西。如果還記得過去的事，就該明白我的心意。”
后來到了冬至，百官都去拜見楊勇，楊勇設置樂隊接受朝賀。隋文帝知道后，問朝臣：“最近聽說冬至那天，朝廷內外百官都去東宮朝見，這是什么禮儀？”太常少卿辛亶回答說：“到東宮，是祝賀，不能說是‘朝見’。”隋文帝說：“祝賀的人，按理說幾十人就夠了，各自隨意前往，為什么要由有關部門召集，讓百官同時聚集！太子穿著禮服、設置樂隊等待百官，合適嗎？”于是下詔說：“禮儀有等級差別，君臣的禮節不能混淆。皇太子雖然是皇位繼承人，但從道義上講，也是臣子，而各地長官在冬至日前來朝賀，并進獻貢品，還另外向皇太子進獻，這不符合典章制度，應當全部停止！”從此，隋文帝對楊勇的恩寵開始衰減，逐漸產生猜疑和隔閡。
楊勇有很多寵妃，昭訓云氏尤其受寵。他的妃子元氏不受寵，突發心臟病，兩天后就去世了，獨孤皇后懷疑其中有別的原因，因此責備楊勇。從此，云昭訓專掌東宮內政，生下長寧王楊儼、平原王楊裕、安成王楊筠；高良娣生下安平王楊嶷、襄城王楊恪；王良媛生下高陽王楊該、建安王楊韶；成姬生下潁川王楊煚；后宮姬妾生下楊孝實、楊孝范。獨孤皇后更加不滿，多次派人暗中監視楊勇，尋找他的過錯。晉王楊廣則極力偽裝自己，只和蕭妃居住在一起，后宮姬妾生下孩子都不撫養，獨孤皇后因此多次稱贊楊廣賢德。對于掌權的大臣，楊廣都盡心結交。隋文帝和獨孤皇后每次派侍從到楊廣的住處，無論來人地位高低，楊廣必定和蕭妃到門口迎接，為他們準備豐盛的飯菜，并贈送厚禮；來往的奴婢仆人，沒有不稱贊楊廣仁孝的。隋文帝和獨孤皇后曾親臨楊廣的府第，楊廣把美貌的姬妾都藏到別的房間，只留下年老丑陋的，讓她們穿著樸素的衣服，在身邊侍奉；房間里的屏帳都改用素色的縑帛；故意弄斷樂器的弦，不讓人擦拭上面的灰塵。隋文帝看到后，認為楊廣不喜好聲色，返回皇宮后，把這些情況告訴侍從大臣，心里非常高興。大臣們都為隋文帝感到慶幸，從此，隋文帝對楊廣的寵愛遠超其他兒子。
隋文帝秘密讓善于相面的來和為所有兒子相面，來和回答說：“晉王眉毛上方有雙骨隆起，富貴不可。”隋文帝又問上儀同三司韋鼎：“我的幾個兒子中，誰能繼承皇位？”韋鼎回答說：“陛下和皇后最喜愛的兒子，就會把皇位傳給誰，不是我敢預知的。”隋文帝笑著說：“你不肯明說啊！”
晉王楊廣容貌俊美，舉止優雅，生性聰慧機敏，性格深沉莊重；喜好學習，擅長寫文章；對待朝臣恭敬有禮，態度極為謙卑；因此名聲很大，超過了其他王子。
楊廣擔任揚州總管時，入朝覲見，即將返回揚州，入宮向獨孤皇后辭行，跪在地上流淚，獨孤皇后也傷心落淚。楊廣說：“我生性愚笨，一直堅守兄弟間的情誼，不知道犯了什么過錯，失去了太子的喜愛，他常常心懷怨恨，想要陷害我。我時常擔心會像曾參那樣，因別人的讒而被懷疑，也擔心會在飲食中被人下毒，因此常常憂慮不安，害怕遭遇危險。”獨孤皇后憤怒地說：“楊勇這個小子，越來越讓人無法忍受！我為他娶了元氏女，他竟然不以夫婦之禮對待她，專寵云昭訓，生下這么多豬狗不如的孩子。之前元氏女被毒害而死，我也沒能徹底查清原因，他為什么又對你有這樣的想法！我還在世，他就敢這樣，我死后，他一定會把你們當作魚肉來宰割！每次想到東宮沒有嫡子，等陛下百年之后，你們兄弟還要向云昭訓的兒子跪拜問安，這該是多么痛苦的事啊！”楊廣再次跪拜，嗚咽不止，獨孤皇后也悲痛不已。從此，獨孤皇后下定決心要廢黜楊勇，立楊廣為太子。
