建武六年（公元30年）
正月丙辰日，劉秀把自己的家鄉舂陵鄉改為章陵縣，讓這里的百姓世世代代不用服徭役，待遇和漢高祖劉邦家鄉豐邑、沛縣一樣。
吳漢等人成功攻下朐縣，斬殺了董憲和龐萌，長江、淮河以及崤山以東地區全部平定。將領們回到京城，劉秀擺下慶功宴，賞賜大家。
劉秀打了這么多年仗，實在是厭倦了。再加上隗囂把兒子送到洛陽做人質，公孫述又遠在西南邊陲，一時半會兒威脅不大，就對手下將領們說：“先把這兩個人的事放一放吧。”于是讓將領們在洛陽休整，把部分士兵安置在河內，還多次寫信給隗囂和公孫述，跟他們說明歸順和對抗的不同下場。
公孫述多次給劉秀這邊送信，說自己有各種祥瑞征兆，是天命所歸，想迷惑眾人。劉秀給他回信說：“圖讖里說的公孫，指的是漢宣帝。說取代漢朝的人姓當涂，名高，難道你就是那個當涂高嗎？你還把手掌上的紋路當作祥瑞，王莽那一套有什么好效仿的！你也不是我認定的亂臣賊子，不過是天下大亂時，大家都想趁機成就一番事業罷了。你年紀不小了，妻兒又弱小，應該早點為將來打算。天下至高無上的皇位，不是靠武力就能爭奪到的，你好好想想吧！”劉秀最后還故意在信上稱他“公孫皇帝”。公孫述收到信，根本沒搭理劉秀。
公孫述的騎都尉、平陵人荊邯勸他說：“漢高祖從行伍中崛起，好幾次被打得丟盔棄甲、身陷困境，但每次失敗后都能重新振作，傷口好了接著再戰。為什么呢？因為勇往直前爭取成功，總比退縮等待滅亡強！隗囂趕上好時機，占據雍州，兵強馬壯，人心歸附，威名遠揚到崤山以東。可他在更始帝政權混亂、天下動蕩的時候，沒有抓住機會趁勝爭奪天下，反而想效仿周文王，尊崇儒學，結交名士，放下武器，低聲下氣地侍奉漢朝，還以為自己就是周文王再世！現在漢帝沒了關隴地區的后顧之憂，專心向東討伐，已經占據了天下的四分之三；要是再派使者去招撫那些心懷二心的人，讓西州的豪杰都歸附漢朝，就能占據天下的五分之四；要是漢軍攻打天水，隗囂的軍隊肯定崩潰，天水一丟，漢朝就能控制天下的九分之八。陛下您憑借梁州這塊地盤，既要供養皇室，又要供應軍隊，百姓困苦不堪，早晚會像王莽時期那樣，內部出現叛亂！依我看，應該趁著天下人對您還有期望，豪杰還能被招納，趕緊出動國內精兵。讓田戎占據江陵，扼守長江與南方各地交匯的要地，憑借巫山的險峻地勢，修筑營壘堅守，再發布檄文號召吳、楚之地響應，長沙以南地區肯定望風而降。派延岑從漢中出兵，平定三輔地區，天水、隴西就會不戰自降。這樣一來，天下震動，說不定能有大收獲。”公孫述拿這番話詢問群臣意見，博士吳柱反對說：“當年周武王伐紂，八百諸侯不約而同支持他，他還按兵不動等待天命。從沒聽說過沒有得力幫手，就貿然出兵千里之外的。”荊邯反駁道：“現在東邊的劉秀雖然根基不深，但帶著一群臨時拼湊的軍隊，卻能一路攻城略地，戰無不勝。不趕緊趁現在和他一爭高下，反而空談周武王的做法，這不是又要重蹈隗囂的覆轍嗎？”公孫述覺得荊邯說得有道理，打算征調所有北軍將士和從崤山以東招募的客兵，讓延岑、田戎兵分兩路，和漢中的將領們會合。但蜀地的官員和公孫述的弟弟公孫光都認為，不該傾全國之力到千里之外冒險，把成敗押在一次行動上，極力勸阻，公孫述只好作罷。