竇建德戰敗后，他的很多將領偷偷藏匿了府庫的財物，到了民間后，橫行霸道，成為百姓的禍害。唐朝官吏依法懲治他們，有的還加以鞭打，竇建德的舊部都感到恐懼不安。高雅賢、王小胡的家在洺州，想帶著家人逃跑，被官吏追捕，高雅賢等人逃到了貝州。恰逢朝廷征召竇建德的舊將范愿、董康買、曹湛以及高雅賢等人，于是范愿等人商議說：“王世充獻出洛陽投降唐朝，他的將相大臣段達、單雄信等人都被誅殺；我們到了長安，肯定也活不了。我們自從隋末以來，身經百戰，早就該死了，如今何必吝惜這剩下的性命，不趁機做點大事呢？而且夏王（竇建德）捉住淮安王后，以賓客之禮相待，而唐朝捉住夏王后就殺了他。我們都受到夏王的厚待，如今不為他報仇，還有臉見天下的人嗎！”于是謀劃反叛，占卜時，發現擁立姓劉的人為主吉利，就一起前往漳南，拜見竇建德的舊將劉雅，把謀反的計劃告訴了他。劉雅說：“天下剛安定下來，我打算以耕田養蠶度過晚年，不想再起兵了！”眾人發怒，又擔心他泄露計劃，就殺了劉雅。前漢東公劉黑闥，當時隱居在漳南，眾將前往拜見他，把計劃告訴了他，劉黑闥欣然同意。劉黑闥當時正在種菜，立刻殺了耕牛，和眾將一起吃喝，商議計策，聚集了一百多人。甲戌日，襲擊并占據了漳南縣。當時，各道有戰事就設置行臺尚書省，沒有戰事就撤銷。朝廷聽說劉黑闥反叛，就在洺州設置山東道行臺，在魏州、冀州、定州、滄州都設置了總管府。丁丑日，任命淮安王李神通為山東道行臺右仆射。
辛巳日，褒州道安撫使郭行方攻打蕭銑的鄀州，攻了下來。
孟海公和竇建德一起被處死，戴州刺史孟啖鬼心里不安，挾持孟海公的兒子孟義，率領曹州、戴州反叛，把禹城縣令蔣善合當作心腹；蔣善合和身邊的人一起謀劃，殺了孟啖鬼。
八月丙戌日初一，發生日食。
丁亥日，朝廷命令太子李建成安撫北方邊境。
丁酉日，劉黑闥攻陷鄃縣，魏州刺史權威、貝州刺史戴元祥率軍迎戰，都戰敗而死，劉黑闥收編了他們的殘余部眾和武器裝備。竇建德的舊部漸漸出來歸順他，部眾達到兩千人。劉黑闥在漳南筑壇，祭祀竇建德，告知起兵的意圖，自稱大將軍。朝廷下詔征調關中三千步兵騎兵，派將軍秦武通、定州總管藍田人李玄通率軍攻打他；又下詔命令幽州總管李藝領兵會合討伐劉黑闥。
癸卯日，突厥侵犯代州，總管李大恩派行軍總管王孝基迎戰，全軍覆沒。甲辰日，突厥進軍包圍崞縣。乙巳日，王孝基從突厥逃回，李大恩兵力薄弱，據城堅守，突厥不敢逼近，一個多月后撤軍離開。
唐高祖因為南方的盜賊還很多，丙午日，任命左武候將軍張鎮周為淮南道行軍總管，大將軍陳智略為嶺南道行軍總管，前去鎮守安撫。
丁未日，劉黑闥攻陷歷亭，捉住屯衛將軍王行敏，逼迫他下拜，王行敏不肯，就被殺害了。
起初，洛陽平定后，徐圓朗請求投降，被任命為兗州總管，封為魯郡公。劉黑闥反叛后，徐圓朗暗中與他勾結。唐高祖派葛公盛彥師安撫河南地區，盛彥師走到任城時；辛亥日，徐圓朗捉住盛彥師，起兵反叛。劉黑闥任命徐圓朗為大行臺元帥，兗州、鄆州、陳州、杞州、伊州、洛州、曹州、戴州等八州的豪門大族都響應他。徐圓朗厚待盛彥師，讓他寫信給弟弟，命令弟弟獻出虞城投降。盛彥師在信中說：“我奉命出使沒有完成任務，被盜賊捉住，作為臣子不忠誠，發誓以死報國；你要好好侍奉母親，不要掛念我。”徐圓朗起初臉色變了，而盛彥師卻神態自若。徐圓朗于是笑著說：“盛將軍有高尚的氣節，不能殺他。”仍然像以前一樣對待他。
