建武十二年（公元36年，丙申年）
春季，正月，吳漢在魚涪津打敗公孫述的將領魏堂、公孫永，接著包圍武陽。公孫述派女婿史興去救援，吳漢迎戰并擊敗了他，趁機進入犍為郡境內。犍為各縣城的官員都據城堅守。劉秀下詔書讓吳漢直接攻打廣都，占據公孫述勢力的核心地帶。吳漢于是進軍攻打廣都并將其拿下，還派輕騎兵去燒毀成都市橋。公孫述的將領們十分恐懼，日夜有人叛逃，公孫述即使誅殺叛逃者全家，也無法制止。劉秀一心想勸公孫述投降，又下詔書告訴他：“別因為來歙、岑彭被殺害就心存疑慮，現在及時歸降，還能保全宗族。我親手寫的詔書，機會難得，不會有很多次。”但公孫述始終沒有投降的意思。
秋季，七月。馮駿攻克江州，抓獲了田戎。
劉秀告誡吳漢：“成都有十多萬軍隊，不能輕視。你只要堅守廣都，等他們來進攻，別主動和他們硬拼。要是他們不敢來，你就轉移軍營逼近，等他們疲憊了，再出擊。”吳漢卻趁著連勝的勢頭，親自率領兩萬步兵和騎兵逼近成都。在離成都城十多里的地方，他背靠長江北岸扎營，架起浮橋，讓副將武威將軍劉尚率領一萬多人駐扎在長江南岸，兩座軍營相距二十多里。劉秀得知后大驚失色，責備吳漢說：“之前給你千叮萬囑，怎么臨陣就亂了方寸！你既輕敵深入，又和劉尚分開扎營，一旦有緊急情況，根本來不及互相救援。敵人要是出兵牽制你，再用大軍攻打劉尚，劉尚一敗，你也得完蛋。幸好現在還沒出事，趕緊帶兵撤回廣都。”詔書還沒送到，九月，公孫述果然派大司徒謝豐、執金吾袁吉率領十多萬人，分成二十多個營，進攻吳漢，又派別的將領率一萬多人去牽制劉尚，讓他們無法相互救援。吳漢和敵軍大戰一天，戰敗后退回營壘，謝豐趁機包圍了他。吳漢召集將領們激勵道：“我們翻山越嶺，轉戰千里，深入敵人地盤到了成都城下，現在我和劉尚兩處被圍，彼此孤立，形勢危急。我打算悄悄帶兵到南岸和劉尚會合，集中兵力抵抗。大家要是能齊心協力，各自為戰，還有機會立大功；要是做不到，必定全軍覆沒。成敗就在此一舉了。”將領們都說：“行！”于是，他們犒勞士兵，喂飽戰馬，緊閉營門三天不出，還多插軍旗，讓煙火不斷，制造假象。到了夜里，士兵們口中銜枚，悄悄帶兵和劉尚會合。謝豐等人毫無察覺。第二天，他們分兵抵御江北的吳漢，自己則率軍攻打江南。吳漢出動全部兵力迎戰，從清晨打到傍晚，終于大敗敵軍，斬殺了謝豐、袁吉。之后，吳漢帶兵撤回廣都，留下劉尚抵御公孫述，并把情況詳細上奏，深刻地自我檢討。劉秀回復說：“你撤回廣都，做得很對，公孫述肯定不敢繞過劉尚來攻打你。要是他先攻劉尚，你從五十里外的廣都率領全部步兵、騎兵趕去救援，正好能在他們疲憊困頓時發動攻擊，一定能打敗他們！”此后，吳漢和公孫述在廣都到成都之間交戰，八戰八捷，最終把軍隊開到成都外城。臧宮攻克綿竹，拿下涪城，斬殺公孫恢；又接連攻下繁縣、郫縣，和吳漢在成都會師。
李通想避開權勢，便上書請求退休。過了兩年，劉秀才同意他上交大司空印綬，讓他以特進的身份參加朝會。后來有關部門上奏分封皇子，劉秀感念李通最早參與謀劃擁立自己，當天就封李通的小兒子李雄為召陵侯。
