江東認為：“從古未聞假南兵捍北敵者。南兵之北，譬舟之陸也。”

原兵部尚書，現任吏部尚書楊博也認為燕、趙之地，士馬強悍，漁陽戰卒，自古稱雄，東南民素柔脆，莫任遠戍，任用朱載坖調南兵北上是違背常識的，戚繼光雖然在東南打的不錯，但是那是對于倭寇而的，在大明朝臣的心目中，倭寇的戰斗力是遠遠不如北虜的。

再說了，北方作戰，馬軍為上，而南兵素不習弓馬，怎么能夠在北方作戰呢？況且朱載坖希望將戚繼光部的六千人從浙直調往薊鎮，千里跋涉，所費的錢糧不菲，雖然戚繼光是朱載坖的心腹愛將，楊博等人也不希望將南兵北調。

對于楊博等人的意見，朱載坖并沒有采納，一方面楊博本來就不了解戚繼光等人，二就是楊博的這個建議是包含私心的。現在九邊的總兵等將官，多出自山西及宣大兩鎮，山西將門的影響力是很大的，九邊所稱名將，多是山西人，而朱載坖現在準備從南方調兵來，顯然就會觸動山西將門的利益，所以楊博肯定是不愿意的。

但是朱載坖顯然并沒有將楊博等人的話聽進去，朱載坖下詔，調原浙直總兵官戚繼光及麾下浙兵六千與薊鎮，充任提督薊遼等處軍務事兼薊鎮總兵，原宣府鎮總兵、豐州伯馬芳升任提督宣大山西等處軍務事，原薊鎮總兵官李成梁調任宣府鎮總兵官。

同時對于東南的防務，也作了調整，戚繼光調走后，原浙直總兵官撤銷，劉顯任浙江總兵，湯克寬任南直隸總兵，俞大猷調任廣東總兵，以應對在兩廣、福建日益猖獗的海盜。

對于朝中的非議，朱載坖予以了堅決的回應，朱載坖下詔稱：太祖定鼎應天，削平天下，所用者淮泗之兵也，何南兵不堪也！

在朱載坖的強硬推動下，戚繼光部得以北上。除此之外，對于整個大明的邊防，朱載坖也開始按照自己的思路進行整頓了，之前徐階已經派遣御史清軍，核實士卒人數，減少軍費的浪費了，朱載坖還有進一步的整頓軍務。

戎政莫急于馬政，馬匹是現在戰事最重要的物資，沒有戰馬，官軍始終在戰事中出于劣勢，保障官軍的戰馬是現在的當務之急。朱載坖決心從兩個方面著手，首先是保障現有的戰馬，大量朝廷的戰馬從太仆寺撥給官軍之后，官軍飼養不善，或者根本沒有足夠的飼料飼養這些戰馬，導致戰馬死亡。朱載坖為此下令，統計各鎮實有戰馬數量，照戰馬數量撥給豆料、馬草，同時各級軍官要是因為管理不善導致戰馬大量死亡的，都要受到嚴懲。

除此之外，就是馬匹的收購了，大明原有的馬戶制度現在已經算是基本崩潰了，就算是馬戶交上來的馬匹，也多是不堪乘騎的劣馬，官軍所需要的馬匹，大多是夠買而來的。

除了在遼東等處購買馬匹之外，西南、西北的茶馬貿易也是重頭戲。尤其是河州，是大明獲取西北優良戰馬的一個重要渠道，永樂年間，一年就可以河州衛各番馬7714匹，上馬每匹茶60斤，中馬40斤，下馬遞減之，共給茶斤。