而且即便是總兵能夠擺平自己麾下的副將、參將們，還要面對各級文官的監督，這種情況，連楊博也曾經說過：今一總兵而不與之賞罰之權，監之以巡撫、巡按、守巡、郎中，一有勝負，則府通判、經歷皆得監制之。

這樣話，總兵根本無法有效行使指揮權，怎么能夠領兵御敵。所以朱載坖認為，要想對抗俺答，首先就要從這兩點做起，重將權是現在的當務之急。

邊關的督撫大員們還好，尤其是這些御史們，他們往往不通軍務，胡亂指揮，一旦戰敗，又將責任完全推給武將們，這樣一來，九邊官軍能夠打勝仗才是怪事了。

所以朱載坖具本嘉靖，認為應該改革目前的九邊指揮體系，在現有的情況之下，總督節制巡撫和三司，在軍政上有決策、指揮的權力，還有一定的監督、司法權。巡撫亦屬文官，地位雖低于總督，同樣是執行和監察地方軍政大事的特遣官吏。在監察方面，還有都察院系統的巡按御史和六科給事中。

對于地方的控制已經是極其嚴密了，而總兵又不得專其職守，重其將權，如何能夠臨敵制勝？所以朱載坖還是認為應當重將權。

朱載坖在奏疏中指出：以將用兵，而以文臣招練。以將臨陣，而以文官指發。以武略備邊，而日增文官于幕。以邊任經一撫，而日問戰于朝，此極弊也！自古命將出師，最忌中制，若往復奏請，必致坐失機宜。將權不重，至于副參游守賢否去留，主將無權舉劾之柄，成功失事，主將無誅賞之權，權輕令沮，何以臨敵致勝？至于一鎮之中，又分爾我，副總、參游防秋之際，各承調遣分守地方。但幸本境無事，不肯互相應援，按兵觀望，直視其死。是以氣勢愈分，兵力愈弱，覆敗相仍，良由此耳！

同時朱載坖也在奏疏中陳述自己對于九邊邊墻的看法，由于朱載坖這次并非是密疏，而是直接通過通政司向嘉靖陳奏此事的，很快就經由六科傳播開來了，科道當即不干了，他們認為武將都是不可信任的，只有他們這些科道官才是朝廷的骨鯁之臣，才是大明忠良，朱載坖作為儲君，不信任他們，反而去信任這些武將們，思想大大的有問題。

官于是瘋狂上疏，不僅是朱載坖被彈劾了，連講官們也被彈劾了，官認為講官沒有盡到教導朱載坖的責任，應當換人，同時內閣作為有責任教育朱載坖的，一樣也難辭其咎，連徐階都被官們給彈劾了，搞得徐閣老狼狽不堪。

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