胡宗憲收到上諭之后，立刻走馬上任，從南京趕赴蘇州，與南直隸巡撫譚綸會同一起，查辦蔡國熙遇刺一案。

朱載坖在任命胡宗憲為浙直總督的上諭中也對浙直官員查辦蔡國熙遇刺一案進展緩慢予以斥責，要求浙直等處的官員加緊查辦本案，若是不能使得本案水落石出，朱載坖肯定會嚴懲南直隸相關官員的。

胡宗憲以上諭頻催為由，要求譚綸加緊辦理本案，對于譚綸的方略，胡宗憲認為還是太保守了，完全不知道張居正、譚綸在怕什么。

胡宗憲在東南當然是威名赫赫，胡宗憲之所以能夠在東南使得士紳們極為害怕，最重要的原因就是胡宗憲在東南諸將中地位極高，無論是戚繼光、俞大猷、湯克寬、盧鏜、劉顯等人面對胡宗憲都得俯首帖耳，當年的積威可不是開玩笑的，那是多少倭寇的狗頭堆出來的。

胡宗憲對于譚綸這種施壓等待東南士紳妥協的辦法不以為意，這樣做固然穩妥，但是見效太慢了，胡宗憲隨即以浙直總督的名義發布告示，要求在背后指使水匪的士紳主動向官府自首，可以換取從輕處罰，若是逾期不自首，官府將會采取措施嚴厲打擊背后的禍首。

胡宗憲的告示算是有些誅心，幾乎可以當作官府已經認定襲擊蔡國熙的就是蘇州的士紳，雖然之前譚綸也是這么認為的，但是畢竟沒有這樣赤裸裸的說出來，胡宗憲可不管這么多，直接要求涉事士紳來自首。

胡宗憲的殺傷力可比譚綸大多了，告示一經發出，蘇州的士紳們紛紛來到胡宗憲的住所求見胡宗憲，但是胡宗憲一概不見，之前你們把胡宗憲差點整死，現在胡部堂又回來了，當然要狠狠的收拾這幫士紳們了。

胡宗憲的告示發布之后，并沒有士紳愿意主動自首，同時新上任的蘇松鎮總兵劉顯也已經上任，胡宗憲命令他將蘇松兩鎮的官軍集結起來，以備不測。

既然胡宗憲的告示發出去，這些士紳們都無人將本案認領下來，那胡部堂就要用自己的方式破案了，胡宗憲和譚綸、蔡國熙商量之后認為，蔡國熙前往東山鎮，雖然是在士紳們的提前策劃下去的，但是蔡國熙作為堂堂一府之尊，出行肯定不可能為外人所知，所以蘇州府衙內部肯定是有士紳們的奸細為之通風報信的。

胡宗憲于是向張居正的督師行轅行文，請求南京錦衣衛派員介入此案，張居正也立即指令嚴紹庭派出精干校尉赴蘇州協助胡宗憲、譚綸查辦本案。

比起譚綸的步步緊逼，胡宗憲的辦法就是暴力的多了，胡宗憲直接將蘇州府衙的小吏全部鎖拿，一個個的拷問他們和士紳的關系，胡宗憲對于這些小吏可不客氣，再加上從南京調來的錦衣校尉，胡宗憲嚴令錦衣衛用大刑，不拘生死，只要口供。

面對錦衣衛的酷刑，沒幾個人能夠扛的住的，不禁開始交代他們密謀襲擊蔡國熙的事情，還開始攀咬蘇州府的士紳們，胡宗憲要的就是他們攀咬這些士紳，這些小吏作為蘇州的地頭蛇是很清楚士紳們的家底的，他們不僅攀咬這些士紳，還在大刑之下，將這些士紳用擁有的田產數量都大概交代了，畢竟士紳們要投獻、詭寄、飛灑，都需要這些小吏們協助，對于士紳們的田產，這些小吏是是十分清楚的。