而對于眼下的治河問題，朱載坖也提出了自己的一些看法，朱載坖認為治河要注重實地考察、尊重河流天性、因地制宜、統行規劃，持之以恒。

現在朝廷的袞袞諸公，都在用奏折互噴罷了，他們真正對治河又有幾分了解？治河可不是一天兩天就能夠解決的問題，大明官場現在的氣氛就是急功近利，黨同伐異。即便是治河之臣有心認真治河，但是往往只要出一點差錯，就被官彈劾去職，官們根本不管治河的嚴峻現實和難度，往往都是風聞事。

部分人視河工位肥缺，想要上去大撈特撈，導致河工大臣經常難產，朱載坖在奏疏中稱：總河之缺，屢推至十人矣，尚未蒙點，中外惶惶。此一官者，非一人所易為，亦非人所樂為，推而不點，諸臣之幸，非國家之福。

河工繁復，短期難見成效，主事官員頻繁更換，極大地影響治河效率，也容易產生互相推諉的現象。也使得朝廷無法真正的判斷治河之策是否有效。

而且現在官場的風氣就是因循茍且，互相包庇，朱載坖仔細查看了之前治河諸臣的去處，哪怕是出現了決口這樣的大簍子，也不過是暫時免職，到時候繼續起復，高官得做，駿馬得騎，這樣怎么能激發這些治河大臣的治河動力。

朱載坖在奏疏中也談及這個問題了，他奏稱：假令一堤之筑也。倏而報堅，倏而報潰；一渠之浚也，倏而報通，倏而報壅。前者蔽罪于后工之不繼，而后者推罪于前工之本虛。欲罪前也，說盡推諉情狀，已非見任之官，幸免追論；欲罪后也，又以新任之故得從亮原。尺寸之功必酬，尋丈之罪不究。有賞無罰。河工難矣！

而對于現在的治河，朱載坖也很清楚，自己手上是沒有什么人可以去競爭這個位置的，但是朱載坖還是準備推薦一個人給嘉靖，雖然不管是總督漕運和總督河道這樣的肥缺不能爭取，但是朱載坖瞄準的是另外一個好位置，就是巡河御史。

巡河御史也是巡按御史的一種，屬于都察院的外差，巡河御史的職責原是以監察運河日常事務、保障運河正常運轉為主，雖然品級不高，但是權力極重，朝廷對于巡河御史的要求就是：凡河道淤淺，閘壩損壞，躬自提督修浚，務俾舟楫順利，輸運無阻，公私兩便。

運河關系漕運，現在京師有民謠稱：漕糧三月不至則君憂，六月不至則都人啼，一歲不至則國不可者。可見漕運對于大明的重要性。

而為了保障漕運暢通，大明設置了很多官員來保障河道和漕運，從總督大員來說，最高的無疑是總理河道和總督漕運，其下是漕運總兵，還有管河郎中和主事，在河道和漕運的緊要之處，還會設立管河同知和通判。但是朱載坖這次推薦的是潘季馴。

潘季馴是嘉靖二十九年進士，同年底授九江推官，嘉靖三十三年，因為官有能名，升為江西道監察御史。不久后，因父親潘夔去世，而歸鄉守制。至嘉靖三十六年正月服喪期滿，起復為河南道監察御史。

從監察御史調任巡河御史，只是都察院內部的職務調整，而且對于潘季馴這樣一個官場新丁來說，巡河御史無疑是非常適合的崗位，雖然朱載坖很相信潘季馴的能力，但是大明官場一向講求資歷，以潘季馴現在的資歷，就是出任管河郎中都還尚顯不足，巡河御史顯然是最合適的崗位。