延岑、田戎也多次請求帶兵立功，公孫述卻一直心存疑慮，不肯答應，在他手下，只有公孫氏族人能得到重用。公孫述還廢除銅錢，改用鐵錢，結果貨幣流通不起來，百姓怨聲載道。他處理政務喜歡在小事上較真，跟他當初當清水縣令時一個樣，還總愛更改郡縣的官名。公孫述年輕時做過郎官，熟悉漢朝舊制，出行都仿照漢朝皇帝的儀仗，又是鸞旗，又是旄騎。他還封兩個兒子為王，把犍為、廣漢的好幾個縣作為他們的封邑。有人勸他：“現在勝負還沒定，將士們在外面吃苦打仗，您卻先封兒子為王，這顯得您沒有大志向啊！”公孫述根本不聽，從此大臣們對他都有了怨。
馮異從長安來京城朝見劉秀，劉秀對大臣們說：“這是我起兵時的主簿，幫我披荊斬棘，平定了關中。”朝見結束后，劉秀賞賜給馮異珍寶、錢財和布帛，還下詔書說：“當年在蕪蔞亭給我送來豆粥，在滹沱河給我送來麥飯，這份恩情我一直沒報答。”馮異磕頭謝恩說：“我聽說管仲對齊桓公說：‘希望您不要忘記我用箭射您衣帶鉤的事，我也不會忘記被關在囚車里的事。’齊國正是因為君臣相互銘記，才得以強大。我也希望陛下不要忘記在河北時的艱難，我也不敢忘記陛下在巾車鄉對我的恩情。”馮異在京城待了十多天，劉秀讓他帶著妻子兒女回關中。
申屠剛、杜林從隗囂那里投奔劉秀，劉秀任命他們為侍御史，又讓鄭興做太中大夫。
三月，公孫述派田戎從江關出兵，想召集他以前的部下，奪取荊州，結果沒能成功。劉秀就給隗囂下詔書，想借道天水去攻打公孫述。隗囂回復說：“白水關地勢險要，棧道也都毀壞斷絕了。公孫述為人嚴酷，上下離心，不如等他罪惡深重，我們再出兵，到時候肯定一呼百應。”劉秀知道隗囂終究不會為自己所用，就開始謀劃討伐他。
四月丙子日，劉秀親自前往長安，拜謁西漢皇帝的陵園，然后派耿弇、蓋延等七位將軍從隴道出發，準備攻打蜀地。出發前，先派中郎將來歙帶著詔書去給隗囂傳達旨意。隗囂卻故意找各種借口拖延，事情一直懸而未決。來歙忍無可忍，質問隗囂：“皇上因為您能明辨是非，懂得興衰之道，才給您寫親筆信推心置腹。您既然表示忠誠，把兒子伯春送到京城做人質，現在卻聽信小人讒，要做讓家族滅門的蠢事嗎！”說著就想上前刺殺隗囂。隗囂慌忙起身躲進內室，召集士兵要殺來歙，來歙卻不慌不忙，拿著符節上車準備離開。隗囂派牛邯帶兵圍住來歙。隗囂的部將王遵勸說道：“來歙雖然只是一個人遠道而來，但他是皇上的表哥，殺了他對漢朝沒什么損失，咱們卻要跟著滅族。當年宋國扣留楚國使者，結果遭遇了百姓易子而食、析骸而爨的大禍。小國之間都不能隨意侮辱使者，何況是面對萬乘之主，再加上伯春還在漢朝當人質呢！”來歙為人重信義，行一致，每次游說都有事實依據，西州的士大夫們都很信任他，紛紛為他求情，來歙這才得以脫身，回到洛陽。
五月己未日，劉秀從長安回到洛陽。
隗囂終于起兵造反，派王元占據隴坻，砍伐樹木堵塞道路。劉秀的將領們和隗囂交戰，結果大敗，各自帶兵退下隴山。隗囂的軍隊緊追不舍，馬武挑選精銳騎兵斷后，斬殺幾千敵軍，其他軍隊才得以安全撤回。
六月辛卯日，劉秀下詔書說：“設置官吏，是為了服務百姓。現在百姓歷經戰亂，人口減少，可郡縣里設置的官職還很多。命令司隸校尉和各州牧如實核查轄區情況，裁減官員，人口少的縣和封國，如果不值得單獨設置長官，就進行合并。”于是，全國合并、撤銷了四百多個縣，官吏數量大幅減少，只保留了原來的十分之一。
