申時行的看法就是不能草率結案，必須要嚴究此事，對于閩粵的地方勢力予以嚴厲打擊，才能夠重新在閩粵樹立起朝廷的威信，使得朝廷的能夠對于閩粵兩省予以控制，申時行的這個建議遭到了龐尚鵬的反對，龐尚鵬說道：“朝廷之政，能夠行于閩粵，則閩粵即可安定，何必大動干戈，使得地方騷然呢？”

龐尚鵬還指出，閩粵的地方宗族勢力，也并非對于朝廷來說是全然無用的，在朝廷擴展緬甸、南洋等地的時候，這些內部凝聚力很強的宗族勢力是極有好處的，他們可以幫助朝廷迅速控制這些地方，對于朝廷來說也是有很大優勢的，朝廷日后大規模的經略南洋提供幫助，所以不能夠對于這些宗族勢力過分打擊，朝廷所需要的只是能夠將朝廷的各種政策在閩粵加以實施即可，對于閩粵的地方風俗，不必過多的干涉。

龐尚鵬的這個建議遭到了申時行等人的反對，申時行認為這次必須要對于閩粵的地方宗族勢力予以嚴厲打擊，才能夠樹立朝廷在閩粵的威信，同時這些宗族勢力的存在始終會影響朝廷對于地方的行政，所以必須要嚴厲予以打擊，沈鯉則是認為過猶不及，不必急于一時，羅萬化也認為此事不必過分追究，王家屏則是沒有發表什么意見。

太子聽了重臣們的意見之后，宣布將這些意見請求圣裁，太子來到西苑，向朱載j陳奏了相關的事項，現在內閣和部院為了此事爭執的極為厲害，到底應該怎么辦，還是要朱載j這個皇帝來圣裁的，朱載j于是問道：“那太子以為呢？”

太子說道：“父皇，兒臣以為元輔和大司徒所都還是有些道理的，閩粵的宗族勢力之前過于強大，現在確實是應該予以裁抑，元輔所，雖然有些矯枉過正，但是并無不可，而大司徒所，除了為了桑梓地方，還是為了朝廷的穩定著想，大動干戈，必然影響朝廷的賦稅，這點也是要考慮的。”

朱載j于是問道：“那太子準備如何做呢？”

這點確實很重要的問題，對于朝廷來說，現在應該怎么辦才是最重要的問題，太子也就此事提出了自己的看法，對于現在所出現的這種情況，朱紈案肯定還是要繼續追查下去的，對于閩粵強大的地方宗族勢力和武裝走私團伙，朝廷必須予以嚴厲打擊，同時對于閩粵地方也要加強震懾。

從朝廷向閩粵兩省派遣御史以來，大量的閩粵地方官員因為和這些地方勢力相勾結而被御史所彈劾，在查實之后被移送法司審斷，但是朝廷還沒有大規模的清理這些所謂的地方宗族勢力，對于閩粵的地方宗族勢力，必須要挑選出幾個大的和性質惡劣的予以打擊，才能夠彰顯朝廷的力量，推動朝廷的各項政策落地。