神龍元年（乙巳，公元705年）
二月辛亥日，中宗率領文武百官前往上陽宮問候太后的起居；從此以后，每十天去一次。
甲寅日，恢復國號為唐。郊外祭祀、宗廟祭祀、社稷祭祀、帝王陵寢、百官設置、旗幟樣式、官服顏色、文字規范，都恢復到永淳元年以前的舊制。又將神都改回東都，北都仍為并州，尊奉老君為玄元皇帝。
乙卯日，鳳閣侍郎、同平章事韋承慶被貶為高要尉；正諫大夫、同平章事房融被削除官籍，流放到高州；司禮卿崔神慶流放到欽州。任命楊再思為戶部尚書、同中書門下三品、西京留守。
太后遷居上陽宮時，只有太仆卿、同中書門下三品姚元之痛哭流涕。桓彥范、張柬之對他說：“今天難道是您哭泣的時候嗎！恐怕您的災禍會從此開始。”姚元之說：“我侍奉則天皇帝很久了，突然這樣分別，悲痛之情難以抑制。況且我前些天跟隨各位誅殺奸逆，是臣子的道義；今天送別舊君，也是臣子的道義，即使因此獲罪，我也心甘情愿。”當天，姚元之被外放為亳州刺史。
甲子日，冊立妃子韋氏為皇后，大赦天下。追贈皇后的父親韋玄貞為上洛王、母親崔氏為王妃。左拾遺賈虛己上奏疏，認為：“異姓之人不能封王，這是古今通用的制度。如今正是國家中興的開端，天下百姓都翹首以盼陛下的新政；而陛下先封皇后的親族為王，這不是向天下人彰顯美德的做法。況且前朝追贈皇后的父親為太原王，這個教訓并不遙遠，必須防范由此引發的后患。如果已經頒發了恩寵的制書，應當讓皇后堅決推辭，這樣更能增添她謙遜的美德。”中宗沒有聽從。
起初，韋后生下邵王李重潤、長寧公主和安樂公主，中宗被流放房陵時，安樂公主出生在途中，中宗特別疼愛她。中宗在房陵與韋后一同被幽禁，歷經艱難危險，夫妻感情十分深厚。中宗每次聽到朝廷使者到來，就惶恐得想要zisha，韋后制止他說：“禍福沒有定數，寧愿等待死亡，何必這么急切呢！”中宗曾經私下對韋后發誓：“將來有幸重見天日，一定任憑你隨心所欲，不加任何限制。”等到韋后再次成為皇后，便開始干預朝政，就像武則天在高宗時期那樣。桓彥范上奏表，認為：“《易經》說‘婦人不要擅自做主，只需負責家中飲食事務，就能保持貞潔吉祥’，《尚書》說‘母雞在早晨打鳴，這個家庭就會衰敗’，我看到陛下每次臨朝聽政，皇后必定隔著帷幔坐在殿上，參與聽聞政事。我私下觀察自古以來的帝王，沒有哪個與婦人共同執政而不導致國家滅亡、自身受害的。況且以陰凌駕于陽之上，是違背天意的；以婦人欺凌丈夫，是違背人情的。希望陛下借鑒古今的教訓，以國家和百姓為重，讓皇后專門居住在中宮，管理后宮事務，不要到外朝干預國家政事。”
在此之前，胡僧慧范憑借虛假荒誕的法術游走于權貴之門，與張易之兄弟關系密切，韋后也很器重他。等到張易之被誅殺，慧范又聲稱自己參與了誅殺張易之的謀劃，憑借功勞被加封為銀青光祿大夫，賜予上庸縣公爵位，能夠自由出入皇宮，中宗還多次微服前往他的住所。桓彥范再次上奏表說慧范使用旁門左道擾亂朝政，請求誅殺他。中宗都沒有聽從。
起初，武則天誅殺唐朝宗室，有才能德行的人先被處死，只有吳王李恪的兒子郁林侯李千里性情偏激浮躁，沒有才能，又多次進獻祥瑞之物，所以唯獨得以幸免。中宗即位后，將他立為成王，任命為左金吾大將軍。武則天所誅殺的唐朝諸王、王妃、公主、駙馬等人，都沒有人安葬，他們的子孫有的流竄到嶺南，有的被囚禁多年，有的逃匿在民間，成為別人的雇工。到這時，中宗下制書命令州縣尋找他們的靈柩，按照禮儀改葬，追復他們的官爵，召回他們的子孫，讓他們承襲官爵，沒有子孫的就為他們選擇后人繼承。不久，宗室子孫相繼前來，中宗都召見了他們，這些人痛哭流涕、叩拜舞蹈，中宗根據他們與皇室的親疏關系，分別授予不同的爵位和官職。
