永元元年（己卯年，公元499年）

春季，正月初一（戊寅日），朝廷宣布大赦天下，更改年號為永元。

太尉陳顯達統領平北將軍崔慧景等人的四萬大軍進攻北魏，想要收復雍州各郡；正月初六（癸未日），北魏派遣前將軍元英率軍抵抗。

正月初八（乙酉日），北魏孝文帝從鄴城出發返回洛陽。

正月十四（辛卯日），南齊皇帝蕭寶卷到南郊祭祀天神。

正月二十一（戊戌日），孝文帝抵達洛陽，途中經過李沖的府第。當時李沖正臥病在床，孝文帝遠遠望見他的府門，不禁落淚；接見洛陽留守官員時，每當談到李沖，孝文帝總會流下眼淚。

孝文帝對任城王元澄說：“我離開京城以來，舊的習俗有沒有稍微改變？”元澄回答：“陛下的教化讓京城日益更新。”孝文帝說：“我進城時，還看見車上的婦人仍戴著帽子、穿著小襖（這是北魏舊俗服飾），怎能說‘日益更新’！”元澄辯解：“穿舊服飾的人少，不穿的人多。”孝文帝斥責道：“任城王，你這說的是什么話！難道非要讓全城人都不穿舊服飾才算嗎！”元澄和留守官員都脫下官帽請罪。

正月二十七（甲辰日），北魏宣布大赦。此前孝文帝前往鄴城時，李彪曾在鄴城南郊迎接拜見，并為過去的過錯請罪。孝文帝當時說：“我本想任用你，但因李仆射（李沖）的緣故才作罷。”隨后安慰了李彪，讓他回去。不久，御史臺令史龍文觀告發：“太子元恂被逮捕時，曾親手寫信為自己申辯，李彪卻沒有把這封信上報。”尚書省上奏請求將李彪押解到洛陽審問。孝文帝認為李彪不會這么做，便讓李彪坐著牛車（未經捆綁）前往洛陽，恰逢大赦，李彪得以赦免罪責。

北魏太保、齊郡靈王元簡去世。

二月初五（辛亥日），北魏任命咸陽王元禧為太尉。

孝文帝連年在外征戰，馮皇后（幽皇后）暗中與宦官高菩薩私通。等到孝文帝在懸瓠病重時，馮皇后更加毫無顧忌，中常侍雙蒙等人成為她的心腹。

彭城公主是宋王劉昶的兒媳，此時已守寡。馮皇后想讓自己的同母弟弟北平公馮夙娶彭城公主，孝文帝同意了這門婚事；但彭城公主不愿意，馮皇后卻強迫她出嫁。彭城公主秘密帶著家仆冒雨前往懸瓠，向孝文帝哭訴此事，還詳細揭發了馮皇后的所作所為。孝文帝心中懷疑，卻暫時隱瞞了這件事。馮皇后得知后，才開始害怕，暗中與母親常氏讓女巫搞“厭禱”（一種詛咒他人的巫術），并對女巫說：“如果皇帝的病治不好，我一旦能像文明太后那樣輔佐年幼的君主臨朝執政，一定會重賞你，讓你享盡富貴。”

孝文帝返回洛陽后，立即逮捕了高菩薩、雙蒙等人，經過審問，他們全部招供。孝文帝在含溫室過夜時，召馮皇后入宮，讓她坐在東邊的柱子旁，距離自己的床榻有兩丈多遠，命令高菩薩等人當面陳述與馮皇后的私情。隨后又召彭城王元勰、北海王元詳入宮，對他們說：“她過去是你們的嫂子，現在是與你們無關的路人，你們進來不用回避她！”又說：“這個女人想親手用刀刺我的肋部！我看在她是文明太后家族女子的份上，沒有廢黜她，只是把她空置于宮中，希望她能自己了斷；你們不要以為我對她還有情意。”元勰、元詳退出后，孝文帝讓馮皇后與他們訣別；馮皇后跪拜磕頭，流淚不止，之后被送入后宮居住。其他妃嬪仍然按照皇后的禮儀侍奉她，只是下令太子不再向她朝拜而已。

