徐階當然也是明白了嘉靖的意思，在與楊博等人商量之后，召回了部分御史，同時規定了巡按御史的職責，加強了兵備道的權力，同時規定，有關邊墻的修葺等問題，必須由督撫會同總兵、副將、參將等實地勘察之后，報請兵部批準之后再施行，御史僅僅只是監督修葺的過程。

徐階還下令由左都御史周延和右都御史葛守禮負責整頓都察院，吏部尚書王用賓和內閣一道整頓科道，將一批無事生非，專門以彈劾生事的科道官加以裁汰。

而同時，薊遼總督唐順之正式向朝廷舉薦河間知府海瑞為順天巡撫。此事在科道再次引起波瀾，大部分的科道官員都不同意海瑞出任順天巡撫，因為本質上來說，巡撫乃是都察院的外差，海瑞擔任巡撫，照例應當加授都察院右僉都御史一職，也就是成為都察院的高級御史。

但是很多官們認為，科道選用只有二途。首先是庶吉士改授。其次是考選，參加考選的京官必須是進士出身的主事、中書舍人、行人、評事、博士等，地方則推官、知縣。地方推、知入科道，稱行取。但是不管怎么說，都必須是進士出身的官員，哪怕是三甲進士呢？

海瑞不過一介舉人，就想擔任右僉都御史這一職務，實在是有違國朝體例。

這點連徐階也表現的十分為難，一方面是科道對此反應強烈，一方面徐階深知，海瑞是朱載坖一手提拔上來的，這次唐順之的舉薦，背后也是朱載坖，若是徐階阻攔此事，就必然得罪于朱載坖，徐階又不是傻子，怎么可能干這種事情。

徐階于是將唐順之的薦章發吏部，要求王用賓給內閣明白回話，這已經是徐閣老能放水的極限了，讓裕王黨來審查裕王黨的薦章，徐階的意思已經很明確了。

果不其然，王用賓很快上疏內閣，認為海瑞考績優良，理當拔擢。甚至王天官還貼心的幫徐閣老找好了理由，王用賓在給內閣的回文中稱，王天官查考本朝科道官的選任，科道官選任雖很嚴格，但不拘出身、資格，進士、舉貢、監生皆得補選，知縣、學官亦可遷升。海瑞考績優良、清廉自守，絕對能夠擔此重任。

而且王用賓還將嘉靖在嘉靖七年所提出的三途并用的用人之策重新拿出來說了，為吏部和內閣找到了依據，徐階也據此上奏嘉靖，請求任命海瑞為都察院右僉都御史派巡撫順天。

但是雖然嘉靖御批準允了，但是徐階還是低估了科道搞事情的能力，吏科都給事中郭汝霖行使了自己的執奏封駁大權，拒不簽署吏部給海瑞授官的奏疏，這下直接把事情搞大了，因為吏科執掌吏部引選之諸旨，外官領文憑之畫字，他不簽字，海瑞連官憑都領不到。

同時郭汝霖還上奏嘉靖，認為官員仕途流轉，應當重視資格出身，科道清貴之所在，應當更加重視選人，海瑞一介舉人，怎么能夠擔任右僉都御史這樣的要職，并且派巡撫順天，京畿之地，擇人要更加謹慎，同時他還參劾吏部尚書王用賓，選人失當。