公孫述陷入困境，問延岑：“現在該怎么辦？”延岑說：“男子漢就該在絕境中求生，怎么能坐以待斃！錢財容易聚集，別太舍不得。”公孫述于是把金銀布帛全拿出來，招募了五千多名敢死隊員交給延岑指揮。延岑在市橋虛張聲勢，豎起軍旗，擊鼓挑戰，卻暗中派奇兵繞到吳漢軍后面發動襲擊，吳漢戰敗落水，最后拽著馬尾才得以逃生。此時漢軍只剩七天的糧草，便偷偷準備船只，打算撤退。蜀郡太守南陽人張堪聽說后，急忙去見吳漢，分析說公孫述必敗，勸他不要撤軍。吳漢聽從了建議，故意示弱來引誘敵軍。冬季，十一月：臧宮率軍進駐咸陽門；戊寅日，公孫述親自率領幾萬人攻打吳漢，派延岑抵御臧宮。雙方展開大戰，延岑三次交戰都獲勝，從早晨打到中午，士兵們連飯都沒吃，全都疲憊不堪。吳漢趁機派護軍高午、唐邯率領幾萬精銳士兵發動攻擊，公孫述的軍隊頓時大亂。高午沖入敵陣，一槍刺穿公孫述的胸部，公孫述墜馬，左右隨從將他抬回城里。公孫述把軍隊交給延岑指揮，當晚就死了。第二天一早，延岑獻城投降。辛巳日，吳漢殺光了公孫述的妻子兒女，將公孫家族全部滅族，連延岑的家族也沒放過，還縱容士兵大肆搶掠，放火燒毀了公孫述的宮殿。劉秀得知后十分憤怒，嚴厲斥責吳漢，又責備劉尚說：“成都城投降三天了，官吏百姓都已歸順，城里的老人、孩子數以萬計，你們卻突然放縱士兵放火，聽了都讓人痛心。劉尚你是皇族子孫，還擔任過官職，怎么忍心做出這種事！你抬頭看看天，低頭看看地，想想秦西巴放鹿和樂羊喝兒子肉羹這兩件事，哪個更仁義？你們這樣做，完全違背了斬殺敵將、安撫百姓的道義！”
當初，公孫述征召廣漢的李業擔任博士，李業堅決稱病不去。公孫述覺得請不動他很丟臉，就派大鴻臚尹融帶著詔書去威脅李業：“你要是出來做官，就封你公侯之位；要是不出來，就賜你毒酒。”尹融勸說道：“如今天下四分五裂，誰能分清是非對錯？你何必拿自己的性命去冒險呢！朝廷仰慕您的品德，空著官位等你七年了，四季的珍饈美味都惦記著你。你應該上為報答知己，下為子孫考慮，這樣既能保全性命又能留下名聲，不好嗎？”李業感嘆道：“古人說危險的國家不進入，混亂的國家不停留，就是這個道理。君子遇到危險要敢于獻出生命，怎么能用高位厚祿來引誘我！”尹融說：“你還是和家人商量商量吧。”李業說：“我早就下定決心了，不用和妻子兒女商量！”于是喝下毒酒去世。公孫述怕擔上殺害賢才的惡名，派人去吊唁祭祀，還贈送一百匹布帛，李業的兒子李翚逃走，拒絕接受。公孫述又征召巴郡的譙玄，譙玄不去，公孫述也派使者帶著毒藥去威脅他。太守親自到譙玄家勸他動身，譙玄說：“我能保全志向和高潔品格，死了又有什么遺憾！”于是準備喝毒藥。譙玄的兒子譙瑛哭著給太守磕頭，愿意拿出千萬家產來贖父親的命，太守替他求情，公孫述才答應。公孫述還征召蜀郡的王皓、王嘉，怕他們不來，先把他們的妻子兒女抓起來。使者對王嘉說：“趕緊收拾行裝，還能保住妻兒的性命。”王嘉回答：“狗和馬都知道認主人，何況人呢！”王皓搶先自刎，把頭交給使者。公孫述大怒，殺了王皓全家。王嘉聽說后嘆息道：“我還是慢了一步！”于是對著使者拔劍zisha。犍為人費貽不愿在公孫述手下做官，就用漆涂滿全身，假裝患癩瘡，瘋瘋癲癲地躲避征召。同郡的任永、馮信都假裝雙目失明來拒絕應召。劉秀平定蜀地后，下詔書追贈常少為太常，張隆為光祿勛。譙玄已經去世，劉秀用中牢之禮祭祀他，命令當地官府退還他家的錢財，還在李業住的鄉里立表表彰。劉秀征召費貽、任永、馮信，不巧任永、馮信因病去世，只有費貽出來做官，一直做到合浦太守。劉秀認為公孫述的將領程烏、李育有才干，都提拔任用了他們。從此，蜀地百姓都很高興，紛紛歸順朝廷。