河南道安撫大使任瑰走到宋州時，恰逢徐圓朗反叛，副使柳浚勸任瑰退守汴州，任瑰笑著說：“柳浚你怎么這么膽小！”徐圓朗又攻陷了楚丘，領兵準備包圍虞城，任瑰派部將崔樞、張公謹從鄢陵率領各州豪門大族的人質一百多人去守衛虞城。柳浚說：“崔樞和張公謹都是王世充的舊將，各州人質的父兄都反叛了，恐怕他們一定會叛變。”任瑰沒有回應。崔樞到了虞城，把人質分散，讓他們和當地人組隊一起守城。盜賊漸漸逼近，有人質叛變，崔樞殺了那個隊的隊長。于是各個隊的隊長都害怕了，各zisha了自己隊的人質，崔樞沒有禁止，還把人質的頭顱掛在城門外，派人報告任瑰。任瑰假裝發怒說：“我讓他們和人質一起守城，是想招降他們的父兄，人質有什么罪而被殺呢！”退下后對柳浚說：“我本來就知道崔樞能辦好這件事。縣里的人殺了人質，就和盜賊結下了深仇，我還有什么可擔心的！”盜賊攻打虞城，果然沒能攻下來，只好撤退了。
起初，竇建德任命鄱陽人崔元遜為深州刺史。等到劉黑闥反叛，崔元遜和他的黨羽幾十人在野外密謀，在車里埋伏了武士，用莊稼蓋在上面，假裝是農民，直接闖入州府大堂，從莊稼中吶喊著沖出來，捉住刺史裴曦并殺了他，把裴曦的頭顱送給劉黑闥。
九月乙卯日，文登盜賊首領淳于難請求投降；朝廷設置登州，任命淳于難為刺史。
突厥侵犯并州；朝廷派遣左屯衛大將軍竇琮等人迎戰。戊午日，突厥侵犯原州；派遣行軍總管尉遲敬德等人迎戰。
辛酉日，徐圓朗自稱魯王。
隋末時，歙州盜賊首領汪華占據黟縣、歙縣等五個州，擁有一萬兵力，自稱吳王。甲子日，汪華派使者前來投降；朝廷任命他為歙州總管。
隋末時，弋陽人盧祖尚聚集壯士保衛家鄉，軍隊部署嚴整，各路盜賊都畏懼他。隋煬帝被殺后，同鄉人推舉他為光州刺史；當時他才十九歲，向皇泰主呈遞奏表歸順。王世充自立為帝后，盧祖尚前來投降；丙子日，朝廷任命盧祖尚為光州總管。
己卯日，朝廷下詔清查全國戶口。徐圓朗侵犯濟州，治中吳汲出兵擊退了他。
癸未日，朝廷下詔稱：太常寺的樂工都是前代因犯罪而被沒收為官奴的，子孫世代承襲，歷經多年，實在令人憐憫；應當全部免除他們的官奴身份，恢復為平民，仍然讓他們從事樂工工作，如果有人能做官入仕，不要再征召他們回樂工隊伍。
甲申日，靈州總管楊師道攻打突厥，打敗了他們。楊師道是楊恭仁的弟弟。
朝廷下詔征調巴、蜀地區的軍隊，任命趙郡王李孝恭為荊湘道行軍總管，李靖代理行軍長史，統領十二位總管，從夔州順流東下；任命廬江王李瑗為荊郢道行軍元帥，從襄州出兵；黔州刺史田世康從辰州出兵；黃州總管周法明從夏口出兵，共同攻打蕭銑。這個月，李孝恭從夔州出發。當時三峽一帶江水正漲，各位將領請求等水退了再進軍，李靖說：“兵貴神速。如今我們的軍隊剛剛集結，蕭銑還不知道，如果趁著江水上漲，迅速抵達他的城下，趁其不備發動襲擊，一定能活捉他；這個機會不能錯過！”李孝恭聽從了他的建議。