誅殺張易之、張昌宗時，洛州長史薛季昶對張柬之、敬暉說：“兩個奸兇雖然被除掉了，但武氏子弟就像漢朝的呂產、呂祿一樣仍然存在，除草不除根，終究會再次生長。”張柬之、敬暉二人說：“大事已經平定，他們就像砧板上的肉罷了，能有什么作為！誅殺的人已經夠多了，不能再增加了。”薛季昶嘆息說：“我不知道會死在哪里了！”朝邑尉武強人劉幽求也對桓彥范、敬暉說：“武三思還活著，你們這些人終究會沒有葬身之地；如果不早點圖謀除掉他，將來后悔就來不及了。”桓彥范、敬暉沒有聽從。
中宗的女兒安樂公主嫁給了武三思的兒子武崇訓。上官婉兒是上官儀的孫女，上官儀被殺后，她被沒入后宮為奴，她聰慧善辯，擅長寫文章，熟悉官府事務。武則天很寵愛她，從圣歷年間以后，百官的表章奏疏大多讓她參與決斷；等到中宗即位，又讓她專門負責起草皇帝的制命，更加信任重用她，任命她為婕妤，在宮中掌權。上官婉兒與武三思私通，所以依附武氏集團，又把武三思推薦給韋后，將他引入宮中，中宗于是與武三思商議國家政事，張柬之等人都受到武三思的牽制。中宗讓韋后與武三思一起玩雙陸棋，自己則坐在旁邊為他們點數籌碼；武三思于是與韋后私通，從此武氏集團的勢力再次振興。
張柬之等人多次勸說中宗誅殺武氏集團的人，中宗沒有聽從。張柬之等人說：“武則天革命稱帝之時，李氏宗室幾乎被誅殺殆盡；如今依靠天地神靈，陛下得以恢復帝位，而武氏集團的人卻濫用官職、僭越爵位，依然安穩如故，這難道是天下人所期望的嗎！希望陛下稍微削減他們的俸祿和官職，以安慰天下百姓！”中宗還是沒有聽從。張柬之等人有的拍著坐床嘆息憤怒，有的氣得彈指出血，說：“陛下過去擔任英王時，被稱為勇敢剛烈，我們之所以不誅殺武氏集團的人，是想讓陛下親自誅殺他們，以彰顯天子的威嚴。如今反而這樣，大勢已去，我們還能怎么辦呢！”
中宗多次微服前往武三思的府邸，監察御史清河人崔皎秘密上奏疏勸諫說：“國家命運剛剛恢復，則天皇帝還在上陽宮，人心仍然有依附武氏的；周朝的舊臣，仍然在朝廷任職，陛下為什么輕易外出游幸，不防備像豫且那樣捕獲白龍的禍患（比喻意外災禍）！”中宗把崔皎的話泄露了出去，武三思的黨羽對此恨之入骨。
丙寅日，任命太子賓客武三思為司空、同中書門下三品。
左散騎常侍譙王李重福，是中宗的庶子；他的妃子，是張易之的外甥女。韋后厭惡他，在中宗面前誣陷說：“李重潤的死，是李重福造成的。”因此將李重福貶為濮州員外刺史，又改任均州刺史，常常命令州府官吏監視防守他。
丁卯日，任命右散騎常侍安定王武攸暨為司徒、定王。
辛未日，相王堅決推辭太尉及主持政事的職務，中宗同意了；又想立相王為皇太弟，相王堅決推辭，中宗才作罷。
甲戌日，任命國子祭酒始平人祝欽明為同中書門下三品，黃門侍郎、主持侍中事務的韋安石為刑部尚書，免去他主持政事的職務。
丁丑日，武三思、武攸暨堅決推辭新的官爵及政事，中宗同意了，同時加授他們開府儀同三司。
冊立皇子義興王李重俊為衛王，北海王李重茂為溫王，仍然任命李重俊為洛州牧。
三月甲申日，中宗下制書：“文明元年以來家族被破亡的子孫，都恢復原來的資蔭待遇，只有徐敬業、裴炎不在赦免之列。”
丁亥日，中宗下制書：“酷吏周興、來俊臣等人，已經死去的追奪官爵，還活著的都流放到嶺南荒涼惡劣的地方。”