楊廣和安州總管宇文述一向關系很好，想讓宇文述靠近自己，就上奏請求任命他為壽州刺史。楊廣尤其親近信任總管司馬張衡，張衡為楊廣謀劃奪取太子之位的策略。楊廣向宇文述詢問計策，宇文述說：“皇太子失去陛下和皇后的寵愛已經很久了，天下人也沒聽說他有什么美德。大王您以仁孝著稱，才能蓋世，多次率軍出征，立下大功；陛下和皇后都鐘愛您，天下人也都希望您能繼承皇位。但廢立太子是國家大事，涉及父子骨肉關系，實在不容易謀劃。不過，能改變陛下心意的人，只有楊素，而楊素只和他的弟弟楊約商議大事。我向來了解楊約，請允許我入朝，與楊約見面，共同謀劃此事。”楊廣非常高興，贈送了很多金銀財寶，資助宇文述入關。
當時楊約擔任大理少卿，楊素無論做什么事，都先和楊約商議后再行動。宇文述邀請楊約，擺出大量珍貴的器物古玩，和他暢飲，趁機一起dubo，每次都故意輸給他，把帶來的金銀財寶全部輸給了楊約。楊約得到很多財物，逐漸向宇文述表示感謝。宇文述趁機說：“這些都是晉王賞賜的，讓我和您一起玩樂罷了。”楊約大驚說：“為什么要這樣？”宇文述于是轉達了楊廣的意思，勸說道：“堅守正道，固然是臣子的本分；但違背常規而合乎道義，也是明智之人的良策。自古以來，賢人君子沒有不順應時勢變化來躲避災禍的。您和楊素兄弟，功勞名聲蓋世，掌權多年，被您家侮辱過的朝臣，數不勝數！而且，皇太子因自己的意愿不能實現，常常對執政大臣恨之入骨；您雖然得到陛下的信任，但想要危害您的人也很多！一旦陛下去世，您又能依靠誰呢？如今皇太子失去皇后的寵愛，陛下也早有廢黜他的想法，這是您知道的。現在如果能請求立晉王為太子，這事只在您兄長楊素的一句話。如果能在此時立下大功，晉王一定會永遠銘記您的恩情，這樣就能擺脫如累卵般的危險，成就如泰山般穩固的地位。”楊約同意了，于是把這個想法告訴了楊素。楊素聽后非常高興，拍手說：“我的智謀，遠不如你，多虧你提醒我。”楊約知道計策可行，又對楊素說：“如今皇后的話，陛下沒有不聽的，應當趁機盡早和皇后結交，這樣才能長久保住榮華富貴，傳給子孫。兄長如果猶豫不決，一旦情況變化，讓太子掌權，恐怕災禍很快就會到來！”楊素聽從了他的建議。
幾天后，楊素入宮陪侍宴會，委婉地說：“晉王孝順友愛、恭敬節儉，和陛下很像。”用這話試探獨孤皇后的心意。獨孤皇后流淚說：“您說得對！我的兒子非常孝順，每次聽說陛下和我派使者去，必定會到邊境迎接；說起和我們分別的事，沒有不流淚的。而且他的妃子也很令人憐愛，我派婢女去，她常常和婢女一起吃飯睡覺。哪像楊勇，整天和云昭訓對坐飲酒，親近小人，猜忌疏遠骨肉！我之所以更加憐愛楊廣，是常常擔心楊勇會暗中殺害他。”楊素知道了獨孤皇后的心意后，就極力說太子楊勇不成器。獨孤皇后于是贈送楊素黃金，讓他協助隋文帝廢黜楊勇、立楊廣為太子。