淮安王李神通率領關中軍隊抵達冀州，與李藝的軍隊會合。又征調邢州、洺州、相州、魏州、恒州、趙州等州的軍隊，總共五萬多人，在饒陽城南與劉黑闥交戰，布陣長達十多里；劉黑闥兵力較少，沿著河堤排成單行陣勢抵抗。恰逢刮起大風、下起大雪，李神通乘風進攻，不久風向反轉，李神通大敗，士兵、馬匹和軍用物資損失了三分之二。李藝率領軍隊在西側，攻打高雅賢，打敗了他，追擊了幾里地，聽說主力部隊失利，就退守藁城；劉黑闥趁機攻打藁城，李藝也戰敗了，薛萬均、薛萬徹兄弟都被俘虜，劉黑闥剪掉他們的頭發，驅趕著他們前行。薛萬均兄弟趁機逃回，李藝率領軍隊返回幽州。劉黑闥的兵力聲勢大振。
唐高祖認為秦王李世民功勞極大，前代的官職都不足以彰顯他的功績，特意設置天策上將一職，地位在親王、公爵之上。冬季十月，任命李世民為天策上將，兼任司徒、陜東道大行臺尚書令，增加封邑二萬戶，還允許他開設天策府，設置屬官；任命齊王李元吉為司空。李世民因為天下逐漸平定，就在宮殿西側開設文學館，招攬天下文人學士，發布教令，任命王府屬官杜如晦、記室房玄齡、虞世南、文學褚亮、姚思廉、主簿李玄道、參軍蔡允恭、薛元敬、顏相時、咨議典簽蘇勖、天策府從事中郎于志宇、軍咨祭酒蘇世長、記室薛收、倉曹李守素、國子助教陸德明、孔穎達、信都人蓋文達、宋州總管府戶曹許敬宗，都以本官兼任文學館學士，分為三批，輪流在館中值宿，供給珍貴的飲食，給予優厚的禮遇。李世民上朝處理公務之余，常常到文學館中，召集各位學士討論典籍，有時到深夜才休息。又讓庫直閻立本為各位學士畫像，褚亮撰寫贊語，號稱“十八學士”。士大夫能被選中的，當時的人稱之為“登瀛洲”（比喻登上仙境）。蔡允恭是蔡大寶的侄子；薛元敬是薛收的侄子；顏相時是顏師古的弟弟；閻立本是閻毗的兒子。
起初，杜如晦擔任秦王府兵曹參軍，不久升任陜州長史。當時秦王府的僚屬大多被補任為地方官，李世民對此感到憂慮。房玄齡說：“其他人不值得惋惜，至于杜如晦，是輔佐帝王的人才，大王想要治理天下，沒有杜如晦可不行。”李世民驚訝地說：“如果不是你提醒，我差點失去他。”立即上奏朝廷，任命杜如晦為秦王府屬官。杜如晦和房玄齡常常跟隨李世民征戰，在軍帳中參與謀劃，軍中事務繁多，杜如晦分析決斷迅速利落。李世民每次打敗敵軍、攻克城池，各位將領都爭相搶奪珍寶財物，只有房玄齡招攬人才，把他們招致秦王府中。遇到有勇有謀的將領僚屬，房玄齡必定與他們深交，讓他們為李世民拼死效力。李世民每次讓房玄齡入朝奏事，唐高祖都感嘆說：“房玄齡為我兒子陳述事情，即使相隔千里，也好像當面交談一樣。”李玄道曾經侍奉李密，擔任記室，李密戰敗后，他的屬官都被王世充俘虜，大家都害怕被殺，整夜無法入睡。只有李玄道起居自如，說：“生死有命，不是擔憂就能避免的！”眾人都佩服他的見識和氣量。
