但是龐尚鵬的奏疏到了內閣之后，申時行擬的票是：“待科道行勘議處。”也就是變相將龐尚鵬的要求給否決了，什么叫做待科道行勘議處，科道要行勘之后再上疏朝廷，然后在有內閣與各部院相商量之后決定應該怎么處理，這就不知道要猴年馬月的，這顯然不是龐尚鵬所喜歡的。

而禮部尚書陳經邦業向朝廷上疏，陳述了禮部的看法，就是為朱紈追贈太子太保、左都御史、賜謚忠剛，這當即遭到了東南士紳的反對，他們認為這個謚號不足以表達朱紈的功業，所謂忠剛，危身奉上曰忠；慮國忘家曰忠；追補前過曰剛；強毅果敢曰剛；這其中有一個重要的含義就是追補前過，也就是對于朱紈擅殺之事在謚號中進行了體現。

禮部尚書陳經邦當即遭到了彈劾，很多官因為他的閩粵身份上疏彈劾他，認為他是故意的挾私報復，陳經邦不得已上疏求去，被朱載j下旨慰留，朱載j認為朱紈的這個謚號是很恰當的，不管怎么說，當年他擅殺之罪是確實存在的，這點大家都是清楚的，而以嘉靖的脾氣，對于敢于侵犯他權力的人，是絕對不會手軟的。

所以朱載j認為禮部所擬定的這個謚號還是很合適的，首先肯定了朱紈的忠誠，但是對于朱紈的過失也提出了委婉的批評，追補前過嘛，朱紈已經以自戕的形式追補前過了，所以朱載j還是同意了禮部的這個方案，下旨施行。

同時對于龐尚鵬的奏疏，朱載j直接退回內閣，沒有任何批示，沒有批示也是朱載j的一個態度，就是要求改票，在內閣票擬制度中，皇帝如同意內閣的草擬，即親自或交司禮監太監以朱筆照批于奏章下發，稱為“批紅”；如不同意，則發還內閣重擬，稱為“改票”；如有奏章呈皇帝后不發內閣，不做處理，稱為“留中”。歷朝內閣權力的大小、地位的高低主要表現在“票擬”被采納的程度上。

如之前李春芳、張居正等人擔任首輔期間，所擬的“票擬”，幾乎都轉化為“批朱”的藍本，閣權之重，閣職之隆，自不待。申時行雖然不如李春芳等人受信任，但是之前即便是將內閣擬票駁回，朱載j還是有御批的，但是這次是連御批都沒有，說明朱載j對此是極為不滿的，直接要求內閣全部推翻重來。

事涉內閣和部院的沖突，申時行也不敢輕舉妄動，畢竟現在朱載j的態度是不明確，于是申時行奏請舉行國務會議，召集閣部重臣一道商量此事，朱載j使出不報大法，直接不予回應，不回應自然也是朱載j的態度，只不過要給首輔面子，不把事情做絕罷了。

在這種情況下，申時行當然是知道朱載j的意思了，此事朱載j已經交給了太子處理，他是不會再出面處理此事了，申時行于是前往文華殿求見太子，申時行將會來意說明，朱翊n笑著說道：“父皇不允，自然是認為大司徒說的有道理，元輔以為呢？”

申時行趕緊說道：“大司徒之，確實是為國家考慮，但是閩粵之事，何其復雜，海寇、走私、宗族等事，皆非小事，草率決定，恐非國家之福也。”

太子于是說：“既如此，不如召大司徒來，諸位也聽聽大司徒怎么說？”

申時行也同意這樣，于是將龐尚鵬叫到了文華殿，太子問道：“大司徒日前上本閩粵事，其中或有未明，孤所以請教此事。”

龐尚鵬當然知道為什么叫他來文華殿，之前他的奏疏上去之后沒有回音，那肯定是在擬票和批紅階段出現了問題，這點是很明確，太子召見更說明了這一點。