九月丙寅日，出現了日食。執金吾朱浮上奏說：“當年堯、舜治理天下，還要經過三次考核；漢朝建立，也是靠長期積累功績，官員們任職時間都很長，有的一直做到子孫都長大。那時候的官吏，也不可能把所有事情都處理得盡善盡美，議論的人難道還少嗎？但大家都明白，成就大業不能急于求成，艱難的事業需要日積月累。可最近地方官員頻繁更換，新官舊官交接，在路上奔波勞頓。這些官員任職時間短，還沒來得及做出成績，朝廷就嚴厲督促，他們為了自保，在被檢舉彈劾的壓力下，害怕被人指責，就爭相弄虛作假，追求虛名，這恐怕就是發生日食的原因。生長太快的東西容易夭折，倉促做成的事也容易毀壞。如果毀掉長久的事業，去追求速成的功勞，對陛下沒有好處。希望陛下把目光放長遠，耐心等待，天下百姓就太幸運了！”劉秀覺得他說得有道理，從此更換州牧、太守不像以前那么頻繁了。
十二月壬辰日，大司空宋弘被免職。
癸巳日，劉秀下詔說：“之前戰事不斷，國家經費不足，所以實行十稅一的政策。現在糧食儲備逐漸充足，下令各郡國恢復舊制，按照三十稅一的標準征收田租。”
劉秀的將領們從隴山敗退下來后，劉秀下令耿弇率軍駐扎在漆縣，馮異駐扎在栒邑，祭遵駐扎在汧縣，吳漢等人則撤回長安屯守。馮異帶領軍隊還沒趕到栒邑，隗囂就趁著勝利的勢頭，派王元、行巡率領兩萬多人從隴山而下，又分派行巡去攻打栒邑。馮異得知消息后，立刻下令部隊疾馳，準備搶先占據栒邑。將領們紛紛勸阻說：“敵人兵力強盛，又正處于連勝的勢頭，我們不能和他們硬拼，不如先找個有利的地方駐扎下來，再慢慢想辦法。”馮異卻堅持道：“敵軍已經到了邊境，憑借著小勝的得意，就想長驅直入。要是讓他們拿下栒邑，三輔地區就會人心動搖。兵法上說，進攻的一方力量往往不足，防守的一方卻能憑借城池占據優勢。我們現在搶先占據城池，以逸待勞，這可不是和敵人正面爭鋒。”于是，馮異率領軍隊悄悄趕到栒邑，關閉城門，放倒軍旗，停止擊鼓，隱藏行蹤。行巡毫不知情，還急急忙忙地率軍趕來。馮異瞅準時機，突然擂響戰鼓，豎起軍旗，率軍殺出。行巡的軍隊頓時驚慌失措，四處奔逃，馮異乘勝追擊，把他們打得大敗。與此同時，祭遵也在汧縣打敗了王元。這下，北地的眾多豪強首領，如耿定等人，紛紛背叛隗囂，向劉秀投降。劉秀又下詔讓馮異進軍義渠，馮異在義渠擊敗了盧芳的部將賈覽以及匈奴的奧鞬日逐王，北地、上郡、安定等地也都相繼投降。
竇融再次派弟弟竇友給劉秀上書說：“我有幸身為先皇后裔，家族幾代人都擔任俸祿二千石的官職，我自己又暫任將帥，鎮守一方。之前派劉鈞向陛下坦誠表白心意，自以為已經把心底的想法毫無保留地說了出來，今后也不會有任何隱瞞。可陛下的璽書中，卻大談蜀地公孫述、您劉秀以及隗囂三足鼎立的形勢，還提到任囂教趙佗割據的計謀，我看了之后，內心深感痛苦。我竇融雖然沒什么見識，但也知道利害關系和順從與叛逆的區別。我怎么可能背叛真正的君主，去侍奉奸邪虛偽的人；放棄忠貞的氣節，去做顛覆大局的事；舍棄已經奠定的根基，去追求不切實際的利益呢？