楊勇大致知道了他們的謀劃，憂慮恐懼，卻想不出辦法，就派新豐人王輔賢用邪術詛咒隋文帝和楊廣；又在東宮后園建造了一個“庶人村”，房屋簡陋，楊勇時常在里面居住，穿著粗布衣服，睡在草席上，希望以此來避禍。隋文帝知道楊勇內心不安，在仁壽宮時，派楊素去觀察楊勇的行為。楊素到了東宮，故意在外面休息，不進去見楊勇，楊勇穿戴整齊等待他，楊素卻故意長時間不進門，以此激怒楊勇；楊勇心懷怨恨，不滿情緒表現在行上。楊素返回后對隋文帝說：“楊勇心懷怨恨，恐怕會有變故，希望陛下多加防備！”隋文帝聽了楊素的讒，對楊勇更加懷疑。獨孤皇后又派人暗中監視東宮，哪怕是極小的事，都會上報隋文帝，并加以歪曲，來構成楊勇的罪狀。
隋文帝于是疏遠猜忌楊勇，在玄武門到至德門之間設置偵察人員，監視楊勇的動靜，凡事都隨時上報。此外，東宮的宿衛人員，凡侍官以上的，名冊都劃歸到各衛府管理，勇猛健壯的人都被調離東宮。又把左衛率蘇孝慈調出京城，任命為淅州刺史，楊勇更加不高興。太史令袁充對隋文帝說：“我觀察天象，皇太子應當被廢黜。”隋文帝說：“天象顯示這種征兆已經很久了，只是群臣不敢說罷了。”袁充是袁君正的兒子。
晉王楊廣又讓督王府軍事姑臧人段達暗中賄賂東宮受寵的臣子姬威，讓他監視太子的動靜，秘密報告給楊素；于是朝廷內外都在議論楊勇的過失，每天都能聽到楊勇的罪狀。段達趁機威脅姬威說：“東宮的過失，陛下都知道了。陛下已經下達密詔，決定廢黜太子、另立他人；你如果能揭發楊勇的罪狀，就能獲得大富貴！”姬威答應了，立即上書揭發楊勇。
秋季九月壬子日，隋文帝從仁壽宮返回京城。第二天，隋文帝駕臨大興殿，對侍從大臣說：“我剛回到京城，本應心情愉快；不知為什么，反而憂愁煩悶！”吏部尚書牛弘回答說：“是我們這些大臣不稱職，讓陛下憂慮辛勞。”隋文帝已經多次聽到關于楊勇的讒，懷疑朝臣都知道這些事，所以在眾人面前發問，希望聽到關于楊勇的過失。牛弘的回答不符合隋文帝的心意，隋文帝于是臉色一變，對東宮的官員說：“仁壽宮離京城不遠，但每次我返回京城，都要嚴密部署儀仗衛隊，就像進入敵國一樣。我最近腹瀉，連衣服都不敢脫下來睡覺。昨天夜里想上廁所，因為擔心后房有緊急情況，又回到前殿居住，這難道不是你們這些人想敗壞我的家業嗎！”于是下令將太子左庶子唐令則等人逮捕，交給有關部門審訊；命令楊素向親近大臣陳述東宮的情況。
楊素于是公開說：“我奉陛下旨意返回京城，命令皇太子核查劉居士的殘余黨羽。太子接到詔令后，臉色大變、情緒激動，聲色俱厲地對我說：‘劉居士的黨羽已經全部伏法，讓我到哪里去追查！你身為右仆射，陛下對你的托付不輕，你自己去核查吧，和我有什么關系！’又說：‘當初隋文帝奪取天下的大事如果沒成功，我會先被誅殺；如今陛下做了天子，竟然讓我比不上各位弟弟，任何一件事都不能自己做主！’接著長嘆一聲，回頭看著我說：‘我真覺得自己是個累贅。’”隋文帝說：“這個兒子不能繼承皇位很久了，皇后一直勸我廢黜他。我因為他是我平民時生下的兒子，又位居長子，希望他能逐漸改正過錯，所以隱忍到現在。