己丑日，任命袁恕己為中書令。
用安車（古代一種舒適的車子）到嵩山征召安平王武攸緒，武攸緒到達京城后，任命為太子賓客；他堅決請求返回嵩山，中宗同意了。
中宗下制書：“梟氏、蟒氏都恢復原來的姓氏。”（武則天時期曾將李唐宗室中的反對者改姓梟、蟒）
術士鄭普思、尚衣奉御葉靜能都憑借虛假荒誕的法術得到中宗的信任重用，夏季四月，中宗用墨敕（皇帝親筆書寫、不經外廷審議的敕令）任命鄭普思為秘書監，葉靜能為國子祭酒。桓彥范、崔玄暐堅決反對，中宗說：“已經任用了他們，不能輕易更改。”桓彥范說：“陛下剛即位時，下制書說：‘政令都依照貞觀年間的舊例。’貞觀年間，魏征、虞世南、顏師古擔任秘書監，孔穎達擔任國子祭酒，難道鄭普思、葉靜能能與他們相比嗎！”庚戌日，左拾遺李邕上奏疏，認為：“《詩經》三百篇，用一句話來概括，就是‘思想純正’。如果有神仙能讓人長生不老，那么秦始皇、漢武帝早就得到了；如果佛教能為人帶來福運利益，那么梁武帝早就得到了。堯、舜之所以能成為帝王的典范，也只是注重治理人間事務罷了。尊寵這些術士，對國家有什么補益呢！”中宗都沒有聽從。
中宗即位當天，就派人從高要縣緊急征召魏元忠；丁卯日，魏元忠到達京城，被任命為衛尉卿、同平章事。
甲戌日，任命魏元忠為兵部尚書，韋安石為吏部尚書，李懷遠為右散騎常侍，唐休瓃為輔國大將軍，崔玄暐代理益州長史，楊再思代理揚州長史，祝欽明為刑部尚書，都擔任同中書門下三品。魏元忠等人都是因為曾是中宗在東宮時的僚屬而受到褒獎。乙亥日，任命張柬之為中書令。
戊寅日，追贈已故邵王李重潤為懿德太子。
五月壬午日，將武周宗廟的七位神主遷到西京崇尊廟。中宗下制書：“武氏三代的名諱，上奏政事的人都不得觸犯。”
乙酉日，在東都建立唐朝的太廟、社稷。
將張柬之等人以及武攸暨、武三思、鄭普思等十六人都列為立功之人，賜予鐵券，除了謀反叛逆之外，每人都可以赦免十次死罪。
癸巳日，敬暉等人率領百官上奏表，認為：“五行更替興盛，天下不能同時有兩個主導者。天授年間武則天革命稱帝時，李氏宗室被誅殺流放殆盡，怎么能讓武氏子弟與李氏宗室一同封王！如今上天授命重新開始，而武氏子弟的封爵仍然和以前一樣，并且都居住在京城，這是開天辟地以來沒有過的道理。希望陛下為國家社稷著想，順應天下百姓的心愿，降低他們的王爵，以安定朝廷內外。”中宗沒有同意。
敬暉等人害怕武三思的讒陷害，把考功員外郎崔湜當作耳目，窺探武三思的動靜。崔湜看到中宗親近武三思而猜忌敬暉等人，便把敬暉等人的謀劃全部告訴了武三思，反而成為武三思的親信；武三思引薦他為中書舍人。崔湜是崔仁師的孫子。
在此之前，殿中侍御史南皮人鄭愔諂媚侍奉張易之、張昌宗，二張敗亡后，鄭愔被貶為宣州司士參軍，又因貪污罪，逃亡到東都，私下拜見武三思。剛見到武三思時，他哭得非常傷心，不久后又大笑起來。武三思一向地位尊貴，對他的舉動感到很奇怪，鄭愔說：“起初見到大王時哭泣，是為大王將要被殺死、家族被滅而悲哀。后來大笑，是為大王得到我而高興。大王雖然得到了天子的信任，但那五個人（指張柬之、敬暉、桓彥范、袁恕己、崔玄暐）都占據著將相的權力，膽略過人，廢除太后就像翻手掌一樣容易。大王自己覺得權勢地位與太后相比誰更重？那五個人日夜咬牙切齒，想要吃大王的肉，不把大王的家族全部消滅不足以滿足他們的心愿。大王不除掉這五個人，處境就像早晨的露水一樣危險，卻還安然自得地認為自己像泰山一樣安穩，這就是我為大王感到寒心的原因。”武三思非常高興，與他一起登上高樓，詢問自我保全的計策，引薦他為中書舍人，與崔湜一起成為武三思的主要謀士。