當初，王莽任命廣漢人文齊為益州太守，文齊教導百姓務農，訓練軍隊，使各少數民族歸降，關系十分融洽。公孫述掌權時，文齊據險堅守，公孫述抓了他的妻子兒女，許諾封他為侯，文齊也不投降。他聽說劉秀即位后，就從小路派使者去向劉秀匯報情況。蜀地平定后，文齊被征召擔任鎮遠將軍，封為成義侯。
十二月，辛卯日：揚武將軍馬成代理大司空一職。
這一年，參狼羌聯合其他部族侵犯武都，隴西太守馬援將他們擊敗，一萬多人投降，隴右地區恢復安寧。馬援注重廣施恩惠，樹立威信，對待下屬寬厚，放手讓官吏履行職責，自己只抓大事，因此家中每天都有很多賓客、舊友來訪。各部門官員有時來匯報事情，馬援就說：“這是丞、掾該干的事，何必來麻煩我！可憐可憐我這老頭子，讓我輕松點吧。要是有豪門大族欺負百姓，或者狡猾的官吏不服從命令，這才是我太守該管的事。”鄰縣曾經有人報仇，官吏百姓驚慌地說羌人反叛了，大家紛紛逃進城里。狄道縣長跑到府衙，請求關閉城門、發兵防御。當時馬援正和賓客喝酒，他大笑著說：“敵人哪敢再來侵犯我們！去告訴狄道縣長，回去守好衙門。實在害怕得不行，躲到床底下也行。”后來事情漸漸平息，郡里的人都很佩服他。
劉秀下詔書說：“邊境官吏力量不足時，能戰就戰，不能戰就堅守；追擊敵人、判斷敵情，不必受‘逗留不進’的軍法約束。”
山桑節侯王常、牟平烈侯耿況、東光成侯耿純都去世了。耿況生病的時候，劉秀多次親自去探望，還任命耿弇的弟弟耿廣、耿舉為中郎將。耿弇兄弟六人都做了大官，一同在病榻前照料耿況，當時的人們都覺得這是很榮耀的事。
盧芳勾結匈奴、烏桓的軍隊，多次侵犯邊境。劉秀派驃騎大將軍杜茂等人帶兵鎮守北方邊境，修整飛狐道，修筑堡壘，設置烽火臺。杜茂他們和匈奴、烏桓大大小小打了幾十上百仗，卻始終沒能徹底打敗對方。
劉秀下詔讓竇融和河西五郡的太守來京城。竇融等人接到詔書就出發了，一路上跟著他們的官員、賓客很多，車馬有一千多輛，馬牛羊漫山遍野。到了京城后，竇融主動上交了侯爵的印綬。劉秀派使者把印綬還給了他，還召見了他們，賞賜豐厚，恩寵有加，這件事轟動了整個京城。不久后，劉秀任命竇融為冀州牧，又讓梁統擔任太中大夫，姑臧縣長孔奮做武都郡丞。姑臧是河西地區最富饒的地方，當時天下還沒安定，很多人品行不端。在姑臧做官的人，往往不到幾個月就能積累大量財富。但孔奮在任四年，一直廉潔奉公，這反而被其他人嘲笑，說他身處富庶之地卻不懂得給自己謀利。等他跟著竇融進京時，其他太守、縣令拉著滿車的財物，裝滿了河道、田野，只有孔奮沒有錢財，獨自一人乘車趕路，劉秀因此很賞識他。劉秀任命睢陽縣令任延為武威太守，還親自召見他，告誡說：“要好好侍奉上級官員，別壞了名聲。”任延回答：“我聽說忠臣不會無原則附和，迎合上級的臣子未必忠誠。堅守正道、一心為公，這才是做臣子的本分；上下都隨聲附和，對陛下沒好處。好好侍奉上級這個要求，我不敢接受。”劉秀聽了，贊嘆道：“你說得對！”
建武十三年（公元37年）
春季，正月庚申日，大司徒侯霸去世。