楊勇曾指著皇后的侍女對別人說：‘這些都是我的東西。’這話多離譜！他的妃子剛去世時，我很懷疑是被毒害的，曾責備過他，楊勇立刻怨恨地說：‘我遲早要殺了元孝矩（元妃的父親）。’這是想害我卻把怒氣發泄到別人身上啊。長寧王（楊勇長子楊儼）剛出生時，我和皇后一起撫養他，楊勇卻心懷猜忌，多次派人來索要孩子。況且云定興的女兒（云昭訓），是在外面私通生下的孩子，看這來歷，未必是楊勇的親骨肉！過去晉朝太子娶了屠夫的女兒，他們的兒子就喜歡屠宰之事。如今如果太子的孩子不是親生的，就會擾亂皇室宗族。我雖然德行比不上堯、舜，但終究不會把天下百姓交給不成器的兒子！我一直擔心他會加害于我，就像防備大敵一樣；現在我要廢黜他，來安定天下！”
左衛大將軍五原公元旻勸諫說：“廢立太子是大事，詔令一旦施行，后悔就來不及了。讒沒有邊際，希望陛下明察。”
隋文帝沒有回應，命令姬威詳細陳述太子的罪惡。姬威回答說：“太子平時和我說話，一心只想著驕奢享樂，還說：‘如果有勸諫我的人，就該殺了他，不殺一百來人，就不會有人再敢多嘴。’他修建宮殿臺閣，一年四季都不停歇。之前蘇孝慈被免去左衛率的職務，太子怒發沖冠、揮動手臂說：‘大丈夫總有一天，絕不會忘記這件事，一定要報仇雪恨。’另外，東宮宮內需要的物品，尚書省大多依據法令不予供給，太子就發怒說：‘仆射以下的官員，我遲早要殺一兩個人，讓他們知道怠慢我的下場。’太子還常說：‘陛下討厭我有很多庶子，可高緯、陳叔寶難道不是庶子嗎！’他曾讓女巫占卜吉兇，對我說：‘陛下的忌日在開皇十八年，這個日子越來越近了。’”隋文帝流淚說：“誰不是父母所生，他竟然能做出這種事！我最近讀《齊書》，看到高歡放縱他的兒子，心中非常憤怒，怎么能效仿他呢！”于是下令囚禁楊勇和他的兒子們，部署人手逮捕楊勇的黨羽。楊素故意歪曲法律條文，羅織罪名，構陷楊勇等人。
過了幾天，有關部門迎合楊素的心意，上奏說元旻常常曲意侍奉楊勇，心懷依附，在仁壽宮時，楊勇派親信裴弘送信給元旻，信上寫著“不要讓人看見”。隋文帝說：“我在仁壽宮時，哪怕是極小的事，東宮都必定知道，比驛馬傳信還快，我早就覺得奇怪，難道不就是這些人在傳遞消息嗎！”于是派武士在儀仗衛隊中逮捕了元旻。右衛大將軍元胄當時本該下班，卻沒有離開，趁機上奏說：“我剛才沒下班，就是為了防備元旻。”隋文帝把元旻和裴弘關進監獄。
此前，楊勇看到一棵枯老的槐樹，問：“這棵樹能用來做什么？”有人回答說：“古槐最適合取火。”當時衛士都佩戴火燧（取火工具），楊勇就命令工匠制作了幾千個火燧，想分賜給身邊的人；到這時，這些火燧在倉庫里被查獲。又在藥藏局查獲了幾斛艾草，隋文帝對此感到很奇怪，問姬威，姬威說：“太子的用意另有圖謀，陛下在仁壽宮時，太子常飼養一千匹馬，還說：‘直接去守住城門，陛下自然會餓死。’”楊素用姬威的話質問楊勇，楊勇不服，說：“我聽說公家有幾萬匹馬，我身為太子，養一千匹馬，難道就是謀反嗎！”楊素又拿出東宮裝飾華麗的服飾玩物，全部陳列在庭院中，展示給文武百官看，作為太子的罪證。隋文帝和獨孤皇后又多次派使者責備楊勇，楊勇仍不服氣。