這三種選擇，就算問一個普通人，都知道該怎么取舍，更何況是我呢！我現在派弟弟竇友前往京城，當面表達我的一片赤誠。”竇友走到高平的時候，正趕上隗囂造反，道路被阻斷，沒辦法前行，于是竇友派司馬席封從小路繞道給劉秀送信。劉秀再次派席封回去，并給竇融、竇友兄弟寫信，對他們的撫慰極為優厚。竇融于是給隗囂寫信勸說道：“將軍您在國家遭遇危難的時候，堅守節操，一心侍奉朝廷。我竇融等人之所以欽佩您的高尚品德，愿意追隨您，正是因為這個原因！可您一時憤怒，就改變初衷，放棄已經取得的成果，去做難以成功的事，多年積累的功業，一下子就毀掉了，難道不可惜嗎！恐怕是您身邊出謀劃策的人貪圖功勞，才導致這樣的結果。如今西州地勢狹窄，兵力和百姓都在流失，這種情況下，更容易輔助他人成就大業，卻很難獨自發展壯大。您要是執迷不悟，不知道回頭，不向南和公孫述聯合，就只能向北投靠盧芳了。靠著不可靠的交情去對抗強敵，指望遠方的救援而輕視眼前的敵人，我看這樣做沒有什么好處。自從戰亂爆發以來，城池都變成了廢墟，百姓流離失所，死在荒郊野外。好不容易上天有眼，局勢稍有好轉，可將軍您卻又挑起禍端，這就好比讓久治不愈的病人病情加重，讓孤兒再次陷入顛沛流離，說起來都讓人痛心。普通人都不忍心看到這樣的情況，更何況您這樣以仁義自居的人呢！我聽說，要做到忠誠很容易，但把握好忠誠的分寸卻很難。我太為您擔憂了，這樣苦口婆心勸說，可能會因為這些話而得罪您！”但隗囂根本聽不進去。竇融于是和河西五郡的太守一起整頓兵馬，還上書給劉秀，請求約定討伐隗囂的日期，劉秀對他們的做法十分贊賞。竇融隨即和各位太守帶兵進入金城，攻打隗囂的黨羽先零羌的封何等，大獲全勝。接著，他們沿著黃河進軍，炫耀武力，等待劉秀大軍的到來。可當時劉秀的大軍還沒出動，竇融只好率軍撤回。劉秀見竇融的忠誠和效力十分明顯，對他更加嘉獎，不僅派人修繕竇融父親的墳墓，還用太牢之禮祭祀，還多次派使者，給竇融送去各地的美味特產。梁統擔心大家心里還會猶豫不決，就派人刺殺了勸大家割據的張玄，從此與隗囂斷絕往來，河西五郡的官員也都解下隗囂授予的將軍印綬。
在這之前，馬援聽說隗囂想背叛漢朝，就多次寫信責備、勸說他，隗囂收到信后，對馬援更加惱怒。等到隗囂發兵造反，馬援就向劉秀上書說：“我和隗囂原本是好朋友，當初他派我東行去見您，對我說：‘我本來就想歸附漢朝，希望你去看看情況，如果覺得可以，我就一心一意跟著漢朝。’等我回來，向他坦誠匯報，真心希望能引導他走上正路，絕沒有用不正當的手段欺騙他。可隗囂自己心懷不軌，就像盜賊憎恨主人一樣，把怨恨都發泄在我身上。我要是不把這些說出來，陛下就無法知曉實情。我希望能前往陛下所在之處，詳細陳述消滅隗囂的策略。”劉秀于是召見馬援。馬援向劉秀詳細講述了自己的謀劃。劉秀便派馬援率領五千精銳騎兵，在隗囂的將領之間往來游說，像高峻、任禹這些人，以及羌族的首領，馬援都向他們分析利害禍福，想借此瓦解隗囂的勢力。馬援還寫信給隗囂的部將楊廣，讓他勸勸隗囂：“我看如今天下大局已定，百姓都渴望安定，可隗囂卻頑固地抗拒朝廷，背叛漢朝，成了天下人指責的對象。我常常擔心天下人對他咬牙切齒，想要將他碎尸萬段，所以才寫信給他，表達我的擔憂。