從朝廷和皇帝的角度來說，朱紈當時的行為，就是擅殺無疑，而且朱紈是自殺的，在其死后，朝廷并沒有再進行追究了，這確實是一個很重要的問題，作為右都御史，勞堪認為自己還是有義務將此事說清楚的，勞堪說道：“陛下，臣審得此事，朱紈之自殺，原因有三，貪昧隱忍，茹柔吐剛，上不能塞責，下不能取容，一也；漳捷既傳，賊徒警動，一時航海者數千家，城中聚觀者，日以萬數，倉卒禍起，必坐激變，二也；身不知退，被論逐回，三也。”

對于此事，勞堪的評價還是比較客觀的，朱紈的死，確實是和這些所謂的閩粵豪商脫不了干系，但是朱紈自己的性格特點也確實是造成了這個悲劇，這點確實還是比較中肯的，朱紈在被彈劾之后就顯得極為焦躁，多次在給同僚的書信中說道：“不死盜賊之手，必死筆舌之鋒。”

當然，在其中出力最大的就是這些閩粵等地的官僚們，在朱紈之死中，兵部侍郎詹榮起到了極為重要的作用，詹榮在給朝廷上疏中說道：“夷船初在舊浯嶼地方，及逐出復回靈宮澳下灣，曾否登岸及的海打劫殺人？所開紙帖、貨帳是否居民勾引接買啟r？該地方官員曾否為其追理？及查往年夷船突至沿海劫掠，及止作買賣未曾劫掠者，各應得何罪？該省相沿舊規作何處分，應否即行擒殺？再照前項夷賊雖稱敵獲，被傷兵福形摶涫輪厙椋空痘裨舴甘準妒欠裾嬲可芤耐醯忱嘧骱紊蟠Γ拷煌謨u舴甘欠袂檎媯形尥魑螅俊

對于朱紈進行了極為嚴厲的彈劾，如果說時任兵部尚書翁萬達是迫于鄉黨的壓力在這件事情上順水推舟的話，那詹榮就是積極促進此事，在其中上躥下跳，必欲扳倒朱紈，詹榮以“福建多賢之鄉，廷論素所倚重”，在朝廷中造勢，營造出朱紈在福建荼毒士紳的形象，然后又借由朱紈擅殺一事，將此事鬧大，想要將朱紈扳倒，這點確實是很清楚的事情。

勞堪說完之后，王錫爵趕緊說道：“陛下，朱紈奉旨行事，漳人大恐，有盡室浮海者，日走往聚觀諸俘，偶語藉藉，逾時乃定。捷聞，則與連者無所釋憾，反疏其擅殺作威，此豈朝廷待功臣之道也？”

朱載j問道：“當年此案，如何了結的？”

勞堪向朱載j詳細匯報了此案的了結過程，經過科道的行勘，認為朱紈身負大罪，反上疏告捷。而盧鏜、柯喬與朱紈相佐，應以首犯論處，其他官員如通判翁燦、指揮李希賢等罪次之，指揮僉事汪有臨、知府盧璧、參將汪大受又次之；拒捕頑抗的葡萄牙人方叔擺等四人當處死，其余佛南波二者等51名當安置；見存通番奸徒當如律發配發遣。兵部三法司根據杜汝楨等人的調查進行復審，判處朱紈、盧鏜、柯喬有罪，翁燦等人下巡按御史審問，汪有臨等人分別予以罰俸等懲處。

但是由于朱紈已死，實際上在朱紈死后，沒有繼續追究，申時行等人出班奏道：“陛下，朱紈自戕，使忠良扼腕，天下嘆息，中外皆搖手不敢禁事，伏祈陛下大振乾綱，裁自宸衷，厚加褒揚，嚴究幕后主使，以慰忠臣之心也！”