冬季十月乙丑日，隋文帝派人召見楊勇，楊勇見到使者，驚慌地說：“難道是要殺我嗎？”隋文帝穿著軍裝，陳列士兵，駕臨武德殿，召集百官站在殿東，宗室親屬站在殿西，把楊勇和他的兒子們帶到殿庭中，命令內史侍郎薛道衡宣讀詔令，廢黜楊勇和他的兒子們的王、公主爵位，全部貶為平民。楊勇跪拜兩次說：“我本該被處死在街市上，作為后人的警示；幸好承蒙陛下憐憫，保住性命！”說完，淚流滿面，接著行禮后離開，左右侍從無不沉默同情。長寧王楊儼上表請求擔任宮廷宿衛，辭懇切哀傷；隋文帝看后很憐憫他。楊素進說：“希望陛下像對有毒的手一樣果斷，不要對他再留情意。”
己巳日，隋文帝下詔：“元旻、唐令則以及太子家令鄒文騰、左衛率司馬夏侯福、典膳監元淹、前吏部侍郎蕭子寶、前主璽下士何竦，全部處死，他們的妻妾子孫都沒入官府為奴。車騎將軍榆林人閻毗、東郡公崔君綽、游騎尉沈福寶、瀛州術士章仇太翼，特別赦免死罪，各打一百杖，本人、妻子兒女以及財產田宅都沒入官府。副作大匠高龍叉、率更令晉文建、通直散騎侍郎元衡，全部處死。”于是召集百官到廣陽門外，宣讀詔令處決這些人。又把楊勇轉移到內史省囚禁，供給五品官的飲食。賞賜楊素三千段布帛，賞賜元胄、楊約各一千段布帛，表彰他們審理楊勇案件的功勞。
文林郎楊孝政上書勸諫說：“皇太子是被小人誤導，應當加以教誨，不應廢黜。”隋文帝大怒，用鞭子抽打他的胸部。
起初，云昭訓的父親云定興，隨意出入東宮，多次進獻奇裝異服和新奇器物來討好楊勇；左庶子裴政多次勸諫，楊勇不聽。裴政對云定興說：“您的行為不符合法度。另外，元妃突然去世，外面議論紛紛，這對太子的名聲很不利。您應當主動引退，否則將會遭遇災禍。”云定興把這話告訴了楊勇，楊勇更加疏遠裴政，后來裴政被調出京城，擔任襄州總管。唐令則被楊勇親近，楊勇常常讓他彈琴唱歌，教東宮宮女演奏，右庶子劉行本責備他說：“庶子應當用正道輔佐太子，怎么能在后宮中討好太子呢！”唐令則很慚愧，卻沒有改正。當時沛國人劉臻、平原人明克讓、魏郡人陸爽，都因擅長文學而被楊勇親近；劉行本對他們不能糾正太子的過錯感到憤怒，常常對三人說：“你們只知道讀書罷了！”夏侯福曾在東宮閣內和楊勇嬉戲，夏侯福放聲大笑，聲音傳到外面。劉行本聽到后，等夏侯福出來，斥責他說：“殿下寬容，才給你面子。你是什么小人，敢如此輕慢！”于是把他交給執法官員治罪。幾天后，楊勇為夏侯福求情，才釋放了他。楊勇曾得到一匹好馬，想讓劉行本騎馬觀賞，劉行本嚴肅地說：“陛下任命我為庶子，是想讓我輔佐殿下，不是讓我做殿下的玩物。”楊勇慚愧地放棄了。等到楊勇被廢黜時，裴政、劉行本已經去世，隋文帝嘆息說：“如果裴政、劉行本還在，楊勇不至于落到這個地步。”