沒想到聽說他把過錯都歸到我頭上，還聽信了王游翁的諂媚邪說，自以為函谷關以西的地方，他能輕易掌控。可從現在的形勢來看，真的是這樣嗎？我最近到河內，順路去看望了隗囂的兒子伯春，見到他的家奴吉從西邊回來。吉說，伯春的小弟仲舒見到他，想問伯春是否平安，卻激動得說不出話，從早到晚痛哭不止，在塵土中傷心地打滾。吉還描述了隗囂家里悲傷愁苦的樣子，實在是讓人不忍心聽。有仇怨可以指責，但不該毀了別人全家。我聽了這些，忍不住流下眼淚。我一向知道隗囂孝順慈愛，就算是曾參、閔子騫這樣的大孝子也比不上他。一個對父母孝順的人，難道會不疼愛自己的孩子嗎？他怎么能看著自己的兒子戴著枷鎖，卻還肆意妄為，重蹈當年劉邦父親被項羽威脅要煮了吃肉的覆轍呢？隗囂平日里總說，他擁兵自重，是為了保全家鄉，保護祖先的墳墓，也是為了厚待手下的士人。可如今，他想要保全的家鄉即將破滅，想要保護的祖墳可能被毀，想要厚待的士人也會離他而去。隗囂曾經當面折辱公孫述，拒絕接受他封的爵位，現在卻又想和公孫述同流合污，他難道不覺得羞愧嗎？要是公孫述再要求他送重要的人質過去，他又從哪里再找兒子去當人質呢？以前公孫述只想封他為王，他都拒絕了，現在年紀大了，難道還要低聲下氣地和公孫述的手下混在一起，在充滿怨恨的朝廷里討生活嗎？如今皇上對隗囂一片真心，您應該和牛孺卿等各位德高望重的人一起去勸說他，如果他還是不聽，那咱們真的可以離開他了。我之前查看輿地圖，看到天下共有一百零六個郡國，他怎么能用小小的兩個州，去對抗其余的一百零四個郡國呢？您侍奉隗囂，從君臣關系來說，就應該直進諫；從朋友關系來說，也應該互相切磋。怎么能明知他不會成功，卻只是畏縮不前，什么都不說，跟著他一起滅族呢？現在改變主意，還來得及，再晚可就不好辦了！而且來歙是天下都公認的講信用的人，朝廷也很看重他，他一直惦記著西州，經常為西州說話。我和朝廷商議，朝廷也希望能在這件事上樹立信用，一定不會違背約定。我不能在這里久留，希望您能盡快回信。”但楊廣一直沒有答復。劉秀的將領們每當遇到疑難問題，就會請馬援來商議，大家都很敬重他。
隗囂向劉秀上書謝罪說：“我的手下和百姓聽說朝廷大軍突然到來，驚慌失措，為了自保才出兵抵抗，我沒能及時制止。雖然僥幸打了勝仗，但我不敢廢棄做臣子的禮節，所以親自把軍隊追了回來。從前虞舜侍奉父親，父親用大棒打他，他就逃跑；用小棒打，他就甘愿挨打。我雖然沒那么賢能，但也不敢忘記這個道理！如今我的命運掌握在朝廷手中，要賜我死我就死，要對我用刑我就受刑。如果能讓我改過自新，就算是死了，也會感恩戴德。”劉秀的下屬官員認為隗囂辭傲慢，請求殺掉他的兒子。劉秀不忍心，又派來歙到汧縣，給隗囂送去詔書說：“從前柴將軍說過：‘陛下為人寬厚仁慈，諸侯就算有背叛的行為，但只要后來歸順，陛下都會恢復他們的爵位封號，不會殺他們。’現在你要是能放下武器，再把弟弟隗恂送到京城，就能保住爵位和俸祿，享受大福！我快四十歲了，在軍隊里待了十年，早就聽厭了那些虛情假意的話。你要是不愿意，就不用回復了。”隗囂知道劉秀已經看穿了他的假意，于是派使者向公孫述稱臣。
