明末瘟疫一場接一場，崇禎十四年山東、河南、河北、浙江等地瘟疫流行，患者極多。＠崇禎十六年從山西到京師更爆發大瘟疫，九門日出萬棺，闔門皆歿者不計其數。

此時的瘟疫極為可怕，動不動就死亡萬人，當時比較嚴重的有萬歷八年、萬歷十四年、還有明末的幾年，造成十室九空，慘不忍睹。

而且鼠疫屬于急性烈性傳染病，還是甲類的急性傳染病，致死率極高！

這種甲類傳染病可怕到什么程度？后世人們熟知的，談之色變的炭疽、艾滋、、禽流感等等傳染病均屬于乙類。所以患上甲類傳染病幾乎用不著談什么潛伏期，所謂一人有感，全家傳患，貴賤長幼，呼病即亡，隨著人口流動，還會快速的傳到四面八方。

得到疫情報告后，王斗哪敢怠慢？立時回到歸化城，召集所有官將議事，并立刻啟動預案。

他還飛馬傳檄宣大總督紀世維、宣府巡撫朱之馮、大同巡撫衛景瑗，山西巡撫蔡懋德，還有各總兵王樸、周遇吉人等，商議防疫諸事。

最后成立一家防疫局，統領安北、宣府、山西等處防疫諸事，王斗親任總辦，以吳有性為幫辦，紀世維、衛景瑗、朱之馮、蔡懋德、王樸等人為坐辦，后孫傳庭也加入進來，為坐辦之一。

為防疫治瘟諸事順利進行，王斗專門調了二千軍隊為防疫兵，疫區一切官將軍民皆聽局員醫士安排，敢有違抗者，格殺勿論。

同時宣府時報火力全開，宣傳防疫治瘟諸事，各種防疫要點。吳有性所書之《溫疫論》。以前已經載過一遍，此時又再重載，密集印刷，并在報紙上廣泛宣傳。

不單是宣傳，更重要是行動起來，除大批醫士立時進駐應州。防疫局還發動各處民眾開展大規模的滅鼠、滅蚤活動，特別家鼠更是必須被消滅的對象。同時清潔街巷，運送垃圾，轟轟烈烈展開大掃除。

明末因財政崩潰造成很多城市環境臟亂，蠅蚋雜生，污水橫流，這是明末各地連連發生大疫的原因之一。

王斗治下還好，但臨近的山西、陜西各城就垃圾成堆，臭氣沖天。但因為防疫局組織得力，而且拿出大筆的經費發動民眾，這有錢拿又關乎身家性命，在大掃除這方面民眾倒非常踴躍。

不過疫情仍然來勢兇猛，應州發現疫情后，每天死亡人數達到三百多人，而且傳播非常迅速，主要就是隔離困難。

此時講的是“仁”、“禮”、“孝”諸道。若家中長輩得病，晚輩自然要伴在榻前。早晚湯藥服侍，時時請安照顧，這樣就被傳染了。若家中晚輩得病，長輩更不用說時時伴在身邊，這樣同樣被傳染了。

鼠疫的烈性可怕甚至幫忙辦理喪事，最后前往送喪之人都會染病。最后一命歸天。因這樣的原因一人染病，全家死絕，甚至全族幾百口人死個干凈之事屢見不鮮。

防疫局要求是發現有感染者立時隔離，但難舍骨肉分離、隱瞞不報者比比皆是。

王斗治下保甲制層層，可以輕易發現病人。然后采取強制措施，執行得力。但余處基

層組織早已癱瘓，里甲制不存，多是鄉紳自治的局面，若想隱瞞太容易了。

染病的尸體最好是火化深埋，但依此時觀念，火化是與另一個詞連起來：挫骨揚灰，非深仇大恨者不為。敢將自己親人燒成灰，跟你拼命的就不是一個兩個了。

死者為大，入土為安，是此時最根本的倫常道德，不論雙方如何敵對，若戰后能送來彼此戰死者的尸體，那就是眾人交口稱贊的仁義。而毀尸滅尸戮尸，那就是殘暴不仁的大罪。

甚至隔離病人，帶走感染者都會引起非議，認為有礙仁道，孝道。

八月中，鼠疫蔓延到太原府，平陽府，大同府諸地，甚至宣府，安北都有發現發病之人。有鑒于此，王斗專門在報紙上發表署名文章，呼吁民眾正視這個問題。

他援引孟子的話，“嫂溺，援之以手。天下溺，援之以道”，認為瘟疫的橫行，已經關乎到種族的存亡，已經超越了仁、禮、孝諸道，提升到人道的高度，當權之。

隔離，火化，皆是權也，呼吁民眾以手援天下，共赴大道。

大同總兵，定興伯王樸首先響應王斗的呼吁，八月下，他說服大同巡撫衛景瑗，收集大同城感染死去的疫尸一千多具，在城外將尸體堆成一百多堆，每堆尸體一百具，然后堆上柴火焚燒。

當時觀者云集，還有大同城的文武官員全數到場，在死者家屬鋪天蓋地的嚎哭中，這些疫尸全部化為灰燼。

說也神奇，疫尸焚燒后，接下來全城死亡人數急速下降，感染人數也越來越少，五天過后，大同城再無一例死亡，無一例感染。

這個消息震動了整個山西，此時因為各處大搞衛生，口罩的發放也基本解決了傳播的途徑問題，最大的威脅就是那些死尸。有成功的先例在前，各城紛紛效仿王樸的做法，開始焚燒病尸，甚至患者接觸過的家具、用物等一并焚燒。

防疫局還采取“遮斷交通，嚴密檢查”的方法，圍繞疫情最嚴重的一些州縣城堡組織起重重防線，使得疫情在山西沒有過度蔓延。

當然，疫情仍然嚴重，因為不斷出現變種。