所以一個精明強干的蘇州知府是很重要的人選，朱載坖和內閣諸臣以及吏部商量之后，朱載坖任命戶部陜西司主事蔡國熙為蘇松兵備副使、蘇州知府，蔡國熙是高拱的門生，高拱認為蔡國熙精明強干，又長于理財，到了地方不會被衙門小吏所欺騙。

同時，朱載坖還開始了一系列的人事調動，首先是內廷序列，黃錦以年老上疏請辭，朱載坖不允，仍令黃錦任司禮監掌印，但是令滕祥提督東廠辦事官校，愿司禮監秉筆、御馬監太監高忠請辭，朱載坖予以準允，以御馬少監馮保接任司禮監秉筆見御馬監掌印，原內官監太監李芳加司禮監秉筆，朱載坖的貼身太監劉忠也任司禮監秉筆，派南京內守備。

然后就是武將勛臣系統的調整，原遼東總兵恭順侯吳繼爵調任南京中軍都督府左都督、僉書中軍都督府事，任南京守備，原大同參將黑春升任遼東總兵，廣東總兵俞大猷升任提督浙直等處水陸軍務事，還有之前在京營任職的黔國公沐昌祚，朱載坖也下令沐昌祚出鎮云南，任鎮守云南總兵，佩平蠻將軍印。

在朱載坖調整了東南的文武官員之后，張居正正式出鎮東南、督師南京。

在張居正啟程的當日，朱載坖親送于宣治門，同時當場頒布命令，以薊鎮分守參將吳惟忠部充張居正麾下標營，給了張居正六千兵馬，作為張居正的親兵，同時朱載坖還下達命令，錦衣衛掌南鎮撫司指揮僉事嚴紹庭升任錦衣衛指揮使掌南京錦衣衛事。

朱載坖要整頓東南的決心已經非常明顯了。

而在張居正走后，胡宗憲也向朱載坖上疏，陳述了自己對于開海的設想，胡宗憲認為，開海只通東西二洋，不得往日本倭國，亦禁以硝黃、銅、鐵違禁之物夾帶出海。關于稅收，進口關稅基本按照兩宋的稅率參照執行，而對于出口關稅，胡宗憲認為，執行粗、細兩種稅率，對于絲綢、茶葉、瓷器等外國緊缺而且利潤豐厚的產品，按照貨值征收十分之三的稅收，而不值錢或者利潤較低的產品，征收十分之一的關稅。

同時對于海關官員的設置，胡宗憲也提出了自己的看法，海關在各省設分司，沿海各省設立緝私參將一員，負責統帥近岸水師快船，查緝走私，對于抓獲走私的人員，比照私自通番從重處罰。

胡宗憲還建議，開海不宜全面放開，而是先開一處，如浙江的寧波，或者福建的泉州，一口通商，觀其成效之后再漸次放開，這樣最為穩妥。

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