武三思與韋后日夜在中宗面前讒陷敬暉等人，說他們“依仗功勞專擅朝政，將會對國家社稷不利。”中宗相信了他們的話。武三思等人趁機為中宗謀劃：“不如封敬暉等人為王，免去他們的政事職權，表面上不失對功臣的尊寵，實際上剝奪了他們的權力。”中宗認為這個主意很好。甲午日，封侍中齊公敬暉為平陽王，譙公桓彥范為扶陽王，中書令漢陽公張柬之為漢陽王，南陽公袁恕己為南陽王，特進、同中書門下三品博陵公崔玄暐為博陵王，免去他們主持政事的職務，賞賜金帛、鞍馬，讓他們每月初一、十五入朝；還賜桓彥范姓韋氏，與皇后同屬一個宗族戶籍。不久，又任命崔玄暐代理益州長史、主持都督事務，后來又改任梁州刺史。武三思命令百官恢復武則天時期的政令，排斥不依附武氏集團的人。被五王驅逐的人都恢復了官職，朝廷大權全部落入武三思手中。
五王請求削除武氏諸王的爵位時，想找人撰寫奏表，眾人都不愿意。中書舍人岑羲撰寫了奏表，辭非常激烈懇切；中書舍人偃師人畢構輪到宣讀奏表時，辭神色嚴肅嚴厲。武三思得志后，將岑羲改任為秘書少監，把畢構外放為潤州刺史。
易州刺史趙履溫，是桓彥范的妻兄。桓彥范誅殺二張時，聲稱趙履溫參與了謀劃，將他召入朝廷任命為司農少卿，趙履溫把兩個婢女送給了桓彥范；等到桓彥范被免去政事職權，趙履溫又把兩個婢女奪了回來。
中宗贊賞宋瓃的忠誠正直，多次提拔他為黃門侍郎。武三思曾經托宋瓃辦事，宋瓃嚴肅地拒絕說：“如今太后已經把帝位歸還給兒子，大王應當以侯爵的身份回到府第，怎么還能干預朝政呢！難道沒看到呂產、呂祿的下場嗎？”
任命韋安石兼任代理中書令，魏元忠兼任代理侍中，又任命李湛為右散騎常侍，趙承恩為光祿卿，楊元琰為衛尉卿。
在此之前，楊元琰知道武三思逐漸掌權，請求辭官當和尚，中宗沒有同意。敬暉聽說后，笑著說：“如果我早知道，就勸說陛下同意他的請求，剃掉他的胡人頭，難道不是很好嗎！”楊元琰胡須很多，長得像胡人，所以敬暉這樣戲弄他。楊元琰說：“功成名就之后，不及時引退就會有危險。這是我發自內心的請求，不是隨便說說的。”敬暉知道他的意思，驚訝地感到不高興。等到敬暉等人獲罪，唯獨楊元琰得以幸免。
上官婕妤勸說韋后沿襲武則天的舊例，上奏表請求天下士大夫百姓為被休棄的母親服喪三年，又請求將百姓二十三歲定為成丁，五十九歲免除徭役，通過修改制度來獲取當時的聲望。中宗下制書都同意了。
癸卯日，中宗下制書：降低武氏諸王的爵位，梁王武三思改為德靜王，定王武攸暨改為樂壽王，河內王武懿宗等十二人都降為公，以平息百姓的不滿。
甲辰日，任命唐休瓃為左仆射，仍然擔任同中書門下三品，豆盧欽望為右仆射。
六月壬子日，任命左驍衛大將軍裴思說擔任靈武軍大總管，防備突厥。
癸亥日，命令右仆射豆盧欽望，遇到軍國重大事務，中書門下兩省可以共同商議處理。
在此之前，仆射是正式的宰相，后來大多兼任中書門下的職務，上午處理朝政，下午處理本省事務。到這時，豆盧欽望專門擔任仆射，不敢參與政事，所以才有了這個命令。從此以后，專門被任命為仆射的人，不再是宰相了。
又任命韋安石為中書令，魏元忠為侍中，楊再思代理中書令。
丁卯日，將孝敬皇帝（李弘）的神主祔祭于太廟，廟號為義宗。
戊辰日，洛水泛濫，沖毀兩千多戶人家。
秋季七月辛巳日，任命太子賓客韋巨源為同中書門下三品，仍然保留西京留守的職務。