庚寅日，劉黑闥攻陷瀛州，殺死刺史盧士睿。觀州百姓捉住刺史雷德備，獻城投降劉黑闥。
辛卯日，蕭銑的鄂州刺史雷長穎獻出魯山，前來投降。
趙郡王李孝恭率領兩千多艘戰船東下，蕭銑因為江水正漲，完全沒有防備；李孝恭等人攻克了蕭銑的荊門、宜都兩個鎮，進軍到夷陵。蕭銑的將領文士弘率領幾萬精兵駐扎在清江，癸巳日，李孝恭擊退了他，繳獲三百多艘戰船，殺死、淹死的敵軍數以萬計；追擊到百里洲，文士弘收兵再戰，又被打敗，唐軍進入北江。蕭銑的江州總管蓋彥舉獻出五個州，前來投降。
毛州刺史趙元愷，性情嚴厲急躁，下屬無法忍受他的政令。丁卯日，毛州百姓董燈明等人作亂，殺死趙元愷，響應劉黑闥。
盛彥師從徐圓朗那里逃了回來。王薄趁機勸說青州、萊州、密州等州投降，這些州都被攻克。
蕭銑之前裁軍讓士兵務農，只留下幾千名侍衛，聽說唐軍到來、文士弘戰敗，非常害怕，倉促征兵，但士兵都在長江、五嶺以南，路途遙遠，無法迅速集結，于是出動全部現有兵力迎戰。李孝恭準備進攻，李靖阻止他說：“他們是挽救敗局的軍隊，計策不是預先制定的，氣勢不能持久，不如暫且停泊在南岸，暫緩一天進攻，他們必定會分兵，有的留下抵抗我們，有的返回守衛城池；兵力分散后勢力薄弱，我們趁他們松懈時進攻，沒有不勝的。如今如果急于進攻，他們就會合力死戰，楚軍勇猛銳利，不容易抵擋。”李孝恭不聽，留下李靖守衛軍營，親自率領精銳部隊出戰，果然戰敗逃跑，退回南岸。蕭銑的士兵丟棄戰船，搶奪唐軍的軍用物資，每個人都背著沉重的財物，李靖看到敵軍混亂，出兵奮力進攻，大敗敵軍，乘勝直抵江陵，攻入外城。又攻打水城，攻克后，繳獲大量戰船，李靖讓李孝恭把戰船全部散放到長江中。各位將領都說：“打敗敵軍繳獲的戰船，應當利用它們，為什么要丟棄來資助敵人？”李靖說：“蕭銑的地盤，南到嶺南，東到洞庭湖。我們孤軍深入，如果攻城不下，敵軍援兵從四面八方趕來，我們就會腹背受敵，進退兩難，即使有戰船，又有什么用呢？如今丟棄戰船，讓它們堵塞長江順流而下，援兵看到后，必定認為江陵已經被攻破，不敢輕易前進，會來回偵察，這樣一來，至少會拖延十天半個月，我們一定能攻下江陵。”蕭銑的援兵看到戰船，果然疑慮不敢前進。蕭銑的交州總管丘和、長史高士廉、司馬杜之松等人正要前往江陵朝見，聽說蕭銑戰敗，都到李孝恭那里投降。
李孝恭領兵包圍江陵，蕭銑內外隔絕，向中書侍郎岑文本詢問對策，岑文本勸蕭銑投降。蕭銑于是對群臣說：“上天不保佑梁朝，我們已經無法支撐下去了。如果一定要等到兵力耗盡才投降，百姓就會遭受災難，怎么能因為我一個人，讓百姓陷入水深火熱之中呢！”乙巳日，蕭銑用太牢（豬、牛、羊三牲）祭祀太廟，下令打開城門投降，守城的士兵都哭了。蕭銑率領群臣穿著喪服、戴著布頭巾，到軍營門口投降，說：“該死的只有我蕭銑一個人，百姓沒有罪，希望不要殺掠他們。”李孝恭進入并占據江陵城，各位將領想大肆搶掠，岑文本勸李孝恭說：“江南的百姓，自從隋末以來，遭受虐政之苦，又加上群雄爭斗，如今能存活下來的，都是經歷過戰亂的人，他們踮著腳尖、伸長脖子盼望賢明的君主，所以蕭氏君臣、江陵父老才決心歸順，希望能得到喘息的機會。