在經過朝廷的軍事體制改革之后，山西僅剩一個鎮守山西總兵官，統轄整個山西布政使司的邊防事務，原來的萬全都司和大同、宣府等鎮都予以撤銷，歸入鎮守山西總兵官麾下管理，各衛所為全部歸入山西都司管理，而對于沿邊堡壘，朝廷配置了大同、萬全等分守參將各統帥一個師分守自己的信地，鎮守總兵官麾下也有相應的機動兵力。

同時在山西、開平、東勝等地設立云翼軍，下轄三個騎兵師和相應的配屬部隊，作為朝廷布置在這里的機動力量，直接保證大明外邊和內邊的安全，按照朱載j的規定，在北方組建了機動力強的騎兵軍屯駐在各個戰略要地，作為朝廷威懾北虜，加強邊防的機動力量，這點是極為重要的。

按照朱載j的命令，還組建了騎炮兵，配屬給各騎兵師加強他們的火力，騎馬炮兵及其軍官都騎馬作戰。每名騎馬炮兵配備一把輕騎兵軍刀和兩把手槍，這些手槍固定在馬鞍的羊皮覆蓋物下。相比于普通的炮兵，騎炮兵的機動性更強，因為在和北虜作戰之中，官軍發現敵軍騎兵往往會先于他占據陣地前方的高地，從而阻礙了他的偵察行動。為了更有效地驅逐敵軍騎兵并奪回高地，朱載j決定讓炮群人員乘馬行進，并跟隨前衛部隊或另一支強大的騎兵部隊一同作戰。

這些騎炮兵可以跟隨官軍騎兵機動作戰，炮車等也經過了專門的加固，以保證能夠適應騎兵的奔襲，這些騎炮兵以團為單位，配屬在騎兵師中，除了京軍中有一個騎兵軍之外，朝廷還要組建四個騎兵軍，其中三個部署在北方，用于震懾北虜，一個部署在開封，作為朝廷在中原的機動力量。

而剩余的各個步兵軍，則是配置在朝廷各戰略要地上，同時將南京京營和中都留守司合并，成立天武軍，駐節南京，湖廣的機兵和興都留守司合并，成立虎翼軍，駐節武漢，廣州、緬甸、倭國等大明的戰略要地也要駐守重兵，以守衛大明的國土。

不過令很多人不解的就是，這這次的官軍編制調整中，水師也獲得了兩個軍的編制，靖海和橫海軍，這是很多人所不解的，朱載j隨后讓參謀軍務總署予以解釋，橫海軍主要是官軍在暹羅、占城等地的駐軍，負責和水師一道保護這些大明的藩屬，而靖海軍則是部署在滿剌加外府、淡馬錫城等大明的海外屬地，用以守衛這些戰略要地的部隊，雖然屬于水師管理，但是實際上是陸軍，不過他們可以隨時乘船機動，善于渡海登陸作戰等，也是官軍的一支極為重要的力量。

根據這個編制和部署，官軍的兵力將會向南方傾斜，尤其是在南洋等地區，官軍配置了三個軍，兵力僅次于九邊。_c