匈奴和盧芳不斷侵擾邊境，劉秀派歸德侯劉颯出使匈奴，想恢復往日的友好關系。可匈奴單于態度傲慢無禮，雖然也派使者回訪，但邊境的侵擾依舊沒有停止。
建武七年（公元31年）
春天三月，劉秀下令撤銷各郡國的輕車、騎士、材官等軍種，讓這些士兵重新成為普通百姓。
公孫述封隗囂為朔寧王，還不斷派兵和隗囂相互呼應，給他撐腰。
癸亥日，出現了日食。劉秀下詔讓百官上書進，并且規定上書時不能稱他為“圣”。太中大夫鄭興上書說：“國家要是政治不清明，就會在日月運行上出現異象。關鍵在于順應民心，選賢任能。現在公卿大夫們大多舉薦漁陽太守郭汲，認為他可以勝任大司空一職，可朝廷卻不及時決定。外面流紛紛，都說‘朝廷想用功臣擔任大司空’，如果真的任用功臣，那官員的任用就亂了套。希望陛下能委屈自己，聽從大家的意見，成全群臣推舉賢才的美意。近年來，日食大多發生在月末，而且月亮總是提前和太陽重合，這說明月亮運行速度太快。太陽象征君主，月亮象征臣子，君主過于嚴厲急躁，臣子就會感到緊迫，所以月亮運行速度才會加快。如今陛下處理政事英明果決，但群臣卻感到惶恐不安，希望陛下能多考慮用溫和的方式治理國家，重視《洪范》中記載的治國方法。”劉秀一直親自處理政事，有時過于嚴厲急躁，所以鄭興才會在奏疏中提到這些。
建武七年（公元31年）
四月壬午日，劉秀宣布大赦天下。
五月戊戌日，他任命之前的將軍李通擔任大司空。
當時，大司農江馮向劉秀提議：“應該讓司隸校尉監督檢查三公。”司空的屬官陳元卻不同意，上書勸阻說：“我聽說，把臣子當作老師的君主能成就帝業，把臣子當作賓客的君主能成就霸業。周武王把姜太公尊為老師，齊桓公稱管仲為仲父，漢高祖對相國禮遇有加，漢文帝給予宰輔大權。但到了王莽篡漢，他趁著漢朝衰落，獨攬大權，還總覺得自己了不起，不信任大臣，奪走三公的權力，削弱宰相的威嚴，鼓勵大家互相揭發，甚至出現仆人告發主人、子弟檢舉父兄的情況。他制定的法律又嚴苛又細密，大臣們做事都畏手畏腳。即便如此，他還是沒能阻止董忠的謀反，最后自己也落得被殺的下場。現在天下還不太平，百姓都在看著朝廷的一舉一動。陛下應該學習周文王、周武王的治國之道，繼承祖宗的美德，禮賢下士，不應該讓有關部門去監察三公。”劉秀覺得陳元說得在理，就采納了他的建議。
酒泉太守竺曾的弟弟為報仇殺了人，竺曾為了這事，主動辭去了太守的職務。竇融按照劉秀的旨意，任命竺曾為武鋒將軍，同時讓辛肜接替他做酒泉太守。
到了秋天，隗囂帶著三萬步兵和騎兵侵犯安定，一路打到陰盤。馮異率領眾將領抵抗，隗囂又派其他將領從隴山下來，在汧縣攻打祭遵。但隗囂這次沒占到便宜，只能無功而返。劉秀原本打算親自去征討隗囂，還提前和竇融約定了出兵時間，結果遇上大雨，道路被沖斷，加上隗囂的軍隊已經撤退，只好作罷。后來，劉秀讓來歙寫信勸降王遵，王遵就來投降了。劉秀封他做太中大夫，還賜給他向義侯的爵位。
冬天的時候，盧芳因為一些事情殺了五原太守李興兄弟。朔方太守田颯、云中太守喬扈見狀，各自帶著自己管轄的郡向劉秀投降，劉秀讓他們繼續擔任原來的官職。
劉秀特別相信圖讖。有一次，他和鄭興討論郊祀的事情，說：“我想用圖讖來做決定，你覺得咋樣？”鄭興回答：“我不信圖讖。”劉秀一聽就火了，說：“你不信圖讖，是反對它嗎？”鄭興嚇得趕緊解釋：“我只是對圖讖沒什么研究，并不是反對它。”劉秀這才消了氣。