如今如果放縱士兵搶掠，讓百姓失望，恐怕從這里往南，再也沒有人愿意歸順朝廷了！”李孝恭稱贊他說得對，立即下令禁止搶掠。各位將領又說：“梁朝的將帥中，那些與官軍抵抗戰死的，罪行很重，請沒收他們的家產，賞賜給將士們。”李靖說：“王者的軍隊，應當先樹立道義的名聲。他們為自己的君主戰死，是忠臣，怎么能把他們等同于叛逆，沒收他們的家產呢！”于是江陵城中秩序安定，唐軍秋毫無犯。南方的州縣聽說后，都望風歸順。蕭銑投降幾天后，趕來的援兵有十多萬，聽說江陵已經失守，都放下武器投降。
李孝恭把蕭銑押送到長安，唐高祖斥責他的罪行。蕭銑說：“隋朝失去了天下，天下人都來爭奪。我沒有天命，所以落到這個地步；如果認為我有罪，我無話可說，甘愿受死！”最終在鬧市被斬首。朝廷下詔任命李孝恭為荊州總管；李靖為上柱國，賜爵永康縣公，仍然讓他安撫嶺南地區，有權秉承皇帝旨意任命官員。
此前，蕭銑派遣黃門侍郎、江陵人劉洎攻占嶺南地區，奪取了五十多座城池，還沒返回江陵，蕭銑就戰敗了，劉洎獻出所攻占的城池，前來投降；朝廷任命他為南康州都督府長史。
戊申日，徐圓朗的昌州治中劉善行獻出須昌，前來投降。
庚戌日，朝廷下詔：陜東道大行臺尚書省，從尚書令、仆射到郎中、主事，官階品級都與京城的尚書省相同，但官員人數略少，山東行臺及各總管府、各州都隸屬于它。益州、襄州、山東、淮南、河北等道的行臺，從尚書令、仆射以下，官階各比京城的尚書省低一等，官員人數又進一步減少。行臺尚書令有權秉承皇帝旨意任命官員。除了秦王、齊王府的官員外，各自設置左右六護軍府，以及左右親事帳內府。
閏十月乙卯日，唐高祖前往稷州；己未日，前往武功縣的舊宅；壬戌日，在好畤打獵；乙丑日，在九嵕山打獵；丁卯日，在仲山打獵；戊辰日，在清水谷打獵，隨后前往三原；辛未日，前往周氏陂；壬申日，返回長安。
十一月甲申日，唐高祖在圜丘祭祀上天。
杜伏威派他的將領王雄誕攻打李子通，李子通率領精兵守衛獨松嶺。王雄誕派遣副將陳當率領一千多人，占據高處險要之地逼近李子通，大量豎起旗幟，夜晚則在樹上捆扎火把，布滿山野沼澤。李子通感到害怕，燒毀營寨逃到杭州堅守；王雄誕追擊他，又在杭州城下打敗他。庚寅日，李子通走投無路，請求投降。杜伏威捉住李子通和他的左仆射樂伯通，押送到長安；唐高祖赦免了他們。
此前，汪華占據黟縣、歙縣，稱王十多年。王雄誕回師攻打他，汪華在新安洞口抵抗，士兵裝備精良。王雄誕在山谷中埋伏精兵，率領幾千名瘦弱的士兵進攻汪華的陣地，剛一交戰，就假裝戰敗，逃回營寨；汪華率軍進攻，沒能攻克，恰逢天黑，領兵返回，這時埋伏的士兵已經占據了洞口，汪華無法進入，走投無路請求投降。
聞人遂安占據昆山，沒有百姓歸附，杜伏威派王雄誕攻打他。王雄誕認為昆山地勢險要，難以用武力攻克，于是單人匹馬來到城下，向聞人遂安陳述朝廷的威嚴，指明利害禍福。聞人遂安感動喜悅，率領各位將領出城投降。于是杜伏威完全占據了淮南、江東地區，南到五嶺，東到大海。王雄誕因功被任命為歙州總管，賜爵宜春郡公。
