鹿兒島城的硝煙尚未散盡，鄭芝龍已踏入了島津家久曾經的居所。
他并未落座于那張象征藩主權威的榻榻米，而是徑直走到懸掛的九州全圖前。手指重重按在代表薩摩的疆域上，聲音冷硬如鐵：
“此地，即我大明踏平九州的基石。傳令，整軍，固點，備糧。”
鹿兒島城成為了明軍新的中樞。鄭芝龍下令，對這座藩主居城進行徹底的軍事化改造。
三百名工匠帶著俘虜日夜趕工，在鹿兒島灣沿岸險要處增筑十二座石砌炮臺。每座炮臺配備三門千斤佛郎機炮，射界覆蓋主要航道。
原有的水軍船塢被擴建，十艘繳獲的薩摩關船被拆解，木料用于加固明軍福船的水線護甲。李魁的水師不再僅僅封鎖，而是以鹿兒島港為母港，形成一支擁有二十四艘主力戰船（福船、蒼山船）和四十余艘快哨船的常備艦隊，巡航范圍北抵大隅海峽，南控吐噶喇群島，徹底斷絕九州西南海域的交通。
從鹿兒島城向北、向東，沿著通往肥后藩（熊本）、大隅藩的主要道路，鄭芝龍命令在五處關鍵隘口修筑永久性棱堡。每堡駐軍五百，配備火槍兵兩百，弩手一百，騎兵五十，輔兵一百五十。
棱堡設計呈星形，外墻厚達一丈，外挖深壕，引水灌入。堡內設火藥庫、糧倉、水井，可獨立堅守一月。這些堡壘如同楔入薩摩藩與新征服區之間的鐵釘，既是前進基地，也是防御節點，更是控制交通線的鎖鑰。
鹿兒島城本身被改造成一座巨大的兵營和軍械庫。城墻加厚，增設炮位三十處，儲備火藥十萬斤，鉛彈無數。城內劃分區域：軍營區、匠作營區、倉儲區、軍管衙門區。原島津家武士的宅邸被征用，改造成軍官住所和情報中樞。鄭芝龍甚至在城下挖掘了數條通往城外關鍵據點的地道，以備不測。
“三軍未動，糧草先行”的古訓，鄭芝龍執行得更為徹底。
釜山-對馬島-巨濟島-鹿兒島的航線被固定下來，成為真正的“生命線”。鄭芝龍向昭武帝上奏，獲準在巨濟島設立“征倭前敵轉運使司”，由心腹干將坐鎮，統籌糧秣、軍械、人員轉運。
巨濟島的中轉倉規模擴大三倍，可儲糧十五萬石，并新建大型船塢，可同時維修十艘四百料糧船。朝鮮方面被嚴令保障陸路運輸安全，光海君迫于壓力，增派三千軍士沿途護糧。
鄭芝龍深知完全依賴后方運輸風險巨大。他頒布嚴厲的《薩摩征糧令》：以鹿兒島軍管衙門名義，按田畝征收稻米、豆類、干菜。同時，強行征調大量青壯俘虜和平民，在薩摩藩南部相對平坦肥沃的谷地開辟軍屯。由明軍老卒帶著少量通譯監督，發給簡陋農具和種子，實行軍事化管理。第一批屯田預計次年夏收，雖不足以支撐大軍，卻能極大緩解后勤壓力，并就地補充新鮮蔬菜。
從山東調來的三百工匠及其家眷被妥善安置在鹿兒島城后山谷的匠作營。營區戒備森嚴，日夜爐火不熄。他們不僅維修損壞的火銃、鎧甲、攻城器械，更利用薩摩本地有限的鐵礦、木料資源進行仿制與改良。每日產出：修復火銃八十至一百桿，新制鳥銃二十桿（工藝較粗糙），箭矢三千支，長矛槍頭五百個，鎧甲部件若干。更重要的是，他們開始嘗試利用薩摩藩豐富的硫磺資源，改進火藥配方，提升威力。
單純的軍事占領代價高昂，鄭芝龍深諳分化瓦解之道，將矛頭指向了九州其他藩國。
經過嚴格篩選（重點考察是否參與過前期抵抗、有無家眷在明軍控制區），八百名較為順從且體格健壯的薩摩降兵（多為原足輕和下級武士）被單獨編成“薩摩協從營”。
由十名明軍百戶長直接統率，配發繳獲的日式武器和簡易號衣（區別于明軍），主要承擔：維持鹿兒島城及周邊占領區治安、押送俘虜前往礦場、協助轉運物資等輔助性任務。鄭芝龍給與其優于普通俘虜的待遇（日供米五合，有微薄軍餉），但嚴令不得配發火器，并實行嚴格的連坐制。這支“偽軍”的出現，極大地減輕了明軍一線部隊的負擔，并給其他薩摩人一個“效忠”的示范。
通譯所成為了情報中心。六十名通曉日語（包括薩摩方）的明軍細作（部分由通譯所培養，部分從軍中選拔機靈者）被源源不斷派出。他們的目標不僅是鄰近的肥后藩（熊本），更遠及豐后（大分）、日向（宮崎）。手段多樣：偽裝行商、僧侶、浪人，混入城下町收集駐軍、糧儲、領主動向信息。
重金收買失意藩士、豪商、甚至破落公卿，獲取高層決策情報。
利用投降者返回故鄉探親的機會，散布明軍強大不可戰勝、抵抗必遭屠戮、早降可得厚待等論。
最關鍵的一步：鄭芝龍授意，通過隱秘渠道，向一些實力較弱、與島津家或幕府關系不睦的九州小藩（如人吉藩的相良家、佐伯藩的毛利家）傳遞“善意”――只要名義上臣服大明，斷絕與德川聯系，停止抵抗，其領地、家名可保，這是赤裸裸的分化誘降。
丘成云并未離開九州。他和他的兩百弟子如同幽靈，承擔著最黑暗的任務：清除頑固的反抗分子頭目、監視降兵降將是否有異動、處理明軍內部可能出現的通敵者。他們的存在本身，就是一種無形的威懾，確保鄭芝龍的后方相對“干凈”。
當薩摩藩的統治機器開始轟鳴運轉，鄭芝龍的目光投向了北方廣袤肥沃的肥后藩（熊本藩）。這里不僅是九州的核心腹地，更是德川幕府在九州的重要支柱加藤清正的領地。鄭芝龍沒有選擇立刻大軍壓境，而是采用了“剝筍”戰術。
明軍水師加強了對肥后藩沿海的封鎖，特別是針對其重要港口天草諸島。所有試圖運糧進入肥后的商船一律扣押，貨物充公，人員暫時關押。同時，細作在肥后境內大肆散布謠：加藤清正為保存實力，已暗中與明軍議和，將犧牲邊境的武士集團；明軍擁有天雷地火，堅城難擋；抵抗者城破后男子為奴，女子充營妓。恐慌在肥后邊境的城下町蔓延。
鄭芝龍命令薩摩協從營和部分明軍精銳，組成數支數百人的快速部隊，不斷襲擾肥后藩與薩摩接壤的邊境據點（如八代城、水俁）。戰術極其狠辣：利用火器優勢遠程打擊，不追求占領，只以殺傷守軍、焚毀糧倉、破壞水源、擄掠青壯為目標。得手后迅速撤回薩摩境內堡壘。這種持續不斷的放血，讓肥后邊境守軍疲于奔命，士氣低落，許多村莊被遺棄，形成一片廣闊的無人緩沖地帶。