南陽太守杜詩把南陽治理得很好，為百姓興修水利、發展生產、鏟除禍害，老百姓日子過得很舒坦。他還帶領大家整修池塘，開墾農田，家家戶戶都富裕起來。人們把他和以前的好官召信臣相提并論，說“前有召父，后有杜母”，把他們當作父母一樣敬重。
建武八年（公元32年）
春天，來歙帶著兩千多人翻山開路，從番須、回中抄小路，突然襲擊略陽，殺掉了隗囂的守將金梁。隗囂得知消息，大吃一驚：“這也太神出鬼沒了！”劉秀聽說拿下了略陽，高興壞了，說：“略陽是隗囂倚仗的重要據點，心腹被端了，收拾他的其他地方就容易多了！”吳漢等將領聽說來歙占據了略陽，都爭著要去支援。但劉秀覺得，隗囂丟了這么重要的地方，肯定會調集精銳部隊來攻打。如果讓隗囂長時間圍城卻攻不下來，等他的士兵疲憊不堪時，再趁機進攻更好。于是，劉秀把吳漢等人都追了回來。隗囂果然派王元在隴坻防守，行巡把守番須口，王孟堵住雞頭道，牛邯在瓦亭駐軍。隗囂自己則帶著幾萬人包圍了略陽，公孫述也派李育、田弇來幫忙。他們砍樹筑堤，用水灌城。來歙和將士們拼死堅守，箭用完了，就拆房子、砍木頭當武器。隗囂使出全力攻打，好幾個月都沒打下來。
閏四月，劉秀決定親自出征討伐隗囂。光祿勛郭憲勸他：“東方剛平定，陛下不宜遠行。”甚至拔出佩刀砍斷了劉秀馬車的韁繩，但劉秀沒聽勸，率軍西行到了漆縣。將領們大多覺得，朝廷大軍不該冒險深入險要之地，大家猶豫不決。劉秀就把馬援找來商量。馬援分析說，隗囂的將帥已經人心渙散，我們出兵一定能打敗他。他還在劉秀面前用米堆成山谷模型，講解地形和進軍路線，分析得明明白白。劉秀聽了，信心大增：“敵人的情況我清楚了！”第二天一早，大軍就繼續前進，到達高平第一城。竇融率領五郡太守，還有羌人、小月氏等幾萬人的軍隊，帶著五千多輛裝滿物資的車子，和劉秀的大軍會合。當時軍隊剛組建，將領們朝見時禮儀不太規范，竇融就先派屬官去詢問朝見的禮儀。劉秀知道后，覺得竇融做事周到，還把這事告訴了百官。接著，劉秀大擺宴席，用特別隆重的禮節招待竇融等人。隨后，大軍兵分幾路向隴山進發。劉秀讓王遵寫信勸降牛邯，牛邯投降后，被封為太中大夫。這下，隗囂的十三個大將、十六個屬縣、十多萬士兵都投降了。隗囂帶著妻子兒女逃到西城，投奔楊廣，田弇、李育則據守上邽，略陽的包圍也解除了。劉秀犒勞賞賜來歙，讓他坐在最尊貴的席位上，還賜給他妻子千匹細絹。劉秀又前往上邽，下詔給隗囂：“你要是投降，還能父子相見，保你沒事。要是非要像黥布那樣頑固，那就別怪我不客氣。”但隗囂始終不肯投降，劉秀只好殺了他的兒子隗恂。劉秀派吳漢、岑彭包圍西城，耿弇、蓋延包圍上邽。為了表彰竇融，劉秀把四個縣封給他，封他為安豐侯，封竇融的弟弟竇友為顯親侯，五郡太守也都封侯，然后讓他們回到原來鎮守的地方。竇融因為長時間掌管一方，心里不安，多次上書請求派人接替自己。劉秀回復說：“我和你就像左右手，別總推辭，好好安撫百姓，別擅自離開軍隊！”這時，潁川盜賊四起，很多縣城被攻占，河東的守兵也叛變了，京城一片混亂。劉秀后悔地說：“我真該聽郭憲的話。”