壬辰日，林州總管劉昮攻打劉仚成，大敗敵軍。劉仚成僅自身逃脫，他的部落全部投降。
李靖越過五嶺，派使者分路招撫各州，所到之處都紛紛歸降。蕭銑的桂州總管李襲志率領所轄各州前來投降，趙郡王李孝恭當即任命李襲志為桂州總管，第二年李襲志入朝。朝廷任命李靖為嶺南撫慰大使，代理桂州總管，他領兵攻占九十六州，獲得六十多萬戶百姓。
壬寅日，劉黑闥攻陷定州，捉住總管李玄通。劉黑闥愛惜他的才能，想任命他為大將，李玄通堅決拒絕。有曾經的部下送酒肉給他，李玄通說：“各位憐憫我遭受囚禁的屈辱，特意送酒肉來開導安慰我，我就為各位痛飲一場。”酒喝到盡興時，他對看守說：“我會劍舞，希望借我一把刀。”看守給了他刀，李玄通舞完劍，嘆息道：“大丈夫受國家厚恩，鎮守一方，卻不能保全所守之地，還有什么臉面活在世上！”隨即舉刀自刎，剖開腹部而死。唐高祖聽說后，為他流下眼淚，任命他的兒子李伏護為大將。
庚戌日，杞縣人周文舉殺死刺史王文矩，獻城響應徐圓朗。
幽州發生大饑荒，高開道答應拿出糧食救濟。李藝派老弱百姓到高開道那里謀生，高開道都厚待他們。李藝很高興，于是征發三千百姓、幾百輛車、一千多匹驢馬，前往高開道處領取糧食。高開道把這些人、車、牲畜全部扣留，與李藝斷絕關系。他再次自稱燕王，向北聯合突厥，向南與劉黑闥勾結，領兵攻打易州，沒能攻克，大肆搶掠后離去。又派他的將領謝棱向李藝詐降，請求派兵接應，李藝出兵響應。軍隊快到懷戎時，謝棱突然襲擊，打敗了李藝的軍隊。高開道與突厥聯合，多次入侵邊境，恒州、定州、幽州、易州都遭受了他的禍害。
十二月乙卯日，劉黑闥攻陷冀州，殺死刺史麴棱。劉黑闥打敗淮安王李神通后，向趙、魏地區發送文書，原來竇建德的將領士兵爭相殺死唐朝官吏，響應劉黑闥。庚申日，朝廷派遣右屯衛大將軍義安王李孝常領兵討伐劉黑闥。劉黑闥率領幾萬兵力逼近宗城，黎州總管李世積原本駐扎在宗城，見狀棄城退守洺州。甲子日，劉黑闥追擊李世積等人，打敗唐軍，殺死五千名步兵，李世積僅自身逃脫。丙寅日，洺州的土豪百姓打開城門，響應劉黑闥。劉黑闥在城東南筑壇，祭告上天并祭祀竇建德后才進城；十天后，領兵攻克相州，捉住刺史房晃，右武衛將軍張士貴沖破包圍逃走。劉黑闥向南攻取黎州、衛州，半年之內，完全收復了竇建德原來的地盤。又派使者向北聯合突厥，頡利可汗派遣俟斤宋邪那率領胡族騎兵跟隨劉黑闥。右武衛將軍秦武通、洺州刺史陳君賓、永寧令程名振都從河北逃回長安。
丁卯日，朝廷命令秦王李世民、齊王李元吉率軍討伐劉黑闥。
昆彌派使者歸附唐朝。昆彌就是漢朝時的昆明。巂州治中吉駐緯打通了與南寧的聯系，到昆彌國勸說他們，于是昆彌國前來投降。
己巳日，劉黑闥攻陷邢州、趙州；庚午日，攻陷魏州，殺死總管潘道毅；辛未日，攻陷莘州。
壬申日，朝廷改封宋王李元嘉為徐王。
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