起初，馮熙（文明太后的哥哥）娶了恭宗（北魏景穆帝拓跋晃，孝文帝祖父）的女兒博陵長公主。馮熙有三個女兒，兩個成為皇后（馮廢后、馮幽后），一個成為左昭儀，因此馮氏家族的尊貴與寵信在群臣中無人能及，獲得的賞賜累計達數萬之多。博陵長公主生下兩個兒子：馮誕、馮修。馮熙官至太保，馮誕官至司徒，馮修任侍中、尚書，馮熙的庶子馮聿任黃門郎。黃門侍郎崔光與馮聿一同在宮中當值，曾對馮聿說：“你家富貴到了極點，最終一定會衰敗。”馮聿反駁：“我家從未做過虧心事，你為什么要毫無根據地詛咒我！”崔光說：“不是我詛咒你。事物發展到極致就一定會走向衰敗，這是天地間的常理。如果用古代的事例推算，你家不能不謹慎啊。”過了一年多，馮修就出事了。馮修性格浮躁好勝，馮誕多次告誡他，他卻不知悔改，馮誕只好向文明太后和孝文帝報告，孝文帝下令杖打馮修。馮修因此怨恨馮誕，就找毒藥，讓馮誕身邊的人毒殺馮誕。事情敗露后，孝文帝想處死馮修，馮誕卻主動承擔責任，懇切請求饒馮修一命。孝文帝也考慮到馮熙年老，只杖打了馮修一百多下，將他貶為平城的普通百姓。后來馮誕、馮熙相繼去世，不久馮皇后被廢黜，馮聿也被朝廷棄用，馮氏家族就此衰敗。

二月十七（癸亥日），北魏任命彭城王元勰為司徒。

陳顯達與北魏元英交戰，多次擊敗元英的軍隊。陳顯達圍攻馬圈城四十天，城中糧食耗盡，守軍只能吃死人肉和樹皮。二月二十七（癸酉日），北魏守軍突圍逃跑，陳顯達的軍隊斬殺、俘虜了上千人。陳顯達進入馬圈城后，將士們爭相搶奪城中的絹帛，沒有追擊逃跑的魏軍。陳顯達又派遣軍主莊丘黑進攻南鄉，成功攻克。

孝文帝對任城王元澄說：“陳顯達侵擾我國邊境，我如果不親自出征，就無法制服他。”三月初四（庚辰日），孝文帝從洛陽出發，命令于烈留守洛陽，任命右衛將軍宋弁兼任祠部尚書，代理“七兵事”（掌管軍事的官職），輔佐于烈。宋弁處理政務精細勤勉，孝文帝對他的恩寵禮遇僅次于李沖。

三月初七（癸未日），孝文帝抵達梁城。崔慧景正在進攻北魏的順陽，順陽太守、清河人張烈堅守城池；三月初八（甲申日），孝文帝派遣振威將軍慕容平城率領五千騎兵前去救援順陽。

自從孝文帝生病以來，彭城王元勰一直留在宮中侍奉他服藥治病，晝夜不離左右，孝文帝的飲食他一定先嘗過再端給孝文帝，自己則頭發散亂、滿臉污垢，連衣服都不脫就睡覺。孝文帝因長期生病，性情變得暴躁易怒，身邊侍從稍有不慎，動輒就會被下令處死。元勰總是順著孝文帝的心意，尋找合適的時機勸諫，挽救了很多人的性命。

三月初十（丙戌日），孝文帝任命元勰為使持節、都督中外諸軍事（掌管全國軍隊）。元勰推辭說：“我侍奉陛下治病都忙不過來，怎能再治理軍隊！希望陛下另選一位親王，讓他總管軍事，我才能專心照料陛下的病情。”孝文帝說：“侍奉我治病、治理軍隊，都要依靠你。我的病已經到了這個地步，很擔心活不了多久；安定全軍、保住國家，除了你還能有誰！你怎么能再請別人接替，違背我托付的心意呢！”

三月二十一（丁酉日），孝文帝抵達馬圈城，命令荊州刺史、廣陽王元嘉扼守均口，阻斷南齊軍隊的退路。元嘉是元建的兒子。

陳顯達率領軍隊渡過均水向西進軍，占據鷹子山修筑營壘；軍中士兵情緒沮喪、心懷恐懼，與魏軍交戰，多次戰敗。北魏武衛將軍元嵩摘下頭盔沖鋒陷陣，將士們緊隨其后，南齊軍隊大敗。元嵩是元澄的弟弟。