正月戊子日，劉秀下詔書說：“各郡、封國以后不要再進貢珍稀美味，太官也不要再接受。那些用來祭祀宗廟的各地特產，還按原來的制度進獻。”當時有外國進獻了一匹名馬，一天能跑一千里，還送了一把價值百金的寶劍。劉秀下詔把寶劍賜給了騎士，讓名馬去拉鼓車。劉秀向來不喜歡聽音樂，也從不把玩珍珠美玉。有一次他出去打獵，夜里才回來，上東門的守將汝南人郅惲拒絕開門。劉秀讓隨從在門縫間露出臉來證明身份，郅惲說：“火光離得太遠，看不清。”堅決不接詔命。劉秀只好繞路，從東中門進城。第二天，郅惲上書勸諫說：“從前周文王不敢沉迷打獵，因為要把精力放在治理百姓上。陛下卻跑到深山打獵，日夜不停，這怎么對得起國家和祖宗呢！”劉秀看了奏章，賞賜郅惲一百匹布，把東中門的守將貶為參封縣尉。
二月，劉秀派捕虜將軍馬武駐扎在虖沱河，防備匈奴入侵。
盧芳攻打云中郡，很久都沒打下來。他的部將隨昱留守九原，想脅迫盧芳投降漢朝。盧芳得知后，帶著十幾個騎兵逃到匈奴，他的部下都歸順了隨昱，隨昱隨后到京城投降。劉秀下詔任命隨昱為五原太守，封為鐫胡侯。
朱祜上奏說：“古時候，臣子受封，不會加封王爵。”丙辰日，劉秀下詔把長沙王劉興、真定王劉得、河間王劉邵、中山王劉茂都降為侯爵。丁巳日，封趙王劉良為趙公，太原王劉章為齊公，魯王劉興為魯公。當時，劉氏宗族和一些原本封國已斷絕但重新封侯的，一共有一百三十七人。富平侯張純，是張安世的四世孫，經歷了王莽時期，因為謹慎守法，一直保留著原來的封爵。建武初年，他第一個到京城朝見，封爵照舊。于是有關部門上奏說：“不是劉氏宗室的列侯，不應該恢復封國。”劉秀說：“張純在宮中擔任警衛十多年，不要廢除他的封爵！”改封他為武始侯，食邑是原來富平侯的一半。
庚午日，劉秀封紹嘉公孔安為宋公，承休公姬常為衛公。
三月辛未日，劉秀任命沛郡太守韓歆為大司徒。
三月丙子日，代理大司空馬成重新擔任揚武將軍。
吳漢從蜀地整頓軍隊后返回，到了宛城，劉秀下詔讓他回家上墳祭祖，還賞賜了兩萬斛谷物。夏季，四月，吳漢回到京城。劉秀大擺宴席犒勞將士，給功臣們增加封邑、重新封爵，一共三百六十五人，外戚和因皇恩受封的有四十五人。確定封鄧禹為高密侯，食邑四個縣；李通為固始侯，賈復為膠東侯，食邑六個縣；其他人也都各有封賞。已經去世的功臣，就給他們的子孫增加封邑，或者改封其他旁系親屬。劉秀在戰爭中多年，厭倦了軍事，也知道天下百姓疲憊不堪，渴望過上安穩日子。自從隴、蜀平定后，不是緊急情況，他再也沒提過軍事方面的事。皇太子曾經問他打仗的事，劉秀說：“從前衛靈公問孔子作戰的事，孔子沒有回答。這不是你該問的。”鄧禹、賈復明白劉秀想停止戰爭，推行文治，不想讓功臣們在京城擁兵自重，就交出兵權，專心研究儒學。劉秀也想著保全功臣們的爵位和封邑，不讓他們因為擔任官職而犯錯，于是撤銷了左、右將軍的官職。耿弇等人也上交大將軍、將軍的印綬，以列侯的身份回家，劉秀給他們加上特進的職位，可以參加朝會。鄧禹在家為人淳厚，有十三個兒子，他讓每個兒子都學習一門技藝，家里規矩嚴格，教育子孫的做法值得后人學習。他的生活開支都來自封邑，從不經營產業謀利。賈復性格剛毅正直，很有氣節，回家后，就閉門不出，涵養自己的威嚴。朱祜等人推薦賈復擔任宰相，劉秀正想嚴格要求三公處理政務，所以功臣們都沒被重用。當時，只有高密侯鄧禹、固始侯李通、膠東侯賈復這三位列侯能和公卿們一起商議國家大事，受到的恩寵特別優厚。劉秀雖然管理功臣很有一套，但常常能寬容他們的小過錯。各地進貢的珍貴美食，劉秀一定會先賞賜給諸侯們，太官那里反而沒有多余的。所以功臣們都能保住自己的福祿，沒有被誅殺或斥責的。