楊勇曾設宴款待東宮官員，唐令則親自彈琵琶，演唱《娬媚娘》。太子洗馬李綱起身對楊勇說：“唐令則身為東宮官員，職責是輔佐太子走正道，卻在大庭廣眾之下把自己當作歌妓，演唱淫靡之曲，污染視聽。如果這事被陛下知道，唐令則的罪過就不可估量了，難道不會連累殿下嗎！我請求立刻治他的罪！”楊勇說：“我只是想取樂罷了，你不要多事！”李綱于是快步走出宴會。等到楊勇被廢黜，隋文帝召集東宮官員嚴厲責備，官員們都惶恐不安，沒人敢回應。只有李綱說：“廢立太子是大事，如今文武大臣都知道不能這樣做，卻沒人敢說話，我怎么敢怕死，不向陛下說明真相呢！太子的本性是中等水平，可以變好，也可以變壞。如果陛下當初選擇正直的人輔佐他，足以讓他繼承大業。如今卻任命唐令則為左庶子，鄒文騰為家令，這兩個人只知道用彈琴唱歌、打獵游玩討好太子，太子怎么會不落到這個地步！這是陛下的過錯，不是太子的罪過。”說完跪在地上流淚嗚咽。隋文帝沉默了很久，神色悲傷地說：“李綱責備我，不是沒有道理，但你只知其一，不知其二。我選擇你做東宮官員，可楊勇不親近信任你，即使再選正直的人，又有什么用呢！”李綱回答說：“我之所以不被親近信任，確實是因為奸臣在太子身邊的緣故。陛下只要殺了唐令則、鄒文騰，再選賢才輔佐太子，怎么知道我最終會被疏遠拋棄呢！自古以來，廢黜嫡長子，很少有不導致國家危亡的，希望陛下深思，不要留下后悔。”隋文帝不高興，宣布退朝，左右侍從都為李綱感到害怕。恰逢尚書右丞職位空缺，有關部門請求任命人選，隋文帝指著李綱說：“這是個好右丞！”立即任命李綱為尚書右丞。
太平公史萬歲從大斤山返回，楊素嫉妒他的功勞，對隋文帝說：“突厥本來已經歸降，最初并沒有侵犯邊境，只是來邊塞放牧罷了。”于是壓下了史萬歲的功勞。史萬歲多次上奏陳述情況，隋文帝仍沒有醒悟。隋文帝廢黜太子時，正在徹底追查東宮黨羽。隋文帝問史萬歲在哪里，史萬歲其實在朝堂上，楊素卻謊稱：“史萬歲去拜見東宮了！”以此激怒隋文帝。隋文帝信以為真，下令召見史萬歲。當時史萬歲部下的士兵有幾百人在朝堂上喊冤，史萬歲-->>對他們說：“我今天會為你們向陛下極力進，事情一定會有結果。”見到隋文帝后，史萬歲說“將士們有功勞，卻被朝廷壓制！”辭激昂憤怒。隋文帝大怒，命令左右侍從將他打死。不久后隋文帝后悔，派人去追，但已經來不及了，于是下詔陳述史萬歲的罪狀，天下人都為史萬歲感到冤枉惋惜。
十一月戊子日，隋文帝立晉王楊廣為皇太子。當天天下發生地震，楊廣請求降低自己的服飾規格，東宮官員不稱自己為臣。十二月戊午日，隋文帝下詔同意。任命宇文述為左衛率。起初，楊廣謀劃奪取太子之位時，洪州總管郭衍參與其中，因此征召郭衍擔任左監門率。
隋文帝把前太子楊勇囚禁在東宮，交給太子楊廣看管。楊勇認為自己被廢黜是冤枉的，多次請求面見隋文帝申冤，但都被楊廣阻止，無法傳達。于是楊勇爬上樹上大喊，聲音傳到隋文帝的住處，希望能被召見。楊素趁機說楊勇神志混亂，被瘋鬼附體，無法再恢復正常。隋文帝相信了楊素的話，最終沒有召見楊勇。
起初，隋文帝平定陳朝后，天下人都認為將會迎來太平，監察御史房彥謙私下對親信說：“陛下猜忌苛刻，太子軟弱，各位藩王專權，天下雖然現在安定，不久后就會有危亂。”他的兒子房玄齡也秘密對房彥謙說：“陛下本來沒有功德，靠欺詐奪取天下，各個兒子都驕奢不仁，一定會自相殘殺，如今雖然太平，隋朝的滅亡很快就會到來。”房彥謙是房法壽的玄孫。