三月二十二（戊戌日）夜里，軍主崔恭祖、胡松用黑色布幔裹住陳顯達，幾個人抬著他，從小路經分磧山逃出均水口，向南撤退。三月二十三（己亥日），魏軍繳獲了陳顯達軍隊的物資，數量以億計算，孝文帝將這些物資分賞給將士，又追擊南齊軍隊到漢水才返回。南齊左軍將軍張千戰死，士兵死亡的有三萬多人。

陳顯達北伐時，軍隊曾進入汋均口。廣平人馮道根勸陳顯達說：“汋均水水流湍急，軍隊前進容易、后退困難；如果北魏軍隊守住險要關口，我們的軍隊就會首尾受困。不如把船只全部丟棄在酂城，從陸路徒步前進，讓各營依次排列，大張旗鼓地進軍，一定能打敗魏軍。”陳顯達沒有聽從。馮道根帶著自己的家丁隨軍出征，等到陳顯達夜里撤退時，士兵們不熟悉山路，馮道根每次走到險要之處，就停下馬為大家指明道路，眾人依靠他才得以保全性命。朝廷下詔任命馮道根為汋均口戍副。陳顯達一向有威名，經過這次戰敗，威名大損。御史中丞范岫上奏請求罷免陳顯達的官職，陳顯達也自己上表請求辭職；朝廷都沒有同意，反而任命陳顯達為江州刺史。崔慧景也放棄順陽，撤兵返回南齊。

三月二十四（庚子日），孝文帝病情加重，決定向北返回洛陽，到達谷塘原時，對司徒元勰說：“后宮的馮皇后長期違背婦德，我死后，可以賜她自盡，用皇后的禮儀安葬她，這樣或許能避免馮氏家族的丑名傳開。”又說：“我的病越來越重，恐怕一定治不好了。雖然打敗了陳顯達，但天下還沒有平定，太子年幼弱小，國家的安危全靠你了。過去霍子孟（霍光）、諸葛孔明（諸葛亮）以異姓的身份接受先帝托孤，何況你是我的親弟弟，又賢明能干，怎能不努力承擔這份重任！”元勰流淚說：“平民百姓，尚且能為知己獻出生命；何況我依托先帝的神靈，蒙受陛下的恩寵！但我作為陛下的至親，長期參與朝廷機密事務，得到的寵信和榮耀顯赫，天下沒有人能比得上；我之所以敢接受重任而不推辭，正是依仗陛下像日月一樣光明，能寬恕我不知退讓的過錯。現在又任命我為首席大臣，總掌朝政大權；這樣會讓我因‘功高震主’而招致災禍，這是必然的。過去周公是圣人，周成王也是英明的君主，周公尚且難免被懷疑，何況我呢！如果這樣安排，陛下對我的愛護，就不能算是有始有終了。”孝文帝沉默了很久，說：“仔細想想你的話，確實有道理，我無法反駁。”于是親手寫下詔書給太子：“你的叔父元勰，品行高潔，如同白云一樣純凈；他厭惡榮華富貴，把松竹的堅貞作為人生追求。我從小就與他親密相處，不忍心與他分離。我去世后，準許元勰辭去官職，放棄爵位，滿足他淡泊退讓的本性。”孝文帝又任命侍中、護軍將軍北海王元詳為司空，鎮南將軍王肅為尚書令，鎮南大將軍廣陽王元嘉為左仆射，尚書宋弁為吏部尚書，讓他們與侍中、太尉元禧，尚書右仆射元澄等六人共同輔佐朝政。

夏季，四月初一（丙午日），北魏孝文帝在谷塘原去世。孝文帝對各位弟弟十分友愛，始終沒有隔閡。他曾從容地對咸陽王元禧等人說：“我死后，如果子孫后代偶遇不成器的君主，你們可以觀察情況，能輔佐就輔佐，不能輔佐就取而代之，不要讓江山被外人奪走。”孝文帝親近任用賢能之人，聽從正確意見如同水流向低處一樣自然，處理政務精細勤勉，從早到晚不知疲倦。他常說：“君主最擔心的是不能做到內心公平、對事物秉持誠意。若能做到這兩點，即便是像胡、越那樣疏遠的人，也能變得像兄弟一樣親近。”他執法雖嚴厲，對大臣的過錯絕不寬容，但對人犯下的小過失，往往會寬恕。曾在飯中發現蟲子，又有侍從進獻肉湯時不小心燙傷他的手，他都笑著赦免了相關的人。祭祀天地五郊、宗廟二分（春祭、秋祭），他從未不親自到場主持禮儀。每次外出巡游或領兵出征，官員上奏請求修整道路，他總說：“粗略修補橋梁，能通車馬就行，不用鏟除草皮把路面修得太平整。”在淮南領兵時，如同在本國境內一樣，嚴禁士兵踩踏損壞粟稻；有時砍伐百姓的樹木供給軍用，都會留下絹帛作為賠償。宮室不到萬不得已不修建，衣服穿破了，洗干凈再繼續穿，馬鞍、馬勒只用鐵木制作而已。孝文帝年幼時力氣大且擅長射箭，能用手指彈碎羊骨，射獵禽獸沒有射不中的；到十五歲時，就不再打獵了。他常對史官說：“時事不能不如實記載。君主掌握賞罰大權，沒人能制約他；如果史書再不記錄他的惡行，那君主還有什么可畏懼忌憚的呢！”

