除了鎮守總兵官之外，就是官軍各軍的提督軍務總兵官，朱載j命令將沒有戰事官軍加以整編，也統一編制，實施新編制，以軍師制度取代之前的鎮協、營兵和都司衛所制度，統一大明官軍的編制，將大明官軍中的機動力量統一整編為各軍，和鎮守總兵官不同，各軍提督軍務總兵官所負責的就是下轄各軍，統帥這些官軍進行訓練、作戰，直接接受轄區提督的指揮。

同時各軍的配置由參謀軍務總署根據實際情況確定，報請軍機處批準之后由皇帝下旨調動配置給各提督的轄區，各軍是朝廷官軍的進攻和野戰主力，也是朝廷手中的機動力量，所以各軍必須直接由參謀軍務總署指揮，只是臨時由參謀軍務總署和軍機處配置給各提督用以加強戰略、戰役方向官軍兵力，各軍的編制、配置等都直接受軍機處的控制，將之前朝廷部署在各地的機動力量都統一整編為軍師。

在鎮守總兵官麾下，除了各都司衛所之外，也要按照實際情況配置相應的師、團，但是不設立軍的編制，同時將都司從正二品降為正三品，受鎮守總兵官的管理，這樣的話鎮守總兵官和提督軍務總兵官分領軍務，這樣才能夠保證朝廷對于官軍的控制，這點是這次朱載j進行軍事改革的主要目的。

隨著大明疆域的擴大，官軍的員額也一直在增加，這些年也一直有大臣對于此事比較擔憂，因為朝廷為了作戰，常常要授權大將們指揮官軍，大將們在軍中威信過高，對于朝廷來說并非好事，這點朱載j當然也是知道的，一方面朝廷要避免大將專兵給朝廷所帶來的各種威脅，另一方面也要避免將不知兵對于大明國防的威脅，這其中的分寸是不好拿捏的。

朱載j認為還是要加強對于官軍的直接控制，同時還要加強朝廷對于官軍各部的調度，所以朱載j決定統一官軍編制，統一號令，加強調度，這點是極為重要的，現在大明官軍，尤其是陸軍的規模已經超過百萬，規模之大，是現在各國當中最強的，這么龐大的官軍，要予以調度、指揮，首先就是要統一編制，按照參謀軍務總署和清軍督練總督所制定的編制表。

官軍一共編成八十個師和一些獨立旅、團，陸軍員額一百三十五萬余人，除了屬于各鎮守總兵官麾下的官軍之外，官軍一共編成二十個軍，除了京軍六軍直屬于皇帝之外，其余的十四個軍部署于各戰略要害，以保證大明的國防安全。

為了保證朝廷對于各地的控制，官軍各軍駐扎在大明的各處戰略要地和邊防重鎮，同時這次大明的整個北部邊疆防務也進行了大規模的調整，以前大明在北部邊疆設立軍鎮作為防區，但是軍鎮的配置并不合理，最典型的就是山西，山西僅有一省，但是最多的時候宣府、大同、山西三鎮，還有萬全都司等邊防機構，對于山西百姓的壓力是極大的。