房玄齡和杜杲哥哥的孫子杜如晦都參與了官員選拔，吏部侍郎高孝基以善于識別人才聞名，見到房玄齡后，嘆息說：“我見過的人很多，從沒見過像這位年輕人這樣的，將來必定會成為棟梁之才，可惜我看不到他成就大業了！”見到杜如晦后，對他說：“你有隨機應變的才能，將來必定會擔任棟梁重任。”高孝基把自己的子孫托付給了他們。
隋文帝晚年深信佛教、道教和鬼神之說，辛巳日，首次下詔：“有盜竊、毀壞佛像、天尊像以及五岳、四鎮、四海、四瀆神像的人，按‘不道’罪論處；僧人毀壞佛像、道士毀壞天尊像的人，按‘惡逆’罪論處。”
這一年，征召同州刺史蔡王楊智積入朝。楊智積是隋文帝弟弟的兒子。他生性謹慎，家中沒有私人拜會，日常生活簡樸，隋文帝很憐愛他。楊智積有五個兒子，只教他們讀《論語》《孝經》，不讓他們結交賓客。有人問他原因，楊智積說：“你不了解我！”他的意思是擔心兒子們有才能而招致災禍。
齊州行參軍章武人王伽押送七十多名流放囚犯李參等人前往京城，走到滎陽時，憐憫囚犯們辛苦，把他們都叫過來說：“你們自己犯了國法，身陷牢獄，本是罪有應得；但辛苦押送你們的士兵，你們難道不感到慚愧嗎！”李參等人道歉。王伽于是解開囚犯們的枷鎖，讓押送的士兵停止押送，和囚犯們約定：“某天必須到達京城，如果你們逾期或逃跑，我會為你們承擔死罪。”說完就離開了。流放囚犯們感動喜悅，按時到達京城，沒有一個人逃跑。隋文帝聽說后很驚異，召見王伽交談，稱贊了他很久。于是召集所有流放囚犯，讓他們帶著妻子兒女一起入宮，在殿庭中設宴款待并赦免了他們。隋文帝趁機下詔說：“所有生靈，都有天賦的本性，都知道善惡，能分辨是非。如果用真誠對待他們，明確加以勸導，風俗必定會改變，人們都會向善。過去因天下戰亂，道德教化廢絕，官吏沒有慈愛之心，百姓心懷奸詐之意。我想遵循圣人的法則，用道德教化百姓，而王伽深刻理解我的心意，誠心勸導囚犯，李參等人醒悟，主動到司法部門報到：這說明天下百姓，并非難以教化。如果官吏都像王伽一樣，百姓都像李參一樣，不用刑罰就能治理國家，還會遠嗎！”于是提拔王伽為雍縣縣令。
太史令袁充上表稱：“隋朝建立以來，白天的時間逐漸變長。開皇元年，冬至時的日影長一丈二尺七寸二分；從那以后逐漸變短，到開皇十七年，比原來短了三寸七分。太陽離北極近，日影就短、白天就長；離北極遠，日影就長、白天就短。太陽運行在‘內道’時離北極近，運行在‘外道’時離北極遠。據《元命包》記載：‘日月運行在內道，天體運轉就符合常規。’《京房別對》說：‘天下太平，太陽運行在‘上道’；天下升平，運行在‘次道’；霸主時代，運行在‘下道’。’如今大隋開國，上感上天，日影變短、白天變長，這是自古以來罕見的吉兆。”隋文帝上朝時對百官說：“日影變短的吉慶，是上天的保佑。現在太子剛立，應當改元，就取‘白天變長’的意思定年號。”此后，所有工匠勞作都增加了工作量，理由是白天變長了。工匠們為此苦不堪。
仁壽元年（辛酉年，公元601年）
春季正月乙酉日（初一），隋文帝大赦天下，改年號為“仁壽”。
任命尚書右仆射楊素為左仆射，納蘇威為右仆射。
丁酉日，改封河南王楊昭為晉王。