彭城王元勰與任城王元澄商議，因陳顯達撤退還沒走遠，擔心他回頭突襲，于是決定隱瞞孝文帝去世的消息，把孝文帝的遺體移到可躺臥的車輿中，只有他們二人和身邊幾個侍從知道實情。元勰出入時神色和往常一樣，侍奉飲食、進獻藥物、處理外面的奏章，都和平日沒有區別。幾天后，隊伍抵達宛城，夜里把臥輿抬到郡府廳堂，趁機為孝文帝收殮入棺，再把棺木放回臥輿內，外面沒人知曉這件事。元勰派遣中書舍人張儒奉詔書征召太子；又秘密把孝文帝去世的消息告知留守洛陽的于烈。于烈安排留守與隨行人員的事務，舉止毫無異常。太子抵達魯陽，遇到載有孝文帝棺木的車輿，才正式發布喪事消息；四月十二（丁巳日），太子即位，宣布大赦天下。

彭城王元勰跪著向新帝（北魏世宗）呈交孝文帝的幾份遺詔。東宮的官員大多懷疑元勰有謀反之心，暗中防備他，而元勰秉持誠意、恪守禮儀，最終沒有讓對方找到可乘之機。咸陽王元禧抵達魯陽，先留在城外觀察局勢變化，過了很久才進城，對元勰說：“你這次處理喪事，不僅辛苦，實在也很危險。”元勰說：“兄長年紀大、見識深，所以知道其中有危險；我當時像手握毒蛇、騎著猛虎一樣（身處險境卻無暇顧及），沒覺得艱難。”元禧說：“你是埋怨我來得晚了吧。”

元勰等人依據孝文帝的遺詔，下令賜馮皇后自盡。北海王元詳派長秋卿白整進宮給馮皇后送毒藥，馮皇后邊跑邊哭喊，不肯喝毒藥，說：“皇上怎么會有這樣的命令，這是各位親王要殺我啊！”白整上前按住她，強迫她喝下毒藥，馮皇后隨即死去。馮皇后的靈柩運到洛陽城南，咸陽王元禧等人確認她確實已死，對視著說：“就算沒有先帝遺詔，我們兄弟也該決定除掉她；怎能讓品行不端的婦人掌控天下、殺害我們呢！”朝廷給馮皇后定謚號為“幽皇后”。

五月十八（癸亥日），南齊朝廷加封撫軍大將軍始安王蕭遙光為開府儀同三司。

五月二十一日（丙申日，此處日期或為史料記載誤差，需結合上下文核對），北魏將孝文帝安葬在長陵，定廟號為“高祖”。

北魏世宗（宣武帝）想任命彭城王元勰為宰相；元勰多次陳述孝文帝的遺旨，請求滿足自己淡泊退隱的心愿，世宗對著他悲痛大哭。元勰不斷懇切請求，世宗最終任命他為使持節、侍中、都督冀、定等七州諸軍事、驃騎大將軍、開府儀同三司、定州刺史。元勰仍堅決推辭，世宗不準許，他才前往定州任職。

北魏任城王元澄因王肅是外來歸附之人，職位卻在自己之上，內心很不服氣。恰逢南齊投降北魏的嚴叔懋告發王肅圖謀逃回江南，元澄立即拘禁了王肅，并上奏聲稱王肅謀反；但經過核查，沒有找到謀反的證據。咸陽王元禧等人上奏彈劾元澄擅自拘禁宰相，元澄被免去官職，回到府第居住，不久后被外放為雍州刺史。