益州把公孫述的樂師、祭祀天地祖先的樂器、彩車、皇帝乘坐的輦車等都送到京城，從此，朝廷舉行重大儀式所需的器物才完備起來。當時戰爭已經結束，天下太平，公文、征調、勞役等事務，都盡量精簡，數量只有從前的十分之一。
甲寅日，劉秀任命冀州牧竇融為大司空。竇融覺得自己不是劉秀的老部下，突然來到京城，地位還在很多功臣之上，每次參加朝會、被召見，都表現得特別謙卑恭敬，劉秀因此對他更加親近優待。竇融心里不安，多次想辭去爵位，還上奏說：“我有兒子，每天都教他們學習儒家經典，不讓他們看天文、讖緯方面的書，就是想讓他們恭敬謹慎、遵守正道，不盼著他們有什么特別的才能，更別說繼承大片封地，享有諸侯的待遇了！”他還多次找機會請求面見劉秀，想當面辭讓，劉秀都沒答應。有一次朝會結束，竇融在席位后徘徊不走，劉秀知道他又想辭讓，就讓身邊的人把他勸走了。后來再見面時，劉秀不等竇融開口就說：“前些天知道你想辭職還鄉，所以讓你天熱時先休息休息。今天見面，咱們說點別的事，別再提辭職的事了。”竇融不敢再堅持請求。
五月，匈奴侵犯河東郡。
建武十四年（公元38年）
夏季，邛谷王任貴派使者來京城匯報過去三年的人口、錢糧等情況，劉秀當即任命他為越巂太守。
秋季，會稽郡發生嚴重的瘟疫。
莎車王賢、鄯善王安都派使者來京城進貢。西域各國深受匈奴繁重賦稅的壓迫，都希望歸屬漢朝，請求漢朝重新設置都護府。劉秀因為國內剛剛安定，沒有答應。
太中大夫梁統上奏說：“我發現，漢元帝初元五年，減輕了三十四條死刑罪的刑罰；漢哀帝建平元年，又減輕了八十一條。其中有四十二條是針對親手sharen的，把死刑減為服苦役。從那以后，這成了固定的法律標準，結果人們不再把犯法當回事，官吏也隨便sharen。我聽說治理國家，要以仁義為主。仁，就是愛護百姓；義，就是維護公正。愛護百姓就要鏟除殘暴，維護公正就要消除混亂。刑罰的輕重應該適中，不能一味從輕。漢高祖建國后，制定法律，很合理；漢文帝只是廢除了肉刑和連坐法，其他都沿用舊制。到了漢哀帝、漢平帝，他們在位時間短，處理的案件少。丞相王嘉隨意改動法律，廢除了先帝定下的很多法規，幾年時間就改了一百多條，有些不符合常理，有些讓百姓不滿意。我把其中對國家危害最大的整理出來，附在奏章后面。希望陛下下詔讓有關部門仔細研究，挑選好的，制定出穩定不變的法律。”劉秀把奏章交給公卿們討論。光祿勛杜林上奏說：“漢朝剛建立時，廢除了嚴苛的法令，天下百姓都很高興。可后來，法令越來越繁雜。有人送點水果、蔬菜，就被當成貪污；一些不影響大義的小事，卻要判重刑。結果法律管不住人，命令也制止不了惡行，上下互相逃避責任，問題越來越嚴重。我認為應該沿用原來的制度，不用改動。”梁統又上奏說：“我建議的，不是要嚴刑峻法。《經》上說：‘治理百姓，刑罰要適中。’適中，就是不輕不重。從漢高祖到漢宣帝，天下太平；到了漢元帝、漢平帝時，盜賊越來越多，就是因為刑罰輕重不當，讓壞人容易犯法。由此可見，減輕刑罰反而帶來dama煩，這是縱容了壞人，卻害了好人！”這件事最后不了了之，劉秀沒有做出答復。
建武十五年（公元39年）