特進、漢陽王張柬之上奏表請求返回襄州養病；乙未日，任命張柬之為襄州刺史，不主管州中具體事務，發放全額俸祿。
黃河南北十七州發生大水災。八月戊申日，朝廷因水災征求百官直進諫。右衛騎曹參軍西河人宋務光上奏疏，認為：“水屬于陰類，是臣妾的象征，恐怕后宮有干預外朝政事的人，應當杜絕這種苗頭。如今陰雨連綿不止，卻關閉坊門來祈禱消災，以至于街巷里的人說坊門是宰相，意思是朝廷讓坊門來調和陰陽。另外，太子是國家的根本，應當早日挑選賢能之人冊立。還有，外戚勢力過于強盛，像武三思等人，應當解除他們的機要職務，給予豐厚的俸祿賞賜。此外，鄭普思、葉靜能憑借小伎倆竊取高位，也是朝政的禍害。”奏疏呈上后，中宗沒有理會。
壬戌日，追立妃子趙氏為恭皇后，孝敬皇帝的妃子裴氏為哀皇后。
九月壬午日，中宗在明堂祭祀昊天上帝、皇地只，以高宗配享。
起初，中宗在房陵時，州府官吏的約束限制非常嚴格；只有刺史河東人張知謇、靈昌人崔敬嗣以禮相待，供給的物資十分豐厚，中宗感激他們的恩德，將張知謇從貝州刺史提拔為左衛將軍，賜予范陽公爵位。崔敬嗣已經去世，中宗找到他的兒子崔汪，崔汪嗜酒如命，不能勝任官職，于是任命他為五品散官。
改葬上洛王韋玄貞，葬禮的禮儀都依照太原王（武則天之父武士彟）的舊例。
癸巳日，太子賓客、同中書門下三品韋巨源被罷免為禮部尚書，因為他的叔父韋安石擔任中書令的緣故。
任命左衛將軍上邽人紀處訥兼任代理太府卿，因為紀處訥娶了武三思妻子的姐姐。
冬季十月，命令唐休瓃留守京師長安。
癸亥日，中宗前往龍門；乙丑日，在新安打獵后返回。
辛未日，任命魏元忠為中書令，楊再思為侍中。
十一月戊寅日，群臣為中宗上尊號為應天皇帝，為韋后上尊號為順天皇后。壬午日，中宗與韋后前往太廟拜謝祖先，大赦天下；相王、太平公主增加實封戶數，都達到一萬戶。
己丑日，中宗登上洛城南樓，觀看潑寒胡戲（西域傳入的一種歌舞游戲）。清源尉呂元泰上奏疏，認為“君主應當謀劃時令，順應寒溫變化，何必讓藝人裸身潑水，在街道上歌舞乞討呢！”奏疏呈上后，中宗沒有采納。
壬寅日，武則天在上陽宮去世，享年八十二歲。遺制說：“去掉帝號，改稱則天大圣皇后。王皇后、蕭淑妃的家族以及褚遂良、韓瑗、柳奭的親屬都予以赦免。”
中宗在守喪期間，讓魏元忠代理冢宰職務三天。魏元忠一向有忠誠正直的聲望，朝廷內外都依賴他；武三思忌憚他，偽造武則天的遺制，安慰曉諭魏元忠，賜予他實封一百戶。魏元忠捧著遺制，感動得流淚哭泣，看到的人說：“大勢已去了！”
十二月丁卯日，中宗開始在同明殿接見群臣。
武則天將要與高宗合葬于乾陵，給事中嚴善思上奏疏，認為：“乾陵的墓室用石頭做門，鐵水澆灌縫隙，如今打開墓室，必須鑿刻石頭。神明之道，崇尚幽深玄秘，興師動眾加以施工，恐怕會多次驚擾褻瀆神靈。況且合葬并非古代的制度，漢朝的各個皇帝陵墓，皇后大多沒有合葬，從魏晉以后，才開始有合葬的情況。希望在乾陵旁邊另外選擇吉祥之地建造陵墓，如果神靈有知，幽冥之路自然會相通；如果神靈無知，合葬又有什么益處呢！”中宗沒有聽從。
這一年，戶部上奏天下共有六百一十五萬戶，三千七百一十四萬多人口。
神龍二年（丙午，公元706年）
春季正月戊戌日，任命吏部尚書李嶠為同中書門下三品，中書侍郎于惟謙為同平章事。
閏月丙午日，中宗下制書：“太平、長安、安樂、宜城、新都、定安、金城七位公主都可以開設府署，設置屬官。”