嚴嵩的目的是將此事交兵部，加以緩沖，因為嚴嵩自己不是擅長軍務的人，而且朱紈是夏所舉薦的人，所以嚴嵩自然是不可能來保他的，嚴閣老沒有落井下石已經算是夠意思了。但是嚴嵩漏算了一點，就是當時兵部的堂官，尚書翁萬達和侍郎詹榮都是閩粵人，他們自然對于朱紈不可能有什么好印象了。

當然也有可能是嚴閣老知道翁萬達等人就是要搞朱紈，嚴閣老只不過是借刀殺人，敲打一下朱紈，但是沒有想到翁萬達等人將此事做的這么絕。

所以在兵部會同三法司看議之后，向朝廷復奏道：“切照國家制律，一應獄囚，鞫問明白，審錄無冤，猶必轉詳，待報而后處決者慎刑之。所斬賊首李光頭等并交通內應賊犯九十六名是否俱在夷船拒敵？曾否駕使雙桅大船流劫邊海，勾引外夷等項，應否斬首示眾？處斬之時果否在于軍前？如已擒獲日久，因何不行奏請？賊擒于二月，奏發于三月，似非臨陣者比，宜俟得旨行刑。”

兵部對于此事的結論，對于此事來說是蓋棺定論的事情，兵部的這個結論以上，朱紈的擅殺之罪顯然是成立了，朝廷不可能不追究此事的，于是嚴嵩擬票：“差兵科給事中杜汝楨與會同巡按御史陳九德從實查勘具奏。”

而世宗皇帝的朱批是：“朱紈不待奏請，輒便行殺，革了職聽勘；盧鏜、柯喬等差去官提了憲問。”

即便到了這個時候，不管是嚴嵩還是世宗皇帝，也沒有對朱紈動殺心，這點是很清楚的，嘉靖生氣的原因其實在朱批中已經是很說的很清楚的，嘉靖氣惱的就是朱紈不待奏請，輒便行殺，殺人這么大的事情，都不向朝廷奏報了，你朱紈狂的沒邊了，不收拾一下怎么說的過去？

所以嘉靖其實已經為此事劃了界限了，按照殺人的決策是朱紈做的，此事要處分，也是首先處分朱紈才是，但是嘉靖的處分是將朱紈罷官，盧鏜、柯喬交科道行勘，輕重高下其實已經是很清楚了。即便是最后坐實此事，對于朱紈也不會處分的太重的，但是朱紈自殺，將此事搞得極為被動。

朱載j在了解了此事的經過之后，問道：“諸位怎么看此事啊？”

現在要為朱紈昭雪，但是實際上是有個很尷尬的問題，就是朝廷其實從始至終都沒有給朱紈定個明確的罪名，嘉靖在朱批中倒是確定了一點就是不待奏請，輒便行殺，這點其實也就是朱紈的死因，對于嘉靖來說，他是絕對不能容忍這種行為的，這是對于朝廷權力和皇權的侵犯，這是嘉靖一定要懲處他的主要原因。