春季，正月辛丑日，大司徒韓歆被免職。韓歆這人說話直來直去，有啥說啥，劉秀常常覺得受不了。有一次，韓歆在劉秀面前預測當年會鬧饑荒，一邊說一邊指指點點，辭非常激烈，因此被罷官，遣返回鄉。可劉秀還是氣不過，又派使者拿著詔書去責備他。韓歆和兒子韓嬰走投無路，最后zisha了。韓歆向來名聲很好，這次死得冤枉，很多人都覺得不公平。劉秀后來也后悔了，就追賜錢財谷物，按照禮儀厚葬了他。
司馬光評論說：從前商高宗對傅說說：“吃了藥如果不感到昏眩，疾病就難以痊愈。”那些懇切率直的諫，對臣子來說可能有危險，但對國家卻是好事。所以君主應該日夜渴求這樣的諫，就怕聽不到。可惜啊，在劉秀這樣賢明的時代，韓歆卻因為直進諫而死，這難道不是劉秀仁明形象的一個污點嗎？
正月丁未日，昴宿星旁出現了彗星。
劉秀任命汝南太守歐陽歙為大司徒。
匈奴侵擾邊境越來越頻繁，地方官府根本抵擋不住。二月，劉秀派吳漢率領馬成、馬武等人向北攻打匈奴，還把雁門、代郡、上谷三郡的官吏百姓共六萬多人，遷到居庸關、常山關以東，好躲避匈奴的侵害。這下匈奴左部又趁機搬到了邊塞以內，朝廷很頭疼，只好增加邊境駐軍，每個據點都部署幾千人。
夏季，四月丁巳日，劉秀分封皇子：劉輔為右翊公，劉英為楚公，劉陽為東海公，劉康為濟南公，劉蒼為東平公，劉延為淮陽公，劉荊為山陽公，劉衡為臨淮公，劉焉為左翊公，劉京為瑯邪公。四月癸丑日，劉秀追謚哥哥劉演為齊武公，哥哥劉仲為魯哀公。劉秀感念劉演沒完成大業就犧牲了，對劉演的兩個兒子劉章、劉興特別疼愛。因為他們從小身份尊貴，劉秀想讓他們多接觸政務，就先讓劉章代理平陰縣令，劉興任緱氏縣令。后來，劉章升任梁郡太守，劉興升任弘農太守。
劉秀發現各地上報的墾田數量很多都不實，戶口和年齡的登記也有虛報、瞞報的情況，就下令讓各州郡重新核查。結果刺史、太守們很多都弄虛作假，借著丈量土地的名義，把百姓趕到田地里，連房屋、村落都一起丈量，百姓們被逼得在路上哭喊。而且他們還偏袒豪強，欺負弱小。當時各州郡都派使者來京城匯報情況，劉秀看到陳留郡官吏的文書上寫著：“潁川、弘農可以查問，河南、南陽不能查問。”劉秀問那個官吏這是什么意思，他死活不承認，還撒謊說是在大街上撿到的，劉秀很生氣。這時候，十二歲的東海公劉陽正在帷帳后面，他說：“這肯定是郡里的指令，讓使者參照其他郡的墾田情況。”劉秀又問：“那為什么說河南、南陽不能查？”劉陽回答：“河南是京城，有很多皇帝的近臣；南陽是皇帝的故鄉，有很多皇親國戚，他們的田產房屋大多超標，不能作為核查的標準。”劉秀馬上讓虎賁將去審訊那個官吏，他這才如實招認，跟劉陽說的一模一樣。從此，劉秀更加喜愛劉陽，覺得他特別聰明。劉秀還派謁者去查辦那些核查土地時徇私舞弊的太守、縣令。
冬季，十一月甲戌日，大司徒歐陽歙出事了。原來他以前當汝南太守時，丈量土地弄虛作假，貪贓枉法的金額多達一千多萬，被關進了監獄。歐陽歙家世代傳授《尚書》，八代人都是博士。他被抓后，一千多個學生跑到宮門前為他求情，有的甚至剃光了頭發表示誠意。平原人禮震才十七歲，也請求替歐陽歙去死。但劉秀最終沒有赦免他，歐陽歙死在了獄中。
十二月庚午日，劉秀任命關內侯戴涉為大司徒。盧芳從匈奴又回到內地，占據高柳縣。這一年，驃騎大將軍杜茂因為縱容軍吏sharen，被免職。劉秀讓揚武將軍馬成接替杜茂，負責修繕邊塞堡壘，每隔十里設置一個了望哨，防備匈奴。還讓騎都尉張堪接管杜茂的軍營，張堪在高柳縣打敗了匈奴。劉秀就任命張堪為漁陽太守。張堪在任八年，把漁陽治理得很好，匈奴不敢來侵犯，他還鼓勵百姓耕種，讓大家都過上了好日子。百姓們編歌唱道：“桑樹沒有多余枝，麥穗飽滿分叉齊。張太守來把政理，日子幸福樂無比！”
安平侯蓋延去世。
交趾郡麊泠縣有個雒將的女兒叫征側，非常勇猛。交趾太守蘇定依法處置她，征側心里怨恨，暗暗準備報復。
建武十六年（公元40年）
春季，二月，征側和她妹妹征貳起兵造反，九真、日南、合浦等地的少數民族也紛紛響應，她們一共攻占了六十五座城池，征側自立為王，把麊泠縣作為都城。交趾刺史和各郡太守只能勉強守住城池，根本無力反擊。
三月辛丑日（月末），發生了日食。秋季，九月，河南尹張汲和十幾個太守，都因為丈量土地弄虛作假，被關進監獄后處死。后來，劉秀曾不經意間對虎賁中郎將馬援說：“我真后悔之前殺了那么多太守、國相！”馬援回答：“他們罪有應得，有什么好后悔的？只是人死不能復生罷了！”劉秀聽了，大笑起來。
各地盜賊紛紛起義，郡縣派兵去圍剿，官兵一到，盜賊就作鳥獸散；官兵一走，他們又聚集起來，青州、徐州、幽州、冀州這四個州的情況尤其嚴重。冬季，十月，劉秀派使者到各州郡宣布新政策：允許盜賊互相檢舉揭發，五個人共同斬殺一個盜賊的，就免除他們的罪行；官吏就算之前有拖延、回避、故意放縱盜賊的行為，也不再追究，只看他們今后抓捕盜賊的成果。各郡的州牧、太守、縣令、縣長，如果轄區內有盜賊卻不抓捕，或者因為害怕而棄城逃跑，都不追究責任，只按抓獲盜賊的數量來評定政績，只有那些隱瞞不報的才會治罪。這下官員們都拼了命地追捕盜賊，盜賊團伙很快就瓦解了。劉秀把盜賊首領都遷到其他郡縣，分給他們土地，發放糧食，讓他們能安穩生活。從這以后，百姓們放牧的牛馬都不用看守，晚上連家門都不用關，社會秩序安定了下來。
盧芳和閔堪派使者向劉秀請求投降，劉秀封盧芳為代王，閔堪為代相，還賞賜了兩萬匹綢緞，讓他們去和匈奴搞好關系。盧芳上書謝恩，表示特別想親自到京城朝見劉秀。劉秀下詔讓他第二年正月來。一開始，匈奴聽說漢朝懸賞捉拿盧芳，想得到賞金，才把盧芳送回來投降。可盧芳卻把這件事當成自己的功勞，壓根不提是匈奴送他回來的，匈奴單于也覺得這事說出去丟人，就沒拿到漢朝的賞金。匈奴因此特別生氣，侵犯邊境比以前更厲害了。
馬援上奏說應該恢復鑄造五銖錢，劉秀同意了。新錢發行后，對百姓生活和經濟發展都很有幫助。
盧芳動身來京城朝見，走到昌平的時候，劉秀下詔讓他先回去，改到第二年再來。
建武十七年（公元41年）
春季，正月，趙孝公劉良去世。當初，懷縣有個大戶人家的李子春，他的兩個孫子殺了人，懷縣縣令趙熹徹查此事，兩個孫子畏罪zisha，但趙熹還是把李子春抓了起來。京城的皇親國戚有幾十人來求情，趙熹都沒答應。劉良病重的時候，劉秀親自去探望，問他還有什么心愿，劉良說：“我和李子春向來交情好，現在他犯了罪，懷縣縣令趙熹要殺他，希望能饒他一命。”劉秀說：“官吏依法辦事，不能徇私枉法。你再說說別的愿望吧。”劉良聽了，沒再說話。劉良死后，劉秀想起他臨終的請求，就赦免了李子春。劉秀還提拔趙熹為平原太守。二月乙未日（月末），發生了日食。